顧問の鷲羽先生が出した料理クラブへの入部条件はうさぎのようなかわいい魎皇鬼をさばくことだった。家庭科室から逃げ出した魎皇鬼を追いかけて用務室まできた砂沙美と美紗緒。突然、用務室のタンスが光を放ちながら開き、2人はタンスの中へ吸い込まれる。

真琴は身長が低い事が悩みの種。身長をのばすために給食の牛乳を人の分まで飲みまくり、午後はトイレにこもる毎日。いつものように午後をトイレで過ごす真琴。校舎から出てくると空には星が輝いていて、一番星に「おっきくしてちょうだい」とお願いしたら…。

杏莉（アンアン）は崇拝する司に声をかけるが、司はアンアンをまったく覚えていない。アンアンの怒りの矛先は司と親しくしている砂沙美たちに向かった。その夜、杏莉が魔法少女たちへの罵詈雑言を一心不乱に手帳に書きつけ呪文を唱えると手帳がチカッと光った。

魔女の世界から「魔法少女集会」のお知らせがきた。砂沙美たちは鷲羽、大門と共に魔女の世界へ行くことに。修学旅行気分で枕投げに興じる砂沙美たち。夜更けに目覚めた砂沙美が外へ出ると微かに歌声が聞こえてきた。声をたどると、そこには美しい少年がいた。

砂沙美とアミターヴは泉のほとりで、明け方まで楽しい時間を過ごす。翌日、魔法少女集会で砂沙美はアミターヴの姿を探すが、その姿はない。魔法少女集会も無事終了。しかし、鷲羽と大門は手のひらを返したような魔女の世界のやり方に疑問を抱き始める。

アミターヴとの思い出の花を大事にしていたのに、学校から帰ると花がなくなっていた。枯れていたからママが捨ててしまったのだ。悲しくて家を飛び出してしまう砂沙美。後を追ってきた美紗緒と帰りの電車賃もなく、途方に暮れていると、もんたがやってきた。

伊佐奈小学校恒例のニコニコバザー。砂沙美たち以外とは打ち解けられない美紗緒は砂沙美と班が分かれてしまい、がっかり。それでもみんなと仲良くなろうと努力するのだが…。バザーに参加できなかった美紗緒のために、砂沙美たちが力を合わせて手作りのバザーを開く。

殿部が料理クラブは廃止だと騒ぎだした。鷲羽の腕を試し、納得のいく料理ができなければ料理クラブは廃止、鷲羽に学校を去れと言う。料理が苦手な鷲羽に砂沙美たちが特訓を開始する。が、鷲羽の料理は惨憺たるものだった。そこで砂沙美が考えだした作戦は…。

魔法を使っているところを小さな女の子（浅海）に見られてしまった。浅海は魔法少女の弟子になりたいと言い出す。魔法使いになって、亡くなった両親を生き返らせたいと言う浅海に砂沙美たちは同情するが、自分も母親を亡くしている司の心中は複雑だった。

魔法少女大会で優勝すると意気込んでいた砂沙美たちだったが、砂沙美の懸命さとは逆に次第にやる気をなくし、1人2人と魔法の特訓に来なくなる。砂沙美の頑張りは空回りして皆から孤立してしまうが、1人でも頑張ろうと決心する。そんな気持ちがみんなに届いて…。

美紗緒は自分が魔法少女だともんたに告白すると決心。しかし、もんたを呼び出したその日が魔法少女大会だと知り、青ざめる美紗緒。魔女の世界へ通じる電車に乗り込むが、出発寸前に電車から飛び出してしまう。必ず戻ると約束し、砂沙美は美紗緒の後を追う。

最後の競技が始まった。競技の内容は皆で協力して枯れた木に花を咲かせること。しかし、気持ちが1つにまとまらず、とんでもない花ばかりが咲き、ケンカまでする始末。そこへ美紗緒が手をつなぐ事を提案。すると、皆の心が暖かい気持ちで満たされて…。