De retour dans son univers, Will veut s'assurer que sa mère se porte bien. Pendant ce temps, Lyra se rend au museum d'histoire naturelle où elle croise Lord Boreal. L'aléthiomètre la conduit dans le bureau de Mary Malone, une physicienne d'Oxford dont les recherches portent sur la matière noire ou poussière. Le père McPhail espère devenir le nouveau cardinal. Fils d'une sorcière, le docteur Lanselius tente d'apaiser le Magisterium, en vain.

Après que Lord Asriel ait ouvert un pont menant à un nouveau monde. Totalement désemparée par la mort de son meilleur ami Roger, Lyra suit Asriel dans l'inconnu. Au sein d'une mystérieuse cité abandonnée, elle fait la rencontre de Will, un jeune garçon venant du même monde que le nôtre et qui, tout comme Lyra, est hanté par un passé trouble.

Lyra veut se rendre au Pays des morts pour sauver Roger, mais Will a d'autres projets. Madame Coulter insiste auprès d'Asriel pour qu'il se porte au secours de leur fille. Mary reprend la route.