Alors que la Maison-Blanche chancèle suite à l'enlèvement de Zoey, la jeune fille du président, le gouvernement est temporairement confié au parti républicain, en raison de la démission annoncée du vice-président de Bartlet. Abbey Bartlet supporte avec fermeté son mari, mais le traumatisme de la perte probable de leur enfant la force à confronter Bartlet avec l'idée que la situation pourrait être le résultat direct de l'assassinat d'un dangereux agent étranger qu'il a ordonné il y a quelques mois.

La crise internationale liée à l'enlèvement de la jeune Zoey Bartlet par des terroristes atteint un point critique. Glenallen Walken, le porte-parole de la Maison-Blanche et président provisoire, ordonne le bombardement des camps terroristes du Qumar. Les kidnappeurs font alors savoir qu'ils ont 24 heures pour retirer leurs troupes du pays...

Après avoir vécu un des chapitres les plus poignants de l'histoire du pays, la Maison-Blanche célèbre la fête nationale. Bartlet doit nommer un candidat à la vice-présidence mais son premier choix, le secrétaire d'Etat Lewis Berryhill, ne sera pas approuvé si facilement...

Un pianiste nord-coréen renommé est accueilli à la Maison-Blanche pour une représentation, mais le caractère cérémonieux change lorsque le musicien glisse un message au président expliquant qu'il ne souhaite plus jouer. En dépit d'une plaidoirie passionnée de C.J., d'autres conseillent Bartlet en lui précisant qu'accepter ce refus ne ferait que compromettre les négociations cruciales en cours avec le pays. Dans le même temps, les autres membres de l'équipe travaillent dur pour faire approuver le nouveau choix du président pour la vice-présidence, soit le membre du congrès du Colorado Robert Russell.

Après avoir été présenté comme le 101e sénateur dans un journal, Josh entre en conflit avec le sénateur conservateur Carrick, un démocrate de l'Idaho. Will reçoit une offre flatteuse du nouveau vice-président, Robert Russell, tandis que C.J. affronte la mauvaise humeur de Léo quand elle s'écarte de la ligne de conduite officielle à propos d'un rapport du Bureau de Protection Environnemental sur l'énergie à base de charbon...

Suite à une tornade meurtrière en Oklahoma, Bartlet se rend sur place pour apporter son soutien. Mais sa grande compassion prend le dessus et il finit par rester plus longtemps que prévu. Pendant ce temps, Leo s'inquiète au sujet de plusieurs crises qui sévissent dans la capitale et qui nécessitent l'attention immédiate du président, alors que Josh pense au pire après qu'un mauvais calcul politique a coûté cher aux démocrates...

L'équipe du président se querelle avec le nouveau porte parole, Jeff Haffley, à propos du budget fédéral, en cours de négociation. Pendant ce temps, Toby dépêche l'ancien greffier de la Cour Suprême et ami personnel, Joe Quincy, pour surveiller l'état de Roy Ashland, le président de la Cour Suprême, alors que Washington se demande s'il va finalement démissionner. Le bouclage du budget approchant, la conseillère militante, Angela Blake, fait face à un défi de taille en essayant d'élaborer une entente qui peut compromettre les promesses de campagne de Bartlet...

Une désastreuse crise financière paraît imminente lorsque le gouvernement fédéral est renversé après l'affrontement du président et du puissant porte parole de la Maison-Blanche au sujet d'une réduction de budget. Les sondages d'opinion montrent que la population accuse les démocrates d'être dans l'impasse. Comme Leo, Josh et Toby renvoient le personnel à la maison, le trio reste inquiet que le président refuse de transiger - jusqu'à ce qu'il fasse éclore un projet audacieux pour mettre au défi personnellement et publiquement les républicains dans les couloirs du Capitole. Pendant ce temps, Abbey réapparaît soudainement de son exil auto-imposé pour un dîner d'État qu'elle pourrait avoir à cuisiner elle-même.

L'illumination de l'arbre de Noël à la Maison-Blanche est gâchée lorsque le président apprend que des membres chrétiens d'une association humanitaire sont retenus dans une prison islamique au nord du Soudan. Bartlet accueille ses trois filles Zoey, Liz et Ellie, et est surpris d'apprendre que le mari de Liz, Doug Westin, veut faire campagne pour le Congrès dans le New Hampshire. Pendant ce temps, quand les licences de certains docteurs de l'Oregon sont suspendues après qu'ils ont administré des médicaments dans le cadre d'un suicide assisté, Toby tente de faire en sorte que le président ne s'enlise pas dans un débat - et entre en conflit avec Will, qu'il envoie convaincre le vice-président de s'attaquer lui-même à ce raz-de-marée politique.

Suite à la mort d'un ancien président des Etats-Unis, les deux ex-présidents encore vivants se rendent aux funérailles en compagnie de Bartlet. A bord de l'avion qui les y conduit, les deux anciennes figures du pays débattent sur les difficultés de leurs mandats. Leurs erreurs passées hantent le gouvernement actuel dont un évènement récent : des revendicateurs ont encerclé une plateforme pétrolière saoudienne, faisant 200 otages dont 50 américains. Pendant ce temps, C.J. enquête sur les expériences du gouvernement sur le contrôle d'esprit. Quant à Léo, il découvre que son ex-femme s'est fiancée.

Toby termine le discours annuel du président au Congrès avec plusieurs semaines d'avance et Joey Lucas, enceinte, recueille les impressions de quelques civiles. Charlie est intrigué par Meeshell Anders, une future journaliste qui aurait un secret. De son côté, Abbey met la pression à son mari pour qu'il pardonne le leader d'une tribu d'Amérindiens, condamné pour le meurtre de deux agents du FBI. Quant à Toby, il engage une nouvelle assistante, Rena.

Toby convainc Bartlet de ratifier secrètement sa tentative de réforme de la sécurité sociale. Mais les efforts de Toby pour recruter un sénateur républicain et une cohorte démocratique sont publiquement divulgués, forçant l'administration à faire marche arrière laissant Josh et Léo furieux et impuissants. Pendant ce temps, C.J., toute aussi ignorante, doit gérer un journaliste prêt à imprimer tous les détails de l'affaire. Les membres féminins du personnel se plaignent à Josh au sujet d'une nouvelle employée, une femme mystérieuse vêtue de manière aguichante et allouée à Toby.

Quand la détonation d'une explosion nucléaire secrète est détectée dans l'océan Indien, Bartlet lance une investigation pour savoir quelle nation possède désormais la bombe nucléaire. Les soupçons portent rapidement sur l'Iran et Bartlet ordonne à des bombardiers de détruire les cibles les plus enrichies en uranium de ce pays. Pendant ce temps, Josh blâme le personnel de la NASA sur l'avenir de l'exploration spatiale, jusqu'au moment où il est présenté à une jolie administratrice. De son côté, C.J. est exaspérée quand un présentateur d'un talk show télévisé, Taylor Reid, la dénigre à l'antenne, et Will révèle au vice-président Russell qu'il est considéré comme un bouffon par le personnel de la Maison-Blanche.

Lorsque cinq membres d'un équipage aéroportés sont abattus par des jets nord-coréens, le président Bartlet dépêche une équipe de la Navy pour les retrouver ; ceci rappelle alors à Léo sa propre expérience, alors qu'il était pilote. Pendant ce temps, C.J. accepte un duel télévisé en direct avec une personne entêtée, le présentateur conservateur d'un talk show. De son côté, Josh enrage lorsqu'en briefant le président à propos d'une réduction d'impôt contestée pour les femmes au foyer, il est contredit par un jeune stagiaire effronté.

L'administration Bartlet apprend d'une fuite de la presse que l'ancien vice-président Hoynes préparerait un livre dans lequel il révélerait des informations nuisibles au président et à Léo. Hoynes projette, en effet, de devenir candidat pour la présidence des Etats-Unis. Les nouvelles assomment d'abord C.J. lors de son débat télévisé en direct avec Taylor Reid. Josh accueille le maire de Washington D.C. à la Maison-Blanche et doit faire face à une tempête politique quand Ryan propose de fermer une base militaire dans un district appartenant à un membre du congrès important...

Bartlet est furieux lorsqu'une rivale conservatrice du congrès essaie de mettre fin au financement controversé d'une étude médicale de l'Institut National de la Santé, en révélant qu'Ellie, la fille du président, y travaille en tant que scientifique. Alors que Toby recherche l'origine de la fuite interne qui a valu à Ellie une exposition médiatique, Josh essaie de convaincre un vieil ami de l'université de rester dans la compétition pour être juge du 6ème Circuit de la Cour Fédérale. Pendant ce temps, C.J. pousse Abbey à améliorer son image de première dame des Etats-Unis et de médecin en activité...

Suite à la mort soudaine d'un juge républicain de la Cour Suprême, l'administration Bartlet met tout en œuvre pour lui trouver un remplaçant de qualité et les candidats se bousculent. Mais le président sent que la tâche est très risquée jusqu'à ce que Josh mette au point un plan insensé qui pourrait laisser la voie libre à Evelyn Baker Lang, une libérale qui serait un choix impensable. Les candidats potentiels sont conviés dans les bureaux du président et sont interviewés, certains ne servant qu'à semer le trouble chez les journalistes. Mais tout le monde s'interroge lorsque le président rencontre Christopher Mulready, un juge brillant mais conservateur...

A la veille d'une rencontre très controversée à Bruxelles, Josh est troublé d'apprendre que Bartlet compte revenir sur sa position au sujet de la perte d'emplois américains au profit de pays étrangers. De son côté, C.J. est frustrée par une nouvelle décision de la Commission Fédérale de la Communication permettant aux sociétés multimédias de posséder davantage de chaînes de télévision. Pendant ce temps, l'administration essaie de minimiser les statistiques sur les pertes d'emploi et Donna fait part à Josh de son mécontentement quant au rôle limité qu'elle joue dans l'équipe. Quant à Bartlet, il rencontre Kate Harper, la nouvelle conseillère adjointe à la sécurité nationale.

Après avoir assisté à un dîner officiel à l'extérieur, Bartlet et son équipe retournent à la Maison Blanche mais y sont mis en quarantaine lorsque le détecteur de radioactivité signale une substance étrangère dangereuse. La situation oblige des regroupements pas forcément heureux dans de toutes petites pièces. Isolé avec Will, Toby accuse son ancien assistant de comploter dans le dos de Bartlet. Pendant que des agents des services secrets et des inspecteurs spécialisés tentent de détecter la source du problème, le président, Fiderer et Charlie se soumettent à un examen physique, alors que dans une autre pièce, C.J. donne des conseils à Donna quant à sa carrière. Coincé avec la nouvelle conseillère en sécurité, Kate, Josh lui demande pourquoi une de ses blagues a été supprimée du discours de Bartlet, et obtient une réponse surprenante...

Donna et l'amiral Fitzwallace se rendent, avec quelques membres du Congrès, dans la très disputée bande de Gaza pour tenter de trouver des solutions au conflit israélo-palestinien. Mais une bombe atteint leur véhicule, causant des pertes au sein de la délégation et incitant Bartlet à considérer une attaque militaire...

Après la mort de plusieurs membres de la délégation américaine qui étaient en visite dans la bande de Gaza, Bartlet réfléchit à l'action militaire la plus appropriée. De son côté, Josh joue la prudence en rencontrant un mystérieux agent secret étranger...