玄馬の頼みを受け、街に出没するモンスターを退治する日々を送るレンたち。 ガブリエルやアヴァロンの活躍でバジリスクを撃退した翌日、レンたちのクラスに、マナという少女がアメリカから転校してきて――!?

ストライクリングを渡し、マナとの距離が近づくレン。 そんなある日、玄馬からモンスター反応の知らせを受ける。現場である都庁に現れたのは、巨大な不動明王だった！圧倒的パワーと分身攻撃に翻弄されるレンの元に、見知らぬモンスターを連れたマナが駆けつけて――!?

マナはレンのピンチを救うため、自分の前に現れたモンスター・ワルプルギスと組むことを決めていた。 レンはマナをサポートしつつ、分身同士で回復を繰り返す強敵・不動明王へと挑む。一方、同じ場所では二人の様子を見つめる男・斑目の姿があった。彼の企みとは……?

ガッチェスやスルトなどの野良モンスターと戦うレンたち。 そんな中、モンスター反応の報せを受けて次に向かった場所は予想外の焼き鳥屋。客に紛れてそこにいたのは、なんとシンドバッドだった！シンドバッドを追ってアザゼルまでも現れて、怒涛のバトルが勃発する！

マナの誘いで温泉へとやってきたレンたち一行。 羽を休めるはずが、その温泉地では突然温泉が熱湯になってしまう事件が起きていた。さらにルシファーやラファエルも現れて――？

癒やしの水を求めてやってきたラファエルと温泉街で出会った明と玄馬。 レンたちとも合流しひとまず温泉を楽しむことにする一行だったが、突如女湯からモンスター反応が発生！ガブリエルやルシファーたちが、バスタイムを邪魔する不届き者とバトルを繰り広げる！

マナを連れてお台場へとやってきたレンたち。楽しく観光するはずが突如クラーケンが現れてピンチに！ そこに大企業の社長でありモンストプレイヤーである斑目社長とパートナーのモンスターが颯爽と現れて――。

斑目社長の招待で、レンたちはお台場にある彼のペントハウスを訪れる。 豪華な生活に驚く一行に対し、斑目社長は自身の夢を語りだす。その想いに胸を打たれたレンは彼に手を貸すことを決めるが、そのとき、レインボーブリッジにモンスターが――？

モンスター反応を受け、斑目社長とともにレインボーブリッジへ駆けつけたレンたち。 そこで彼らは揺らめく陽炎に包まれた異様な橋の光景を目にする。そこに現れたのは、新たなエナジーポイントの番人、摩利支天だった。

斑目社長に協力し、各地に隠されたエナジーポイントを探すこととなったレンたち。 手がかりを求めて訪れた原宿で、一行は謎の占い師と出会う。しかし占いは思わぬ方向へずれ始め、ワルプルギスやナポレオン、龍馬の過去が見通されていく――!?

モンスター界の大予言者、ノストラダムスを探すことになったレン。 モンスター反応を頼りに探していると、ノストラダムスに仕えるモンスター、アンゴルモアと出会う。アンゴルモアの協力を得たレンたちは、ノストラダムスを見つけるべく東京中を駆け回る！

大捜索の末、アンゴルモアとレンたちはついにノストラダムスを発見する。 さっそく予言を頼むも、ノストラダムスは過去のトラウマからそれを拒否する。その様子を自分自身と重ね合わせる葵だったが、そこに新たな敵――シャンバラが現れる！

フレズベルクの襲撃や、シャンバラの右手と左手による攻撃に苦戦するレンたち。 シャンバラを操る少女に接触を試みる葵とノストラダムスだったが、少女は頑として聞く耳を持たない。ノストラダムスは、絶望的な未来を変えるべく、葵と共に反撃に出る！

束の間の休息で花火大会へ繰り出すこととなったレンたち。 いい雰囲気のマナとレンを見て言葉にできない気持ちを抱えていた葵だったが、ナポレオンとノストラダムスに、自分の気持ちに素直になるよう背中を押され――。

モンスター反応を受けてとある山を登るレンたちは、山中でロビン・フッドと名乗る男に出会う。 彼は凶悪なモンスターを追ってこの世界にやってきたと言う。そのとき、突如ロビンの追うモンスター、ゴルディ＆バルディが出現。森は戦場へ一変する！

このところ、満月が毎晩続くという異変が起きていた。 食卓を守るため街をパトロールするモンスター、スイハンジャーと出会ったレンたちは、月の異変にはおそらく月の女神ツクヨミが関わっているという話を聞く。果たしてツクヨミの身に何が起きたのか――？

街で起きる異変を解決するため、ツクヨミから分離した負の存在、ツクヨミ零と戦うレンたち。 ツクヨミ零が呼び出した、再生を繰り返す飛行物体を攻略することは出来るのか？そして、自らの負の存在と決着をつけるためにツクヨミがとった行動とは――？

ノストラダムスの予言の分析結果を受け、斑目社長と共にレンたちは日本を離れ台湾へ降り立った。 夜市での食事を楽しむのも束の間、レンたちの前に突如、空飛ぶ戦艦が出現！戦艦の主、カレン・ネイヴィス提督の襲撃から逃げる海賊アルビダと謎の少女を守るため、レンたちのバトルが始まる！

海を守る女神・媽祖が姿を消した――。 海賊エドワード・ティーチと水兵のサン・カモメーノは、落ちていた懐中時計からネイヴィス提督が犯人だと断言する。媽祖の右腕である千里眼に本来の力を発揮してもらうため、相棒の順風耳を探して九份に向かうレンたち。そこへネイヴィスの戦艦が現れて……。

九份で火花を散らすアルビダとネイヴィスだったが、媽祖が消えた際に発見された懐中時計をネイヴィスが身につけていたことから、全て黒幕に仕組まれていたことを悟る。 ネイヴィスはティーチの幽霊船へ攻撃を開始するが、船にはメイメイが――。それを知ったマナは幽霊船に向かう！

ティーチに一瞬の隙きを突かれ窮地に陥ったワルプルギスだったが、 上空より飛来してきたアルビダによって助けられる。幽霊船の甲板上で、ティーチとアルビダが激突するその一方で、船内を捜索していたマナは、マストに縛り付けられたメイメイを見つけるが――。

台湾から戻ってきたレンたちだったが、日本ではエナジーポイントの影響で混乱が起きていた。 玄馬の指示を受け、二手に分かれて現場へと向かうと、そこには春馬と太陽が！強力な助っ人と共に、エナジーポイントへ到着すると、毘沙門天と大黒天が番人として現れ、レンたちの前に立ちはだかる！春馬の新たなパートナーであるチンギス・ハンや、偶然駆けつけたロビン・フッドたちと協力し、戦いに挑む！