雪の積もったある日、しばの原にやってきた夏目とニャンコ先生。そこにはかつて、二匹の森の守り神の像があったという。今では一匹しか残っていないその像から、夏目に乗り移ろうと襲いかかる人外の影があった。しかし誤って夏目の作った雪うさぎに乗り移ってしまった妖「玄」は、魔封じの木から放たれた悪霊を退治するのに力を貸してほしいという。

夏目と同じように妖をといわれるものの類を見ることができる名取周一。表では人気俳優、裏では妖祓いをしている彼に誘われ、夏目は温泉旅行に行くことになる。ニャンコ先生を伴い、二人と一匹、一泊二日の温泉旅行が始まった。旅を満喫する夏目だったが、押入れからの物音や天井からぶら下がった着物姿の人影など、周りで気になることが起こり始める。旅行に連れてきてくれた名取のためにも、気を煩わせず、旅行を楽しもうとする夏目だった。

藤原家の庭先に産み落とされた卵。育てるもののいないその卵を、夏目はニャンコ先生と温めてみることにする。日に日に大きくなる卵、そして、それを主からの命で奪おうとやってくる妖。確かに生きているその卵を守ろうと決めた夏目の前で、ついに卵の中から姿を現したのは、なんと小さな小さな人の形をした「辰未」という妖の雛だった。

夏目の姿を遠くから見つめる気の弱そうな妖が現れるが、夏目と目が合うや逃げ出してしまった。再び現れたその妖「霧葉」に追ってくる理由を聞くと、友人帳の名を返してほしいのだという。名前の返還に応じる夏目だったが、友人帳は反応するものの、どの頁も示すことなく再び閉じてしまった。霧葉曰く、レイコが50年経ったら名前を返すと言って、森の木の枝に結んでしまったという。結んだ紙をとるな、とレイコに脅されていたと聞いた夏目は、探し出したらその理由がわかるのではと思い、霧葉と森にやってくるのだった。

散歩中のニャンコ先生を迎えに来た空き地で、地面に何かを一心に描く少女を見かけた夏目。声をかけると夏目の名を呼ぶなり、慌てて走り去ってしまい、その後には見慣れぬ陣が残されていた。翌朝、夏目は突然現れたチョビ髭の妖怪に、人間の娘が不吉な陣を書き歩いているので止めてほしいと頼まれる。チョビ髭に連れられて向かった場所には昨日の少女がいた。夏目の同級生で「多軌」と名乗るその少女は、夏目が妖怪を見ることができると知っており、力を貸してほしいというのだった。

自らの描いた陣に入った妖の姿を見ることができる少女「多軌透」。夏目の同級生である彼女は、ある日偶然目にした妖怪に祟りをかけられ、人と話すことすら許されない生活を送っていたという。夏目はその祟りをとくため、多軌・ニャンコ先生と妖怪探しを始めるが、突然その妖怪に捕らわれてしまう。必死にその場を逃れたものの、その目は妖怪を映さなくなってしまった。さらに困難を極めることとなった妖怪探しに不安を募らせる夏目達。そんな時、夏目の耳にささやきかける姿なき不気味な声が聞こえる。

西村・北本と共に、宿題合宿のため民宿にやって来た夏目。友との楽しい時間を過ごす夏目だったが、人魚の姿をした友人帳狙いの妖が現れる。なんとか難を逃れた夏目に、民宿の千津が語ったのは、幼い頃に出会った人魚の話だった。口にすると不老不死になるといわれる人魚の血――千津はかつて大切な人にそれを飲ませてしまったことを悔やみ続けており、その人を探しているのだという。それを聞いた夏目は、自分を襲った人魚に再び会いに行く。

冬枯れの桜並木が描かれた絵を手にした日から、目覚めると部屋中が花びらで満たされるようになった。妖の仕業なのかと正体をつきとめようとする夏目とニャンコ先生の前に姿を現したのは、不気味な面をつけた妖「巳弥」だった。名のある妖が描いたというその絵に描かれた小さな人影、それはかつて巳弥と友人だったものなのだという。巳弥に絵を返そうとする夏目だったが、何故かその絵は壁から外れなくなっていた。

藤原家の門の前に残された足跡と落書き。おそらく妖怪のものであることに不吉な予感を覚えた矢先、家の中で奇怪なことが起こり始める。藤原夫妻に何か起こることを恐れる夏目は、かつてこの家で同じようなことがあったということを滋から聞く。そしてそれは、滋がある人に出会ったことで治まったという。その人のことを尋ねる夏目に、滋が子供の頃の話を語り出す。

手負いの妖が助けを求めるかのように、夏目の元に現れる。夏目の強い妖力を感じ取りやって来たのだろう、という名取は、夏目を呪術師の会合に誘う。同じ力を持ち、同じ痛みや苦しみを知る人達の中でなら、自分のできることを見つけられるかもしれないと、夏目は先生と共に会合に向かう。

夜ごと謎の物音や妙な声が聞こえると言われる洋館にやってきた夏目。子供のもがく声のする方に行ってみると、棺のような箱にランドセルを背負った少年が閉じ込められていた。箱を開けるなり泣きながら走り去った少年の残した名札を手に、その少年「カイ」を探す夏目は、カイがお化けに追われているらしい、という噂を耳にする。本当に妖怪を見て、そして追われているのならば守ってやりたいと思う夏目だった。

カイを追っていたのは妖だけではなかった。名取もまた、カイを追っており、妖であるカイを退治しに来たという。突きつけられた事実を受け入れることのできない夏目に対し名取は、「自分にとって大事なのが人か妖か決めるべきだ」と告げる。カイが本当に妖なのか…。カイを探す途中、名取の罠に襲われた夏目を救ったのは、到底人のものとは思えないカイの力だった。自分を祓うだけでなく、夏目をも傷つけようとした名取に怒りを向けるカイは、ついに妖としての力を露にする。