אדם אלמוני מתעורר ומוצא את עצמו תקוע על אי. כשהוא רואה דיווח חדשותי על ילדה חטופה, עיוור הצבעים מבין שהוא רואה את הילד בצבע ובטוח שהיא מחזיקה במפתח לתעלומת זהותו.

בעודו ממשיך במסעו להבין מי הוא ומאיפה הגיע, ג'ון דו חייב להשתמש בכל היכולות הייחודיות שלו כדי לפתור מקרה רצח מבעית הכולל בריכת שחייה המלאה בדם אנושי.

קורבנות רצח מופיעים חצויים והמשטרה מזמינה את ג'ון לסייע במקרה. דנ"א מוביל לחשוד כלוא בבית מקלט שטוען שהוא יכול לעזוב את המקום בחלומותיו.

כאשר מוצאים שרידי שלד אנושי באתר בנייה, הבעלות נעוצה לאדם שהוא מצלצל מת עבור ג'ון.

ג'ון דו חושד בקישור לזהותו שלו כאשר גבר עירום עם סימן דומה וללא זכר מי הוא נשטף לחוף מאי הפרסה, בדומה להגעתה של דו לעיר.

כשהוא חוקר פשע אלים ובלתי אפשרי לכאורה שבוצע במוזיאון סיאטל לאמנות, ג'ון מגלה שקרן מעורבת.

כשנער ואימו ניגשים לג'ון דו בטענה שרישומי בנק הזרע מצביעים על כך שהוא אביו של הילד, ג'ון נגרר לתעלומה בעודו מנסה לאתר את רשימת התורמים ומגלה ששניים מהם מתו באופן דומה.

ג'ון מגלה רמזים המובילים לחייו האמיתיים, שובל שלוקח אותו לאידהו ומעלה יותר שאלות מאשר תשובות.

ג'ון עולה על טיסה ללונדון אבל מגלה תעלומת רצח באוויר תוך כדי היכרות עם נוסעת יפה העוסקת בנוירולוגיה.

ג'ון דו מסתדר בסיאטל ומוצא לעצמו חברים חדשים, ועוזר למשטרה לפענח את פרשת היעלמותה של ילדה צעירה, שלדעתו יש לה קשר לזהותו העלומה.

ג'ון דו עוזר למשטרה לפצח פרשת רצח עקובה מדם, ובמקביל ממשיך לתור אחרי האשה שקראה לו בשם "טומי", בעודה נוסעת על מעבורת חולפת.

ג'ון דו מוצא עוד מישהו שאינו יודע את זהותו האמיתית, אך האיש נעלם בצורה מסתורית. החיפוש אחריו מוביל את דו היישר לציפורניו של רופא רצחני, שמעורב בעסקי הסמים.

אמן יוצא דופן, שהופך לחשוד העיקרי בשוד יהלומים ממוזיאון מקומי, מתגלה כחבר מהעבר של קארן.

בטיסה ללונדון, בדרך לחופשה, מספיק ג'ון דו לפענח שתי רציחות, למנוע את התרסקות המטוס, להתחבר לרופאה יפהפייה ולהציל אותה מידיו של רוצח חסר רחמים.

הרוצח הסדרתי לני פרסקו, הידוע גם בכינויו "המתאבל", חוטף את אייברי במסגרת תוכניתו השטנית להתעמת עם ג'ון דו, בו הוא רואה יריב ראוי.

ג'ון דו מחדש את הרומן שלו עם רייצ'ל, האשה שפגש במטוס בדרכו ללונדון, ומפצח את תעלומת רציחתו של די-ג'יי במועדון דאנס.

בעוד הייז נאבק לקבל משמורת על ילדיו, הוא וג'ון דו חוקרים אדם מופרע בנפשו, בו הם חושדים בחטיפתם של אנשים תמימים מתוך כוונה לשחזר את משפחתו, שנספתה בתאונה נוראית.

ג'ון דו נפגע ממכת ברק, שבעקבותיה הוא כבר אינו עיוור צבעים, אבל במהרה הוא מגלה כי אותה פגיעה גרמה לו לאבד את האינטליגנציה הגבוהה שלו.

ג'ון דו יוצא לחקור בית חולים סודי, המבצע בחוליו ניסויים פיזיים של ראייה למרחק.

ג'ון דו וסקוט מאחדים כוחות, ונעזרים ביכולותיהם המיוחדות על מנת לאתר את מקום הימצאם של תרזה ושל בן ערובה נוסף.