항아리 요괴가 나츠메를 레이코로 착각해 과거 자신에게서 훔친 보물을 돌려달라며 협박을 해온다. 나츠메는 항아리 요괴로부터 자신의 소중한 사람들을 지키기 위해 야옹 선생과 함께 그 보물에 대해 찾아 나선다.

나츠메 앞으로 퇴마사 마토바로부터 편지 한 통이 도착한다. 직감적으로 불길함을 느낀 나츠메는 곧바로 야옹 선생을 찾아 나서지만 갑작스러운 비명에 발길을 돌려 숲 속으로 뛰쳐 들어간다.

나츠메는 마토바의 요구에 어쩔 수 없이 회합에 참여하게 된다. 그리고 다른 퇴마사들이 마토바 가에 대해 뒷이야기를 하는 것을 엿듣게 된다. 그 후 인간의 몸에 기생하는 흉면 요괴와 마주치게 되는데…

요괴의 기척을 느끼게 된 타키는 할아버지의 진을 사용해 집에 들어온 요괴를 보게 된다. 진을 통해 처음으로 인간의 눈을 보게 된 요괴는 그만 타키에게 마음을 빼앗겨 버리지만 이루어질 수 없는 인연임을 알고 결국 타키 곁을 떠날 결심을 하게 된다.

나츠메는 토우코 씨의 심부름을 하고 집으로 돌아가던 중 요괴들에게 습격을 받게 된다. 우인장을 노리는 요괴들 때문에 결국 목소리 마저 잃게 된 나츠메는 우인장을 지키기 위해 요괴들과 실랑이를 벌인다. 그러던 중 정체를 알 수 없는 거대 요괴가 나타나 나츠메를 레이코라 부르며 어디론가 데려가는데…

나츠메는 친구들과 함께 타누마네 친척이 운영하는 온천여관으로 향한다. 그곳에서 곧 있을 축제를 기대하며 열심히 여관 일을 도와드리지만, 나츠메와 야옹 선생은 왠지 모르게 여관 손님들 중 무언가가 섞여서 들어온 느낌을 받게 된다.

보이는 자가 사라지자 폐업을 하게 된 나토리 일가는 퇴마사 일에 일제히 손을 떼게 된다. 하지만 나토리 슈이치는 그런 환경 속에서 꿋꿋이 퇴마의 길을 선택하여, 강하고 올바른 퇴마사로 거듭나기 위해 자신만의 길을 나아가기로 마음먹는다.

표고버섯 요괴는 슈온 님이라는 고귀한 존재의 수행 행렬에 함께 하기 위해 화려한 꽃으로 몸을 장식해 보지만, 작고 힘이 약한 이 요괴는 그 행렬에 들어갈 수 없음을 이내 깨닫게 된다. 하지만 이에 굴하지 않고 슈온 님에게 은혜를 갚기 위해 끊임없이 수행 길에 오른다.

시게루는 먼 친척의 장례식장에서 쓸쓸히 홀로 앉아 있는 나츠메를 보게 된다. 하지만 그곳에 모인 친척 모두 나츠메를 꺼린다는 걸 알게 되자, 집으로 돌아와 토우코와 오랜 논의 끝에 나츠메를 데리고 오기로 결심한다. 그 후로 후지와라 부부와 나츠메는 그들이 안고 있었던 빈자리와 외로움을 서로를 통해 채워나가기 시작한다.

중급은 나츠메에게 아름답게 피어났다가 덧없이 져버리는 백무화가 있다며 미츠바다케로 함께 보러 가자고 한다. 마치 인간 나츠메를 닮은 듯한 이 꽃은 요괴들 마음속에서 덧없는 존재임을 알면서도 다시 또 인간 나츠메를 찾게 되는 애틋한 마음을 나타낸다.