見覚えのない部屋で目を覚ました少年・島村ジョー(009)。彼は赤い服と黄色いマフラーを身にまとっていた。そこへ現れた敵が、突然銃撃を開始。しかしジョーは傷ひとつ負わずいとも簡単に敵を倒してしまい、自らの能力にビックリする。さらにジョーに襲いかかってくる新たな敵。だが、テレパシーによる謎の声がジョーを誘導する…。

ぼんやりながらも記憶をよみがえらせていくジョー。しかし、なぜこんなところにいるのか、なぜこんな力を持っているのかということはわからないまま。ブラックゴーストの基地から脱出したジョーたち９人のサイボーグ戦士。しかし追撃の手はゆるまず、敵は戦闘機による攻撃をしかけてきた。００２（ジェット）や００４（ハインリヒ）の活躍で、戦闘機を撃墜したサイボーグ戦士たちは…。

ギルモア博士の友人であるコズミ博士のもとに身を寄せたサイボーグ戦士たち。この場所は安全な場所だと、００９たちはみな、それぞれリラックスしていた。しかし、そんな安らぎのときも束の間、稲妻とともに新たな敵が現れる。００９たちを抹殺するため、ブラックゴーストから放たれた刺客、００９たちと同じ００ナンバーを持つサイボーグだった…。

暗殺者００１０の圧倒的な強さに絶体絶命のジョー達だったが、降り出した雨にかろうじて救われる。雨は降り続いていた。雨が止めばヤツは--００１０は、必ずやって来る。が、今は傷ついた身体を、疲れた心を癒すひととき。特に加速装置を連続使用したためにジョーの疲労が激しい。雨があがった。再び、来襲する００１０。００１は眠りにつき、ジョーは床に伏している。残り７人--厳しいバトルだ。……必死で戦うゼロゼロナンバー。一瞬の油断を突いて、遂に００１０を海へと引きずり込む。が、その時、新たな敵が出現した。それは……。

００４。アルベルト＝ハインリヒ。彼は某国からの亡命の際、恋人を死なせてしまったという過去を引きずっていた。新たな暗殺者００１１が現れた。巨大なクモのような形をしたロボット、いや、サイボーグだった。「俺はお前たちを殺して自分の身体を取り戻す。こんな化け物のような身体では、家族に会えない。娘を抱きしめることも出来ない…。」その言葉に自らを重ねた００４は、攻撃を躊躇してしまう。その隙を突いて液状の弾幕を貼り、撤退していく００１１。時間が経ち、戦ったサイボーグたちの身体に異変が起き始めた。００１１が発した液体が、遅効性の毒物だったのだ。しびれ、倒れるゼロゼロナンバーたち。そしてそれを見計らったかのように、自己改造を終えた００１１が来襲する。

コズミ博士が誘拐された。手がかりを追うジョー、００７、００４は、不気味な洋館へと辿り着く。彼等を迎えたのは妖艶なマダムだった。聞けば、主人の帰りを待って、１人、この屋敷で暮らしているのだという。すっかり鼻の下を伸ばしていた００７も意気消沈。手がかりもつかめず、帰る一行だったが、ジョーと００４は、何かを感じ取っていた。夜……。寝静まったところを見計らって、屋敷に忍び込む３人。と、床の絨毯が生き物のように襲いかかってきた！　すんでのところでかわすジョーたちだったが、異変はそれだけにとどまらない。針地獄への落とし穴、押しつぶそうと迫る壁、入り組んだ迷路……そう、これこそ彼等を引き寄せるための罠！

コズミの行方を探ろうとするゼロゼロナンバーたち。ブラックゴーストの存在を警察に訴えても信じてもらえるはずもなく、今日も当て所のない探索が続いていた。ジョーはひょんなことから、かつて共に教会で育った仲間のヤスと出会う。ヤスが純朴そうな少年を恐喝しているところをとめたのだ。少年はジョーを慕い、木彫りのウサギを渡した。礼のつもりらしい。そこに１人の男が現れ、少年を連れて行ってしまった。どうやら少年の仲間らしいのだが、なんとも不釣り合いに見える。「あの男…見覚えがある」ヤスが記憶を辿った。まだ自分が教会にいた頃、見たというのだ。その頃、東京湾沿岸では奇妙な事件が発生していた。タンカーが次々に沈んでいくのだ。まるで、眼に見えない何者かに沈められたかのように…。ドルフィン号の内蔵メカ・ポーパスで沈没した船を探索する００７たちは、海底に刻まれた足跡を発見する。

突然出現した巨大ロボット。それは、ブラックゴーストが死の商人達に向けて行った一大デモンストレーションだった。容赦なく新兵器であるロボットにより都市破壊をしかけ、アピールするスカール。その恐るべき破壊力を目にし、どよめく死の商人達。スカールの高笑いと共に、目を覆わんがばかりの惨状が巻き起こっていた。被害をくい止める為、ドルフィン号で出撃するゼロゼロナンバー達。そして００９は囚われの身となったコズミ博士を救出すべく、探索にむかうが・・・。

００１３の事件をきっかけに、守勢から攻撃に転じる決意を固めたゼロゼロナンバー達。コズミ博士の屋敷を後にした彼らは、ドルフィン号を駆り、ブラックゴーストの本拠を求め、放浪の旅へ出る。そんな折、海底を潜行する一隻の潜水艦。００ナンバー達に破壊されたサーティーンロボの戦闘データの記録された電子頭脳を回収するため遣わされたブラックゴーストのサルベージ船だ。貴重なサンプルデータを確保すべく、ロボの『首』を探すブラックゴーストの幹部・ベルクと、ちょっと頼りない新米の部下。一方、ロボの電子頭脳を回収すれば、ブラックゴーストに関する重要なデータが得られるかもしれないと察したギルモア博士も、００ナンバー達と共に、この回収に向かう・・・・・。

ブラックゴーストの輸送機をジャックした００ナンバーたちは、機内に拉致されていた少女、シンシアと出会う。彼女の父・フィンドル教授は、新兵器ＭＭＭ－１号を開発したが、その完成を頑なに拒んでいた。彼女はその父を脅迫するための人質として利用されようとしていたのだ。一計を高じた００ナンバーは味方になりすまし、南極大陸にあるブラックゴーストの秘密基地に潜入する。最愛の妻を戦災で喪い、兵器を憎んでいたはずのフィンドル教授が、兵器開発を思い立ったのは何故か？――真意を確かめるべく、００ナンバーたちに同行するシンシア。が、彼等の前に立ちはだかったのは、完成した最新兵器、ＭＭＭ－１だった！

フランスの港に立ち寄ったドルフィン号。僅かな時間を利用して、003=フランソワーズは数十年ぶりとなる故郷の土を踏んだ。兄・ジャンのこと、バレエ団からの待望のオファー、そしてブラックゴーストによる誘拐……時が過ぎても変わることのないパリの風景は、フランソワーズに過去を想い出させていた。折しもパリはクリスマスを迎え、祭りの華やかな彩りが街を飾っている。そんな時、フランソワーズは、何者かの気配を感じ取るが、００３の能力を持ってしても姿は見えない。怯え、パリの雑踏を駈けるフランソワーズ。そこで彼女は、かつて踊っていた頃のライバル、ナタリーに出逢った。"あの日"から数十年が過ぎているというのに…！

偵察機・トルドーで食料調達に出かけた００５、６、７の一行が遭難してしまった！　辿り着いたのは人影のない小島。どうやら無人島のようだが、島の周囲は激流が渦巻き、ドルフィン号の位置さえも探る事が出来ない。水と食糧を求め、島を探検する３人。巨大岩石、激しい流砂……次々と彼等を襲う自然の驚異。そして辿り着いた先にあったもの…それは、ブラックゴーストによって廃棄された軍事施設だった。

００７＝グレート・ブリテンは、故郷の地、ロンドンに立っていた。故郷の街を散策する彼がふと見かけた一枚の看板。それはブリテンがかつて役者だった時代に最も得意としていた演目、『ロンドンの霧』のものであった。かつての思い出を懐かしむを彼は、同時にもう一つの苦い記憶を思い出していく。同じ舞台に立ち、恋人でもあったソフィー。だがグレートは、大劇場からのオファーというサクセスと引き替えに、彼女の前から去ったのだ……。そんな折、ブリテンはソフィーに瓜二つの少女、ローザとの出会う。彼女は今、『ロンドンの霧』の舞台に挑戦しようとする役者の卵だったが、共演の男優が何者かの手によって重傷を負ってしまう・・・。そしてブリテンがとった行動とは？

００８ことピュンマの故郷、ムアンバ共和国。西アフリカに位置するムアンバ共和国は、高エネルギー鉱石・メタルＸの宝庫として知られていたが、その豊かな財産の全てを独裁者・ウンババ大統領の手中に握られていた。独裁に抵抗する反政府ゲリラ達は、突然あらわれた謎の男が操る『ブラックモンスター』という強大な兵器に先導され、進撃を開始。ウンババを絶対的な窮地に追い込んでいた。この恐るべき兵器を持つゲリラ軍の脅威にさらされ、逃げ場を失ったウンババに取り入るブラックゴーストの幹部。ブラックゴーストは、このアフリカの地で巻き起こる戦乱の中、互いの陣営に強力な新兵器を供給し、戦火を拡大させようとしていたのだ！彼らの野望をうち砕く為、ピュンマは、そして００ナンバー達はどう戦うのか？

００８は旧友であり、ゲリラのリーダー格であるカボレに、ブラックゴーストの真の目的がムアンバに内乱をおこし、将来的にそれを世界大戦の引き金とするつもりではないかと伝えるが、目先の勝利に酔う彼は、００８の言葉に耳を傾けようとはしなかった。一方、ウンババはブラックゴーストの援助を受け、ブラックモンスター以上の強力な破壊力を持つ新兵器を駆り、ゲリラの掃討を開始。ブラックゴーストのもくろみ通り、内乱は泥沼化しつつあった。必死に戦闘を食い止めようとする００ナンバーたち。だがその最中、００２が脚に重傷を負ってしまう。

度重なる計画の失敗に業を煮やしたスカールは、遂に自ら指揮を執ることを決意。００ナンバー達に宣戦を布告する。ドルフィン号に猛攻撃を加えるブラックゴーストの巨大空中母艦・ダイマンタと戦闘機の群。味方すら巻き込むことを厭わないブラックゴーストの攻撃の前に追いつめられる００ナンバー達。一進一退の迎撃の末、ついに勝機を得られると思ったその時！ブラックゴーストの巨大な要塞・デーモンズロックが、姿をあらわした！

ブラックゴーストの要塞・デーモンズロックに突入したドルフィン号。コントロールルーム占拠に成功した００９達は、弾薬庫から爆薬を盗み出し、三方に別れて基地殲滅（せんめつ）に出る。地下動力炉、戦闘機格納庫……潜入して時限装置をセットしていく００ナンバー達。一方、潜艦ダイマンタを破壊され、あまつさえデーモンズロックへの侵入をも許してしまったことを知ったスカールは遂に自ら指揮をとって００ナンバー討伐に乗り出した。スカールが最後に用意した物――それは、未だテストの域を出ない新兵器・テスラだった。サイボーグの機能を停止させる特殊な電磁フィールドを発生させるテスラによって、囚われの身となってしまう００ナンバー達とギルモア。そして遂に最後の一人となった００９と、スカールが対峙する！

スカールを倒して、やっと訪れた平和な日々……ジョーや００３はギルモア博士邸に身を寄せ、他のメンバーたちも各々の故郷へと帰っていた。００６・張々湖も中華街に念願の中華飯店を開業。しかも今日は高名な料理評論家・津山マサミが訪れる日。自分の料理が雑誌で紹介されれば、商売も軌道に乗る――店の将来が、今日この日にかかっていた。だが、津山が女性だったのを見て、張々湖はあわてた。名前から勘違いして男性向けの料理を用意していたからだ。作戦変更…かくして張々湖の奮闘が始まった。

生きた恐竜を発見！その恐竜ディノニクスを生け捕りにしたいので手を貸してほしい――ゴッドフリート・ロス博士の招きを受けて、００９、２、５の一行は、とある渓谷を訪れていた。ロボット工学の権威だったロス博士は、ブラックゴーストに加担していた人物だったが、今は心を入れ替えて化石古生物の研究をしているという。この旅には、その真偽を確かめる側面もあった。深い森の中、ディノニクス捕獲作戦が始まった。三方に分かれ、ディノニクスを追う００ナンバーたち。が、００５の前にはティラノザウルスが、空を往く００２にはプテラノドンが襲いかかる。そして００９には敏捷な動きでディノニクスが迫る！　尾の先からレーザーを発射し、鋭い爪が強化服を切り裂く――これら恐竜はいったい？！

ジョーがその子犬と出会ったのは秋だった。老人に連れられ、親らしき犬と共に子犬はいた。老人は路上で犬たちに計算問題を解く芸を披露していた。が、ジョーが再び出会った時、そこには子犬一匹が残されていた。老人と親犬が、車にひかれたのだ。ジョーは「クビクロ」と名をつけ、家に連れ帰った。冬――。あれから数ヶ月が過ぎた。東京では、人の身体が突然発火して燃え上がるという奇怪な事件が起きていた。クビクロは成長して、すっかりジョーにもなついていた。が、時々姿が見えなくなることがあり心配するジョー。

ニューヨーク。とあるコーヒーショップに、００２＝ジェット・リンクの姿があった。この店のウエイトレス、キャシーの息子・ジミーはジェットになついていた。現在のジェットはただブラブラして日々を過ごしていた。そんなある日、キャシーの働くホテルで火災が発生した。駆けつけるジェットとジミー。あろうことか、キャシーがまだ中にいるという。救出のため炎の中をかき分けていくジェット。立ちこめる煙の中、遂にキャシーを発見したその時。炎がガス管に引火、その爆発の衝撃でジェットは足に重傷を負ってしまった！

世界各地に大災害が起こっていた。原因を推測するニュースのなかに「神の姿をみた」という目撃談も報道された。ジョーたち００ナンバーも原因不明の大災害の調査活動をはじめた。戦地へ調査に赴いていた００ナンバーたちの前にも"神"は現れた。巨大な竜巻が、突如炎の渦となって逆巻く――炎渦は街を蹂躙（じゅうりん）し、戦車や銃を焼き尽くしていく。それは正に"奇蹟"のようだ。炎が止んで、静寂が訪れた荒野。そこに羽根の生えた馬に跨り、炎の髪を持つ少年が降り立った。彼は神か悪魔か？！

神"と名乗るミュートスたちのいる島にたどりついたジョーたち。そこは００３の超視覚能力を持ってしても、内部をうかがい知ることが出来なかった。二手に分かれて突入を試みる００ナンバーたち。見張りもなく、あっさり上陸に成功した００２たち。その時、岩陰に動く者をスーパーガンが捉えた。頭に一本角を生やした子ども・パンだ。彼等から逃げる際に怪我を負ったらしい。傷を自らのハンカチで介抱する００３。が、その時彼女はあることに気づいた。

アポロンから放たれた光線はジョーを射抜き、その身体は海に深く吸い込まれていった。一方、ドルフィン号に襲い来るポセイドンとアトラス。嵐の中ミサイルが雨霰と襲い来る――その時、突如消滅するドルフィン号。００１が目覚めたのだ。九死に一生を得た００ナンバーたちだったが、その身体はボロボロだった。一方、海に消えたジョーを救ったのは、意外にもアルテミスだった。何故、戦いに明け暮れる、愚かな人の側につくのか？と、ジョーに問いかけるのであった。そのアルテミスの反逆とも思える行動を見ていたものがいた・・・。

二手に分かれて、火山島・マグマの地下へと潜入する００ナンバーたち。アキレスの弔い合戦とはやるアポロンたちを引きつけ、その隙に００１やギルモアたちがエネルギー炉を破壊しようという作戦だ。奏功し、神殿の奥へと分け入るギルモアだったが、そこにはミュートスの超能力者・ヘラが待ち構えていた。一方、ガイアと対峙したギルモアは全てを知る。ガイアが人の記憶を消し去り、芸術作品としてミュートスサイボーグを作り出したことを。そしてミュートス――神々を作り上げた自分こそが真の創造主に相応しく、全てはブラックゴーストのための所業だったことを……。

ギルモアは、今まで蓄積されたデータを基に、来るべき戦いに備えることを思い立った。サイボーグ兵士開発計画への参加。ブラックゴースト基地からの脱出行。暗殺サイボーグたちの襲来。そして、スカールの死……長い年月に渡って繰り広げられた、数々の激闘が去来する。本当にブラックゴーストは滅んだのか？　「偉大なるブラックゴーストのためだ！」――ガイア博士の最期の言葉に、腑に落ちないものを憶えるギルモア……。

世界の各地で異変が続発していた。一方、湖畔で久しぶりの休暇を楽しんでいたジョーたちだが、突如眩い閃光と共に出現した巨大な船と、異様な風貌をもった子供たちに遭遇する。テレパシー能力を持つ彼等は001と交信。侵略者に襲われ、「船」に乗り、異次元から逃げてきた事を知る。彼等は強大な超能力の持ち主だったが、感情が無かった。侵略者を撃退する力を持ちながら、それを使うと精神が破壊され、死んでしまうという。彼等の仲間はアフリカやドイツにも現れ、彼等を追う"侵略者"の巨大物体「次元錯卵」が次元を超えて出現した！

侵略者の物体"次元錯卵"は、撃退した先から、次々と二番手、三番手が世界各地に出現する。002の必死の説得にうたれたのか、パルは戦闘への参加を試してみるという。が、戦いに能力を発揮することは出来ない。その間にも彼等の世界では、仲間たちが侵略者に襲われている…。ジョーたちは救出の手助けをすべく、彼等の舟を使って異世界へのジャンプを決意する。

故郷に戻った005は、その変わり果てた様に愕然としていた。大地は地下資源採掘のために掘り返され、街にはカジノが開かれている。川の水も油にまみれ、人の心は荒んでいた。私利私欲に走る故郷の人々…。これでは、まるでブラックゴーストと同じではないか…。005の怒りの拳も、振り下ろす術がない。そしてそれを見つめる一匹のけもの。最近、世界各地に頻発する異変の現場で度々目撃されている青いけものだ。旅の途中出会った女性、サンドラの真摯な姿に、ある種の救いを感じる005。「まだ人も捨てたものではない…」。だが、その淡い希望も束の間、彼女の夫、ロバートが青いけものの牙にかかり、惨殺されてしまう。その仇を討つべく、青いけもの討伐のため、森へと歩を進める005であったが…。

ドルフィン号に搭載する新ライドメカ・モングランをエッカーマン博士から受け取る為に、ギルモア博士と009達はコンピュートピアを訪れた。そこはガラスのドームで囲まれ、その全機能が、心理回路が組み込まれたスーパーコンピュータ「スフィンクス」によって制御されている未来型実験都市だった。 博士に案内されて都市に入るために、00ナンバーたちは指紋を登録するが、003の番になった時、突如スキャンシステムが光り、警報が鳴る。

まぼろしのキノコを探しに登山に来ていた006と007は、単独で登山していた青年と出会うが、催眠液をもつ毒虫に刺された彼は、ギルモア邸で手当てを受ける事になる。この毒虫がロボットである事が判明し、不信を抱いた、009、006、007の3人は事件を解明すべく森に向かう。次々襲いくるゾンビや怪物たちをかわし、発見した大邸宅。そして突如舞い上がるＵＦＯ！ＵＦＯを追いかけてたどり着いたのは怪物島（モンスターアイランド）だった。

故郷に帰っていた004は、ギルモア博士から最近ドイツ郊外で不穏な動きがあると、調査を依頼された。郊外に向かった004の前に現れたのは威圧感漂う古城だった。薄暗い城内に踏み込んだ004の背後から、突然マシンガンが発射された！咄嗟にかわす004。応戦する004はその人影をシルエットでしか捉えていなかった。何とか攻撃をかわし、再び城内を歩き始めた004の目に人影が映る。咄嗟にマシンガンを構える004。そしてそこに佇む「そいつ」はまさしく004、アルベルト・ハインリヒそのものであった！

その日、009は身体のメンテナンスを受け、ギルモア邸で眠っていた。調整台の上で目覚めた009は、すぐに周囲の異変に気づく。そして次に彼が見たものは、まるで時が凍りついたか如く静止しているギルモア博士や003の姿だった。一瞬何が起こったかわからなかった009だが、加速装置のスイッチが入ったままだと胸をなでおろし、装置を解除しようと試みる。が、スイッチは切れなかった！時が止まり、全てが静止してしまった中、一人取り残される009。そんな中、彼は今まさに大惨事が巻き起ころうとしている事故の現場を目撃する・・・。

ギルモア博士と003、009は、考古学者・ハーシェルに案内され、エジプトにあるツタンカーメン王の墓にやってきた。ハーシェルは、エジプト政府から依頼されて、細菌による痛みの激しいミイラの健康診断を行なうという。翌日---。ハーシェルと研究員は突然の高熱に冒された。これは「ファラオの呪い」なのか？ハーシェルの安否を気遣うギルモア博士の元にミイラの予備検査をしたメモが渡される。そこには、まだ知られていない新種の細菌、「ファラオ・ウイルス」が発見されたと記されていた。「エジプト紅花」という花からこのウィルスに対するワクチンが作れることを発見した009と003は、一刻も早く花を収集すべく高台に向かう。しかし、現場には荒涼とした荒地が続くだけだった。聞けば妙な男達がすべて刈り取って行ったという。そして研究室の一人が行方不明になっていた。危険な細菌「ファラオ・ウィルス」と共に消えた検査員・サイードの目的とは一体何なのか・・・。

ボリビアのとある遺跡で、バン・アレン卿率いる探検隊が消息を絶った。彼には役者時代の恩があるという００７を始めとするメンバーは調査に赴くが、発見した探検隊員は「ピラミッドから女が……」という謎の言葉を残して息絶えるのだった。探索を続けるジョーの前に、黄金のピラミッドと、その中から高貴な出自を思わせる美女が現れた。美女はイシュキックを名乗り、自分をここから連れだして欲しいと懇願する。困惑するジョーだったが、そこに巨人・カブラカンが出現した！

６月だというのに、山神洞には氷河が拡がっていた。しかも、その氷河はこの暑さにも関わらず、溶けるどころか拡大を続けているという。ギルモア博士とともに009達が調査に向かい、少年タダシと、その父・迫と出会う。山神洞で白い大蛇を見て逃げてきたのだというタダシの言葉を受けて、洞窟探索に赴く一行。だが、大蛇は作り物だった。誰かがこの洞窟に近づけまいと設置したものらしい。では、いったい誰が……？　そして、この洞窟の中には、いったい何があるというのだろうか？

七夕の日――。ジョーはローカル線の列車に揺られ、とある田舎街を訪れていた。そこで出逢った少女・アリス――彼女は、何者かに追われているから、ジョーにボディーガードになって欲しいという。そしてあなたとの約束を守らなくてはいけないとも……突拍子もないことを次々に喋るアリスに、最初は呆れていたジョーだが、家出少女かもしれない女の子を放っておくワケにもいかない。あてのない道すがら、彼女と共にひとときを過ごすことに。だが、彼女が追われているというのは本当だった。黒ずくめの男二人がアリスを捕らえようと迫ってきたのだ！

人が初めて宇宙へ旅立った時代。若き天才科学者、ギルモアは苦悩していた。そこに現れる一人の男――ノーベル医学賞を取ったこともあるブラウン博士だ。事故死したと伝えられていた彼だったが、実はある組織に身を投じていたのだという。その組織の名は――ブラックゴースト。ギルモアはブラウンと共に、サイボーグ戦士を産む計画にのめり込んでいく。遂に、空を飛び、加速装置を持つ実験体が完成する。彼こそ実験体ナンバー、001の有力候補だった……。

ある日、張々湖飯店に駆け込んで来た若者。超能力を持つ彼は深手を負い、「ブラックゴースト…」と言ってこときれた。残された物はサンクト・ペテルブルグの市内バス切符と、ペンダント型の通信器らしきもの――ジョーたちは手がかりを求めて、ロシアの彼の地へと飛ぶが、そこにリナ、ミー、フィル、ケインという４人の少年少女が現れた。彼等はブラックゴーストの命令を受け、００ナンバーサイボーグを倒さんとするミュータント戦士だった。衝撃波、電撃、サイコキネシス……彼等の超能力はサイボーグ戦士の能力を遙かに超えるものだった！

４人のミュータント戦士たちは身体に異変を起こし、退却を余儀なくされた。彼等が発揮する超能力はその肉体を急激に老化させてしまう欠点があったのだ。それを抑止するには彼らの母艦内に設置されたリカバリーシリンダーに身を預けるしかない――そしてそこには、ブラックゴーストで超能力の開発に携わり、００１の父でもあるガモ・ウィスキー博士がいた。彼は、意識の同調によって時間を超越することが出来るミーの能力"シンクロワープ"を使って、００ナンバーサイボーグたちを違う時代に送り込もうと企むが……。

ニコルが残したペンダントを見たことで意識が同調してしまい、シンクロワープしてしまったジョーとリナ。彼等が飛ばされた時代――そこは未来の戦場だった。茫漠と拡がる瓦礫の山々――僅かながら生き残った人々を飛甲機と呼ばれるマシンが掃討していく。それはまるで全ての生命を滅ぼそうとしているかのようだ。飛甲機の攻撃をかわし、図らずも二人の逃亡が始まった。そして戦いのさなか、リナが記憶を取り戻した。一方、現代に残ったフィル、ミーもリナを呼び戻すため、ある計画を実行に移すのだった……。

遙か「未来」においても戦いは終わることはなく、そしてブラックゴーストも滅んではいなかった…。衝撃を受けたジョーは虚無感に襲われながらも、リナと共に逃亡の旅を続ける。一方、リナを「今」に帰還させるべく、ミーは再びシンクロワープを試みるが、成功するためにはより多くの意識が必要だ。罠？と疑いつつも集まる００ナンバーたち。意識は同調し、遂に「未来」でジョーと合流する。あとは、「今」へと戻るだけだ。だが、何処へ？　ミーの裏切りを知ったガモとケインは、ギルモアの元に戻ることを推理し、「今」へと戻る彼等を待ち伏せるが……。

超音波を発する巨大な怪物たちが世界各地の街を破壊するという事件が起きた。各国首脳はそれがどこかの国で造られた侵略兵器なのでは？　と疑心暗鬼に陥り、世界大戦の危険さえ孕み始めた。一方ジョー達は、最近急成長しているある会社が、この超音波怪物への対抗兵器を各国に売り込んでいるという情報を入手した。彼らは三方に分かれ、工場、本社、そして社長であるバン・ボグート宅への潜入を企てる。夜の潜入を待つ休息の一時、ジョーは意外な人物に出会う。それは、ジョーが教会にいた頃の旧友、茨木、小山田、メリーだった。思いがけない再会。３人はジョーを自分たちの家に招待するという。旧交を温めるジョーたち。だが、そこに待ち受けていたのは…！？

008が怪物の超音波によって重傷を負った！彼の命を救うべく、必死でギルモアの元へ彼を運ぶメンバー達。そんな中、一人の少女が004たちに救い出される。名をヘレン。記憶が無く、ブラックゴーストに追われているという彼女を、ジョーはギルモア邸に連れ帰るのだった。一方、ギルモア邸では、ドルフィン号が持ち帰った怪物の分析が行われていた。怪物には何ら改造の後などなく、超音波を発する装置も付いてはいない……となると、怪物は我々の知らない世界の生物、ということになる……。その時、008の絶叫が静寂を裂いた！驚き、駆け寄る面々。だが、そこにいた彼――008の身体はその全身を銀色の鱗で覆われていた……。

改造型サイボーグマンを率いるボグートの急襲で、ギルモア邸は大破する。そこに現れた、ヘレンと、うりふたつの少女・ビーナ。五人姉妹だという彼女たちの口から、驚くべき事実が明らかにされる。ヘレンたちや怪物は地下帝国ヨミの住人であり、トカゲから進化したザッタンによって支配されていたこと。ヘレンたちはザッタンの食糧だったこと。そしてある日ＢＧ（ブラックゴースト）が現れ、彼女たちを解放したこと……。だが、ビーナはＢＧの本性を知り、地底を救う為に00ナンバーたちに協力して欲しいというのだ。にわかに信じがたい話だが、これはＢＧの本拠をたたく絶好のチャンス！この機会を逃す手は無い――ジョーたちはドルフィン号で地下帝国への入り口へ向かう。だが、そこにボグート艦が急襲する！

囚われの身となった004とビーナは、ボグートの計略によって、コロシアムで公開処刑されようとしていた。一方、催眠から目覚めた009とダフネによって助けられたギルモアたちも、一路神殿を目指していた。004がモンスターによって処刑される刹那、駆けつけた006たちによって、コロシアムは大混乱に陥る。それに乗じて攻め入るザッタンたち。だがその頃、神殿では巨大な魔神像が遂に完成。轟音と共に宙へ舞い上がるのだった。

人質となったギルモアの解放と引替に、ビーナたち姉妹の身柄を要求するボグート。やむを得ず彼女らを引き渡したジョーたちであったが、ボグートは無慈悲な行動に出る。目を疑わんばかりの凄惨な光景に、悲しみと怒りに打ち震える004。「そいつとの勝負は、俺にやらせてくれ！」加速戦に突入したジョーとボグートに向けて、右手を構える004……。一方、地下帝国「ヨミ」は発動した魔神像の恐るべき力によって地獄絵図と化す。時は満ち、最強の力を得たスカールは、今まさに世界大戦への引き金を引こうとしていた。打つ手は無いのか！？万策が尽きかけようとしたその時、ついに001が目覚める。「009、君に賭けたい……」全人類の存亡は？そして00ナンバー達の運命は！？