밤을 잊은 거리 신주쿠. 서로 이웃이 되는 요괴의 존재를 잊고 사는 인간들. 옛날부터 서로 얽히는 이 두 세계의 질서는 유리네와 카라스에 의해서 지켜져 왔지만, 현재 그 밸런스는 크게 흔들리고 있다. 거리의 하인인 것을 그만두고 스스로의 존재를 알리기 시작한 에코. 신주쿠에 돌아온 기계화 요괴 미쿠라지만, 에코의 반대편에 선 누에. 연속되는 엽기살인의 배경에 에코가 조종하는 기계화 요괴 미쿠라(御座衆)의 냄새를 간파한 누에가 라이플을 들었을 때 또 하나의 요괴가 나타난다.

고속도로에서 발생하는 연속하는 괴기사건. 피해자의 사체에는 한 방울의 피도 남아 있지 않았다. 노련한 수사관은 현장에 남겨진 증거로부터 사건의 뒤에 “인간계 밖의 존재”가 관련되어 있음을 밝혀낸다. 한편, 새로운 카라스가 된 오토하는 원인 불명의 병에 시달리는 거리의 (평범한) 요괴들의 치료에 쫓기고 있었다. 요괴들의 건강을 관리하는 것은 거리의 수호자인 카라스의 또 하나의 역할이었다. 자신의 부하였다가 등을 돌린 누에가 거리로 돌아온 것을 안 에코는 고속도로를 거점으로 하는, 집사 와뉴도에게 그를 사로잡아오도록 명한다. 고속도로로 그를 꾀어내는 것에 성공한 와뉴도는 이것을 저지하기 위해 나타난 카라스와의 싸움에 져서 누에와 함께 폭발한다. 불길 중에서 나타난 것은 자신을 변신시키고 살아남은 누에였다.

누에와 동행한 요괴 소년 때문에 그를 죽이라는 유리네의 명령을 따르지 못하는 오토하. 과거를 버리고 카라스가 된 그에게 남아 있는, 그리고 그가 지워야 하는 기억이 있다. 캇파(河童)와 와뉴도(輪入道)를 잃고 본격적으로 카라스 말살에 나선 에코. 카라스 말살의 특명을 받은 카마이타치와 츠치구모는 신쥬쿠의 한 병원에 침입한다. 적의 책략으로 유리네를 잃자 오토하가 그녀와 맺은 계약은 무효가 되고(완전 무효는 아님) 그 순간, 본체 즉 인간으로서의 그가 눈을 뜬다.

유리네에게 속박될 수밖에 없는 카라스의 숙명에서도 벗어난 에코의 다음 목적은 신주쿠의 개조였다. 신주쿠 거리에 갑자기 나타난 기계뿌리가 인간을 덮치기 시작한다. 뿌리요괴는 바로 에코의 몸을 변신시켜 도시의 지배자로 만들기 위한 거대한 에너지 공급 기계였다. 외부로부터 신주쿠를 차단하고 내부의 모든 인간들을 죽이려는 에코. 그 와중에도 신주쿠 경찰서장으로 변장해 있던 우시오니(牛鬼)는 정체를 드러내 사람들을 죽이게 되고.....

도쿄를 끝내려는 타 지역의 유리네와 카라스. 만일 사태가 수습되지 않을 경우 그들의 손에 의해 도쿄 그 자체가 파괴될 것이다. 새롭게 태어난 신주쿠의 유리네/카라스 팀. 그리고 오토하 카라스와 에코 카라스의 마지막 일전.