魔女の世界から巫女長がやってきた。優れた力を持つ魔法少女だけが参加できる合宿があり、砂沙美達は選ばれた魔法少女なのだと言う。魔法少女集会でステキな虹の魔法を見せてくれたお姉さんたちと同様、自分たちもその中に選ばれたのだと知り興奮する美紗緒。

合宿にやってきた砂沙美たち。巫女長から魔女と人間の悲しい歴史を聞かされ、美紗緒は魔女に強く共感し、人間に対して批判的にな事を言い出す。一方、人間と魔女を区別することが理解できない砂沙美。考え方の違いから2人の間に小さな溝が生まれる。

砂沙美たちを迎えにきた鷲羽と大門。真夜中に合宿所へ忍び込み、砂沙美たちを連れ出そうとする。突然のことに面食らう魔法少女たちだが、鷲羽の必死な姿を見て、何も聞かずついて行く事にする。ただひとり、帰る事を拒む美紗緒。そして砂沙美の姿も消えていて…。

美紗緒は鷲羽に反発。クラブを休み、砂沙美とも距離を置くようになる。そんな2人の様子にもんたが気付き、これで仲直りしろと砂沙美に花火セットを渡す。もんたも参加して楽しい花火大会が始まった。再び心を通い合わせた砂沙美たちを学校中の水が襲う。

魔女の世界へ来ないかという、きらめき組の誘いを断る美紗緒。しかし「今のままでは砂沙美の後ろにいて注目される事もなく力を発揮する事もない。あなたには砂沙美に負けない程の力があるのに、それでいいの？」綾音の言葉に美紗緒の心は大きく揺らぐ。

美紗緒が魔女の世界へ行ってしまい、しょんぼりする砂沙美。その頃、美紗緒は魔法の腕をめきめきとあげていた。綾音との試合で勝利し、魔法少女たちの頂点であるアカツキの乙女となる。そして巫女長から砂沙美を魔女の世界へ連れてくるように命を受ける。

あこがれの巫女長から黄昏の塔を与えられ、すっかり有頂天になる美沙緒。巫女長の期待に応えようと砂沙美を捕らえる決心をする。何も知らない砂沙美たちは美沙緒救出に黄昏の塔に向かっていた。すると美紗緒が砂沙美たちに、きらめき組を従え、攻撃してきた。

自分は砂沙美を捕らえるための道具にすぎなかった事を知り、落ち込む美紗緒に巫女長が語りかける。「光を眩しいと思うなら…光に打ち勝つしかない。闇で覆うしかない。そうすれば皆、あなたを見てくれる」そして美紗緒をケウラのもとへと導いていく。

ケウラの邪念により、すっかり変わってしまった美紗緒は砂沙美たちを攻撃。「危ない！」光の魔法で攻撃を防ぐ砂沙美のポケットから美紗緒のために直した「なかよしの指輪」が転がり落ちる。それを見た美紗緒の心は揺れるが、ケウラの邪念が美紗緒を苦しめる。

眠り続ける美紗緒を大門に託し、砂沙美たちは神殿へと向かう。後から大門におぶられてやってきた美紗緒も加わり、幹部たちの木に花を咲かせる。光の魔法により幹部たちから「人間への悪意」は消え去った。だが、納得のいかない巫女長はケウラの封印に手をかけた。

アミターヴと共に人間の世界に戻ってきた砂沙美たち。岩倉家に魔法少女たちがお泊まりにやってきて、大騒ぎ。戻ってきた明るい声に穏やかな表情を見せるパパ。しかし、ケウラの封印が解かれた知らせを受け、大釜を封印するしか方法がないのかと苦悩するパパ。

ケウラと戦い傷だらけになっていく魔法少女たち。みんなを助けたい、でもアミちゃんに犠牲になれとは言えない。苦悩する砂沙美をみてアミターヴは穏やかに呟く。「ササミは…アミちゃんがあっためてあげます」微笑むとアミターヴはケウラの中に突入していった。