Ein Mann erwacht plötzlich auf einer einsamen Insel. Er weiß nicht, wo er ist und wer er ist. Als er ins Wasser fällt, verliert er das Bewusstsein und kommt erst wieder zu sich, als ihn kambodschanische Fischer aus dem Wasser ziehen. Eigenartigerweise kann er sie verstehen und beherrscht ihre Sprache. Er weiß auch genau, welcher Tag ist, und wie viel Uhr es ist, aber seinen eigenen Namen, den weiß er nicht. Er versucht herauszufinden, ob er eventuell irgendwo als vermisst gemeldet ist, aber leider Fehlanzeige. Um zu Geld zu kommen, nutzt er sein unendliches Wissen und wettet beim Pferderennen. Nachdem er genügend Geld gewonnen hat, verdient er sich noch mehr, indem er sein Börsenwissen nutzt, und auch dort äußerst erfolgreich ist. Er beschafft sich eine Sozialversicherungsnummer und wählt einen Namen: John Doe. Da er sehr gut Klavier spielen kann, verdient er sich etwas nebenbei in einer Bar, dessen Besitzer Digger ist, und freundet sich mit Karen an, die dort als Kellnerin arbeitet. Als er im Fernsehen etwas über ein vermisstes Mädchen sieht ist er alarmiert. Aus irgendeinem Grunde weiß er mehr über diesen Fall. Er beschließt, zur Polizei zu gehen, um zu helfen. Dort lernt er Frank Hayes und dessen Chefin, Lieutenant Avery, kennen. Durch sein geniales Wissen gelingt es ihm auch tatsächlich, diesen Fall zu lösen. Das Mädchen war nämlich von seinem totgeglaubten Vater entführt worden. Der Vater, der an Krebs erkrankt ist, wollte seine Tochter noch ein letztes Mal sehen. Als Doe das Mädchen wieder nach Hause bringt, ist die Freude groß. Nur Doe ist immer noch verzweifelt. Er weiß nach wie vor nicht, wer er ist. Doch zum Ende der Folge taucht plötzlich eine mysteriöse Frau auf. Sie scheint ihn zu erkennen und ruft ‚Tommy‘. Sollte Doe in Wirklichkeit Tommy heißen? (

John Doe ist immer noch damit beschäftigt, herauszufinden, wer er ist. Nach wie vor ist er davon überzeugt, dass er verheiratet ist und auf einem vorüberfahrenden Schiff seine Frau gesehen hat. Aber leider kann er auch durch den Fingerabdruck der unbekannten Frau nicht herausfinden, wer sie ist. So scheint seine Vergangenheit weiterhin ein Rätsel zu bleiben. Frank Hayes hat in der Zwischenzeit mit einem mysteriösen Fall zu tun. Als er nicht mehr weiter weiß, bittet er Doe um Hilfe, auch wenn er damit gegen die Anweisungen seiner Chefin, Lieutenant Avery, verstößt. Aber Doe beweist, dass er durch sein Wissen der Polizei bei der Lösung des Falles helfen kann. Selbst Lieutenant Avery muss feststellen, dass Doe eine Bereicherung für die Polizei ist. Und es sieht ganz so aus, als würde er ihnen auch weiterhin assistieren.

Polizist Hayes sieht sich mit zwei Mordopfern konfrontiert, die beide säuberlich in zwei Hälften zerlegt wurden und bittet John Doe um Hilfe. Mit Hilfe seiner seherischen Gaben führt Doe die Polizei in eine psychiatrische Anstalt, in der auch ein transsexueller Mann untergebracht wurde. Wie sich herausstellt hat der Patient einen Zwillingsbruder, von dem er kurz nach der Geburt getrennt wurde. Die beiden Mordopfer waren Angestellte der Adoptionsstellen, die für die Trennung der Brüder verantwortlich waren. Als Doe mit den Polizisten in der Nervenheilanstalt ermittelt, erfährt Doe, dass der behandelnde Arzt, Dr. Jansen, sich auf unterdrückte Erinnerungen spezialisiert. Er beschließt, Dr. Jansen um persönliche Hilfe zu bitten, und schon bald trifft er sich mit Dr. Jansen zu seiner ersten Therapiesitzung. Aber während Doe auf der Therapiecouch liegt, verschwindet der Doktor plötzlich, und mit ihm die Videokassette, auf der er die therapeutische Sitzung aufgezeichnet hat. Doe ist verzweifelt: Diese Kassette könnte ihm eventuell Antworten auf seine Vergangenheit geben. Als Hayes von dieser Sitzung erfährt, ist er außer sich. Dr. Jansen sei schließlich einer der Mordverdächtigen. Aber bald stellt sich heraus, dass Jansen unschuldig ist. Doch trotzdem ist er nirgendwo zu finden. Nachdem Doe und Hayes den Fall erfolgreich aufgeklärt haben, besteht immer noch eine wichtige Frage: Wo ist Dr. Jansen? Und wo ist die Kassette der Therapiesitzung?

Auf einer Baustelle wird in einem Fass ein Skelett gefunden. Bei ihren Nachforschungen finden Doe, Hayes und Avery heraus, dass das Grundstück einem gewissen Steven Prescott gehört. Noch größer ist allerdings die Überraschung als die Ermittler ein Führerscheinfoto von Prescott sehen: Doe sieht Prescott zum Verwechseln ähnlich. Wie die Gerichtsmediziner feststellen, handelt es sich bei dem Skelett um das einer Frau, die vor ungefähr 30 Jahren umgebracht wurde. Als Doe zusammen mit Hayes Prescotts ehemalige Frau im Heim besucht, erschreckt die Frau, als sie Doe sieht. Sie nennt ihn einen Mörder. Doe versteht die Welt nicht mehr. Aber mit Hilfe seiner Assistentin Karen versucht er, Antworten auf seine vielen Fragen zu finden. Er lässt sogar eine Kernspintomographie über sich ergehen, weil er herausfinden möchte, ob er eventuell ein Zeitreisender ist, der aus der Zukunft in die Gegenwart gekommen ist. Aber auch diese Theorie erweist sich schon bald als Finte. Der Polizei ist inzwischen klar, dass Prescott vor 30 Jahren hinter dem Rücken seiner Frau eine Affäre mit dem Hausmädchen hatte. Doch als diese ein Kind von ihm erwartete, tötete er sie. Als Doe von dem Kind erfährt, vermutet er natürlich, dass er der Sohn sein könnte. Gemeinsam mit Hayes gelingt es ihm, auf Prescotts Spur zu kommen. Doch als sie ihn endlich in seinem Haus besuchen, finden sie einen schwer kranken Mann vor, der nicht zu wissen scheint, was um ihn herum geschieht. Als Doe ihn fragt, ob er mit ihm verwandt sein könnte, bekommt er keine Antwort. Frank ist davon überzeugt, dass es sich um einen Irrtum handelt, und so verlassen die beiden Prescotts Haus wieder. Auf der Fahrt zurück ins Polizeipräsidium wird Doe plötzlich klar, dass Prescott seine geistige Umnachtung nur vorgetäuscht hat. Doch als sie zu Prescotts Haus zurückkehren, ist der bereits geflüchtet. Bei der anschließenden Verfolgungsjagd kommt Prescott ums Leben: Sein Wagen brennt völlig aus, und somit ist jede Chance auf eine DNS-Analyse hinfällig. Doe hat nun keine Möglichkeit mehr zu überprüfen, ob Prescott sein Vater war …

John Doe beschäftigt sich immer noch mit der Suche nach seiner Identität. Eines Tages bekommt er eine Meldung auf den Tisch, dass ein unbekannter Mann am Strand angespült wurde. Genauso wie John leidet auch er unter Gedächtnisschwund. Als John ihn im Krankenhaus besucht, reagiert der Mann hysterisch. Er zeigt auf Johns Brandmal und sagt: ‚Dich haben sie auch gekriegt.‘ Daraufhin versucht John fieberhaft, mehr über den Unbekannten herauszufinden. Eine Spur führt ihn zu einem ominösem Arzt, der John Doe anbietet, ihm unter Hypnose alle Antworten auf seine Fragen zu verschaffen. Kurz bevor Doe in tiefe Bewusstlosigkeit fällt, erkennt er, dass der Arzt einem Verbrecherring von Organräubern angehört. Dank seiner telepathischen Fähigkeiten kann er Frank Hayes und Lieutenant Avery zu Hilfe rufen …

Im Kunstmuseum von Seattle wird ein spektakulärer Einbruch begangen. Der unbekannte Täter stiehlt einen wertvollen Diamanten, wird dabei jedoch von einer Angestellten des Wachpersonals gestört. Der Dieb tötet die Frau und flieht. John Doe versucht Lt. Hayes bei der Aufklärung des Falls zu helfen und muss schon bald eine unerfreuliche Entdeckung machen: Auf einer Kameraaufzeichnung ist zu sehen, dass Johns Assistentin Karen in der fraglichen Nacht im Museum war. John kann sich jedoch nicht vorstellen, dass Karen irgendwie in das Verbrechen verstrickt ist – warum sie jedoch in der Nacht am Ort des Geschehens war, will sie nicht sagen. Hauptverdächtiger der Polizei ist der Maler Max Clark, mit dem Karen gut bekannt ist und dem sie schon mehrfach Modell gestanden hat. Als die Leiche der getöteten Museumsangestellten verschwindet, kompliziert sich der Fall noch mehr. John gelingt es, die Leiche aufzuspüren: Es war der Maler Clark, der die Leiche gestohlen hat – und er hat eine außergewöhnliche Begründung für diese Ver- letzung der Totenruhe …

John Doe bekommt unerwarteten Besuch: Vor seiner Tür steht der kleine Junge Wesley und dessen Mutter, die behauptet, dass John Doe der Vater von Wesley ist. Wie sich herausstellt, ist Wesley durch eine Reagenzglasbefruchtung mit Hilfe einer Samenbank zur Welt gekommen. Die Samenspende stammt nach Angaben der Klinik angeblich von John. John ist sehr verwirrt, da er sich kaum vorstellen kann, als Samenspender in Erscheinung getreten zu sein. Außerdem macht ihn die Vorstellung, plötzlich eine richtige Familie zu haben und Vaterpflichten genügen zu müssen zu schaffen. Um Licht in die Geschichte zu bringen, sucht John zusammen mit Wesley die Klinik auf, in der die Samenspende vorgenommen wurde. Hier stellt sich heraus, dass nicht nur er als Wesleys Vater in Frage kommt, sondern acht weitere Männer, die eines gemeinsam haben: Sie alle sind in ihren Spezialgebieten Genies. Als John mit einigen der Samenspender Kontakt aufnehmen möchte, macht er die erschreckende Erfahrung, dass zwei der Genies vor kurzem auf grausame Weise umgebracht wurden. Und auch Wesley schwebt in Lebensgefahr …

John Doe, der noch immer auf der Suche nach seiner Identität ist, beschließt, sich ans Fernsehen zu wenden. In einer Sendung über Vermisste berichtet er von seinem Fall, und schon bald passiert etwas Eigenartiges. Er begegnet einer Frau, die anscheinend Antworten auf seine Fragen hat. Sie eröffnet ihm, dass er in Wirklichkeit Thomas Crowder heißt, der Sohn eines Farmer-Ehepaars aus Idaho sei und als Kind zu einem gefährlichen Experiment missbraucht wurde. John beschließt, den Informationen zu folgen und seine Eltern, die angeblich in Idaho leben sollen, zu suchen. Dort erfährt er durch die Nachbarn, die Familie Barker, das seine Eltern inzwischen tot sind. Aber die Nachbarn nehmen John bei sich auf und erzählen ihm viel über seine Jugend in Idaho. John ist zwar traurig, dass seine Eltern nicht mehr leben, doch er freut sich, über die Barkers so etwas ähnliches wie eine Familie gefunden zu haben. Doch dann macht er eine bestürzende Entdeckung …

An Bord eines Flugzeuges kommt John mit der Engländerin Rachel Penbroke ins Gespräch. Plötzlich bricht in ihrer Nähe ein Mann tot zusammen. Der erste Verdacht auf einen Herzinfarkt erweist sich rasch als Irrtum: Dem Mann wurde Gift injiziert. John glaubt, dass auf den Mann, der ein Priester war, mit einer Art Luftgewehr geschossen wurde. Kurze Zeit darauf wird die Situation noch dramatischer: Beide Piloten sind plötzlich nicht mehr in der Lage, das Flugzeug zu steuern, und John begibt sich in die Pilotenkanzel und übernimmt das Steuer. Während er sich bemüht, den Flieger in der Luft zu halten, versucht John zugleich, herauszufinden, warum der Priester sterben musste. Dabei macht er eine bestürzende Entdeckung: Der Anschlag auf den Gottesmann galt eigentlich Johns neuer Bekanntschaft Rachel, die kurzfristig den Platz getauscht hatte. Und der Mörder scheint sich an Bord des Flugzeuges zu befinden …

Ein geheimnisvoller Serienkiller treibt in Seattle sein Unwesen. Für John besonders beunruhigend: Der Killer weiß auffallend gut über ihn Bescheid und versucht, John mit mysteriösen Hinweisen auf weitere Morde herauszufordern. Bei jedem seiner Opfer hinterlässt der Täter eine Beileidskarte. Schon bald ist klar, dass der Killer mit John ein Katz-und-Maus-Spiel inszeniert, bis John herausfindet, dass der Mörder die Stadt nach Art eines Schachbretts für seine Taten nutzt. John glaubt, nun dem Killer das Handwerk legen zu können. Doch bevor er der Polizei den entscheidenden Tipp geben kann, kommt der Unbekannte John zuvor und entführt Stella. John hat mittlerweile schon den Namen des Killers ermittelt, doch er steht vor der furchtbaren Entscheidung, den Mörder bei der Polizei anzuzeigen und damit den Tod von Stella zu riskieren …

Das Duell mit dem unbekannten Serienmörder geht für John Doe weiter. Nun hat der Killer sogar Lt. Avery in seine Gewalt gebracht. Natürlich erwartet der Mörder, dass John Doe die Polizistin befreit, doch auf dem Revier macht der neue Captain Ruiz John einen Strich durch die Rechnung. Er behindert Johns Nachforschungen nach Kräften, da er sich durch den Außenseiter herausgefordert fühlt. Zusammen mit Digger bleibt John trotzdem auf den Spuren des Killers, doch die Zeit läuft ab. John bleibt schließlich nichts anderes übrig, als alles auf eine Karte zu setzen und den Mörder in eine Falle zu locken …

John erfährt von dem mysteriösen Tod eines jungen DJ’s. Der junge Musikfreak litt an Epilepsie, doch daran kann er eigentlich nicht gestorben sein, denn ihm war ein Implantat eingesetzt worden, das die gefährlichen Anfälle unterdrücken sollte. John beginnt mit seinen Ermittlungen und findet schließlich heraus, dass das Implantat durch einen bestimmten Ton außer Funktion gesetzt wurde. Doch wer hatte die Kenntnisse, die für einen solch ausgefeilten Mordplan nötig sind? Während John mit den Ermittlungen beschäftigt ist, wird seine Beziehung zu Rachel Penbroke immer enger. Allerdings kann John sich Rachel nur schwer öffnen, denn ihn plagt immer wieder die Vorstellung, in seinem Leben vor dem Gedächtnisverlust bereits eine ebenso enge Beziehung mit einer anderen Frau geführt zu haben …

John Doe und Frank erfahren von der rätselhaften Entführung eines kleinen Mädchens. Das Kind wurde allem Anschein nach das Opfer eines Serientäters, denn es sind in den letzten Wochen im Großraum Seattle schon mehrfach Menschen nach dem gleichen Muster gekidnappt worden, ohne dass Lösegeldforderungen gestellt wurden. John nimmt aufgrund verschiedener Hinweise an, dass der Täter ein Psychopath ist, der seine Familie verloren hat und sich nun durch die Entführungen eine neue Familie verschaffen will. Schließlich gelingt es John und Frank, einen Verdächtigen festzunehmen, doch diesem gelingt auf spektakuläre Weise die Flucht …

Karen und John kommen vom Besuch einer Ausstellung zurück in Karens Wohnung und müssen zu ihrer Bestürzung feststellen, dass eingebrochen worden ist. Bei der näheren Betrachtung des Schadens entdeckt John, dass an seinem Computer eine Bombe befestigt wurde. Zum Glück kann John die Bombe noch rechtzeitig entschärfen. Während John mit der Bombe beschäftigt ist, wird Karen von einem Unbekannten entführt. John nimmt Karens Spur auf, die mittlerweile in einem Haus im Wald wieder zu sich gekommen ist. In einem Lagerhaus findet John mehrere tote Menschen, die anscheinend kollektiven Selbstmord begangen haben …

Im Palmer Park von Seattle wird die Leiche eines jungen Mädchens gefunden. Da in letzter Zeit mehrere Mädchen verschwunden sind, nehmen Avery und John an, dass es sich um einen Serientäter handelt. Während die Ermittlungen anlaufen, meldet sich auf dem Polizeirevier die junge Delphine, die sich selbst als Hellseherin bezeichnet und der Polizei Hinweise auf den Ort liefert, wo sich eine weitere Leiche befindet. John ist zunächst skeptisch, doch Delphine kann ihn mit einer weiteren Prophezeiung überzeugen. Gemeinsam versuchen sie den Täter zu finden. Dabei macht John eine Entdeckung, die Delphines Hellseher-Fähigkeiten in einem ganz anderen, beängstigenden Licht erscheinen lassen …

In einem Wald in der Nähe von Seattle haben einige Jugendliche eine Begegnung der dritten Art: Plötzlich leuchtet ein unerklärliches Licht auf – und aus dem Licht kommt eine Art Astronaut auf die Kids zu. Diese fühlen sich bedroht und beginnen mit einer mitgebrachten Waffe auf den Mann zu schießen, der tödlich getroffen zu Boden sinkt. Die Schüler rufen die Polizei, die John Doe zu Rate ziehen. Bei der Obduktion wird festgestellt, dass die Schussverletzung den Mann nicht getötet haben kann, doch bevor weitere Untersuchungen angestellt werden können, beschlagnahmt Colonel Dunagan vom Militär den Leichnam. John lässt die Sache keine Ruhe, und er entdeckt Hinweise dafür, dass die Armee Tests für die Erforschung des Mars’ in der Gegend durchgeführt hat. Ist bei diesen Tests etwas schief gelaufen?

Der ehemalige Polizeibeamte Ken Rothman, der unehrenhaft aus dem Dienst entlassen wirden war, dringt unter Anwendung von Waffengewalt in das Polizeipräsidium von Seattle ein und nimmt zusammen mit einem Komplizen verschiedene Beamte als Geiseln. John Doe gelingt im letzten Moment die Flucht. Er hat jedoch noch erfahren, dass Rothman über einen Vorrat von hochgefährlichen Pockenviren verfügt und damit droht, die Viren freizusetzen. Damit droht den Menschen von Seattle eine furchtbare Pockenwelle, die Tausende von Menschenleben fordern könnte. John versucht alles, um Rothman zu stoppen …

Eine Frau namens Paulette Chambers wendet sich hilfesuchend an John. Sie berichtet ihm von den Machenschaften eines verrückten Wissenschaftlers namens Moretti, der Experimente an den Gehirnen von im Koma liegenden Menschen durchführt. John kann mit Paulettes Hilfe ein verlassenes Gebäude aufspüren, das Moretti als Labor für seine menschenverachtenden Versuche diente. Moretti ist zwar nicht aufzufinden – aber die Komapatienten liegen immer noch in dem Labor. Doch bevor John Doe sich um die Menschen kümmern kann, schaltet sich ein Computerhacker in den Fall ein und droht damit, das Elektrizitäts- und Wassersystem zu manipulieren und damit ganze Stadtteile von Seattle lahmzulegen. John gelingt es jedoch, den Hacker aufzuspüren, der sich als ein Gegner von Moretti und dessen Experimenten entpuppt. Gemeinsam wollen sie dem Wissenschaftler das Handwerk legen, doch als sie das Labor erneut aufsuchen, sind die Komapatienten verschwunden …

John und Digger bekommen die Information, dass ein Mann aus dem Seneca-Institut, einer Forschungsanstalt für PSI-Begabte, ausgebrochen ist. Jay erkennt in dem Mann seinen Blutsbruder Jay Dougan. John erscheint das Bild des Mannes in seinem Geiste – und zwar in Farbe, obwohl er eigentlich keine Farben erkennen kann -, doch die Erscheinung verschwindet zusehends, je näher er und Digger dem Institut kommen. In einem Waldstück finden die beiden die Armeemarke von Jay und machen sich auf den Weg zu der Heilanstalt, wo Jay sich aufgehalten hat. Doch dort erfahren sie, dass Jay angeblich niemals in dem Institut behandelt wurde. Daraufhin beschließen John und Digger, das Seneca-Institut mal genauer unter die Lupe zu nehmen, und sie entdecken die bestürzende Wahrheit …

John leidet unter bizarren Visionen: Er sieht Bilder von einem Mordopfer ohne Gesicht und eine mysteriöse Fabrik. Die Visionen führen ihn tatsächlich zu einem Industriegelände, auf dem bis vor kurzem eine geheimnisumwitterte Organisation namens Phoenix tätig war. Dort verbargen sich auch die paranormal begabten Menschen, die John im Seneca-Institut getroffen hatte: Diese Leute verfügen über Fernwahrnehmungskräfte, ganz ähnlich wie bei John. Der gesichtslose tote Mann aus Johns Visionen stellt sich als einer der Undercover-Agenten des geheimnisvollen ‚Trenchcoat‘-Mannes heraus. John gelingt es endlich, den Mann mit dem Trenchcoat zu fassen. Es ist Samuel Donald Clarkson, und er könnte John helfen, endlich das Rätsel über seine Existenz zu lösen …