高中二年级的暑假，礼堂光在感受到某种神秘的召唤后回到了故乡。在银河神社中，礼堂光发现了银河火花与一个不可思议的人偶——泰罗奥特曼。泰罗告诉他，黑暗火花将所有的奥特曼和怪兽变成了玩偶，银河火花是解开一切诅咒的唯一希望。礼堂光在泰罗的指引下尝试实体化泰罗但没有成功，却偶然发现并超实体化了布莱克王人偶，这时通过黑暗实体化的闪电达兰比尔出现了。礼堂光在危急时刻变成了银河奥特曼，使用银河雷电击打败了闪电达兰比尔。

一个摩托暴走族，疯狂地追逐恐吓美玲，巴尔基星人发现后，利用了他的黑暗心灵，使其黑暗实体化变成了凯姆尔人。凯姆尔人在夜晚继续追逐美玲，被美玲用棒子殴打后恼羞成怒，开始巨大化，礼堂光变身闪电达兰比尔却被其打败。礼堂光最终变身银河奥特曼用银河火焰球打败了凯姆尔人。

降星小学被废弃后，老校友菅生优香深感小学的落寞，被巴尔基星人利用变成了双头怪兽庞敦。优香假意请求健太为其拍照，实则进入职员室接近泰罗人偶，并想烧掉学校。礼堂光变身凯姆尔人前去解救泰罗和人偶，接着巨大化，上前阻止却未能成功。最终变身银河奥特曼，用银河圣剑将其打败。可泰罗却被浮在太空中的詹杀手操控者一条寺友也抓走。

杂志社的摄影师来降星小学拍摄写真，预约的模特却放了鸽子。一直想成为偶像的千草满心期待当上模特，但是摄影师却选择了美玲，千草十分嫉妒。巴尔基星人利用千草的嫉妒心使其变成了拉贡，拉贡想要攻击美玲，被阻止后巨大化。礼堂光变成庞敦王上前阻止却被暴揍。 美玲播放音乐，使千草冷静下来。礼堂光趁机变身银河奥特曼使用银河慰藉使千草恢复原样。末尾，一条寺友也操控的詹杀手趁机偷袭，银河奥特曼首次亮红灯并倒下。

礼堂光把怪兽和奥特曼变成人偶的事告诉千草，但却向健太隐瞒事实，以防敌人伤害。恰好到场的健太认为小光他们排斥自己，气愤出走，被巴尔基星人给予的黑暗火花迷惑，与朋友们反目成仇。友也故意让礼堂光目睹詹杀手退化为健太，加深伙伴们的误会。争执中，礼堂光把健太打倒在地，健太恢复清醒，黑暗火花消失。此时友也操纵詹杀手出现，礼堂光先实体化为多拉格里与之迎战，后变为银河奥特曼与之在宇宙中周旋。由于能量不足，由银河奥特曼变回礼堂光，詹杀手帮助礼堂光回到地面。这时，一道紫光击中詹杀手，黑暗迪迦突然登场！

泰罗使用奥特念力助礼堂光和一条寺友也逃脱黑暗迪迦的攻击。众人得知友也的人生道路已被父亲安排，自己没有梦想。礼堂光提出为友也决定一个梦想：打倒银河奥特曼。 友也操纵詹杀手发出挑战，礼堂光变身银河奥特曼，成功破坏了友也的黑暗火花，导致詹杀手停止运作。银河的计时器亮起了红灯。 此时黑暗迪迦再次出现，还将巴尔基星人巨大化，两人一起向银河奥特曼进攻。友也超越银河的执念重启詹杀手变成詹奈，与银河并肩作战。银河奥特曼使用银河穿击光线，詹奈使用JEAN STAR DUST一起击败黑暗迪迦和巴尔基星人。

继巴尔基星人之后，灰色纳克尔星人担任代理人继续活跃在星降村里。 除礼堂光外，朋友们均穿着校服登场。礼堂光有种不祥预感，决定暂时留在星降村而不回到父母身边。 学校被神秘力量封闭，众人均无法走出学校范围。黑暗伽汝贝罗斯出现。礼堂光先后实体化为布莱克王、银河奥特曼与之展开擂台战，并最终将其击败。

美铃的父亲石动诚一郎、开发部部长黑木友 美、建筑设计师桑原出现，他们来是商量拆除学校一事。由于同样被困学校，所有人唯有在学校过夜。 睡梦中，桑原偷走了银河火花。次日，桑原把银河火花交给了灰色纳克尔星人。灰色纳克尔星人却没有履行承诺放走桑原，反使他黑暗实体化为扎拉加斯。 美铃向银河神社祈祷，竟获得了一个蓝色的银河火花，超实体化为雷德王迎战扎拉加斯。伙伴们为礼堂光夺回银河火花，礼堂光实体化为银河奥特曼。扎拉加斯不久就打败了雷德王，幸而最终被银河打败。此时，黑色的初代奥特曼出现了……

银河奥特曼最终回两部的前篇！ 终于透露出黑暗支配者的真正身份！ 愤怒的纳克尔星人格雷利用美玲的黑暗内心，黑暗实体化超级古兰特王。巨大的震动威胁着降星小学。礼堂光发现对方是美玲，为了拯救她，礼堂光抱着必死的觉悟进入了美玲的意识。

银河奥特曼的最终回！银河和降星镇的人们与黑暗的支配者展开最终决战！使曾经的奥特战士和怪兽受到黑暗波动而变成人偶的黑暗魔神复活了，他的名字是黑暗路基艾尔！他发出的黑暗动波使曾经每一个黑暗实体化的人沉入昏迷状态。银河奥特曼也被打败……

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