L'estate è finita e per Alice è il momento di tornare in Istituto. Tra i compiti che immediatamente la Wally le affida c'è quello di fare da tutor a Erika, una nuova specializzanda. Nel frattempo, nei sotterranei di un'area archeologica, vengono ritrovate delle ossa umane. Alice e Claudio, con il quale la ragazza continua a vivere un rapporto d'amore turbolento, si recano sul posto. Qui Alice fa la conoscenza del fascinoso PM Sergio Einardi.

Claudio e Alice continuano ad avere punti di vista opposti sull'amore. Nel frattempo Ambra scompare misteriosamente e Claudio sembra essere molto preoccupato. Una rapina in farmacia degenerata in omicidio porta Alice e Conforti a incontrare nuovamente Einardi, il quale anche stavolta non nasconde un vivo interesse per l'allieva. In Istituto, intanto, il Supremo prof. Malcomess, direttore dell'Istituto, comunica la decisione di ritirarsi.

Durante le indagini per il tentato omicidio di una regista teatrale, Alice intuisce il motivo della ruggine tra Conforti ed Einardi: tra i due c'è una guerra che rischia di coinvolgerla. Nel corso delle indagini, che tirano in ballo anche Cordelia, la coinquilina di Alice, una formidabile intuizione scientifica dell'allieva svela il movente del tentato omicidio.

Claudio ha una proposta per Alice: accetterà di ufficializzare la loro relazione e di aprirsi al progetto di una famiglia con lei, a patto che Alice lasci l'Istituto. La ragazza resta di sasso: un aut-aut così, per lei, è impossibile da accettare. Nel frattempo, un delitto avvenuto su una barca a vela rende ancora più vicini l'allieva e il PM Einardi.

L'omicidio di un addetto alla manutenzione del cimitero cattura l'interesse dell'allieva e la sua collega e amica Lara sembra essere coinvolta nella vicenda. Sul fronte sentimentale, intanto, Conforti non cessa le ostilità, mentre Einardi continua il suo corteggiamento spingendo Alice sempre più nella confusione.

Alice e Einardi sono convocati da Calligaris presso una scuola dove uno studente è morto cadendo da una struttura in costruzione. Mentre segue gli sviluppi dell'indagine, per capire se si tratta di suicidio, omicidio o fatalità, l'allieva scopre dall'ex-moglie del PM cosa è successo in passato tra Einardi e Conforti.

Un famoso chirurgo viene ucciso durante una rapina in casa. Nel corso delle indagini, i dubbi sentimentali di Alice su Claudio si mischiano a quelli professionali: è quasi certa che Conforti stia nascondendo qualcosa sul caso che stanno seguendo e, per questo, deve fare ricorso a tutto il suo spirito di osservazione.

Tra Alice e Claudio sembra essere tornato il sereno, ma, a causa della morte di uno studente americano dedito ad aiutare i senzatetto, Einardi e l'allieva si incontrano di nuovo. L'improvviso ritorno di Arthur, però, rimette tutto in gioco.

Un misterioso malore provoca la morte di una giovane oboista e il sopralluogo compiuto da Conforti e Alice in un lussuoso studio di registrazione porta l'allieva a riflettere su pulsioni umane come la gelosia, l'invidia per il talento e l'ambizione sfrenata. In Istituto, intanto, viene comunicato il vincitore del concorso per Baltimora.

Claudio annuncia ad Alice che probabilmente diventerà direttore dell'Istituto e dice alla ragazza di voler conoscere i suoi genitori, per ufficializzare il loro amore. L'atmosfera romantica viene bruscamente interrotta dal tragico ferimento del vicequestore Calligaris davanti all'istituto. Le indagini allontaneranno progressivamente Claudio e Alice: troppo diversi i loro modi di reagire alle emozioni, al dolore e alle avversità.

Un allenatore podistico viene ritrovato cadavere ai bordi di una pista. Si tratta di un'indagine complicata, con un'unica testimone ipovedente. Alice, nel frattempo, deve riflettere sui suoi sentimenti verso Arthur che le rivela di voler tornare a vivere a Roma pur di starle vicino.