Dans un univers où théologie, magie et science sont entremêlées, Lyra Belacqua, qui a grandi au Jordan Collège, à Oxford, rêve de suivre son oncle, Lord Asriel, dans les Royaumes du Nord. Considéré comme un hérétique par les membres du Magistérium, celui-ci a fait d'étonnantes découvertes lors de sa dernière exploration dans le cercle polaire. Dans le même temps, des enfants disparaissent mystérieusement ici et là...

Après sa chute, Lyra est capturée par un ours en armure et présentée à Iofur Raknison dans son palais de Svalbard. Elle parvient à lui faire croire qu'elle est le daemon humain d'Iorek, créée par des scientifiques à Bolvangar. Un terrible combat a lieu. Boreal rend visite à Elaine Parry et insiste pour qu'elle lui remette les lettre rédigées par son mari, ce qu'elle refuse catégoriquement. Madame Coulter et les hommes du Magisterium prennent la direction de Svalbard pour se débarrasser d'Asriel...

Alors que le Magisterium se rapproche, Lyra en apprend plus au sujet de la révolte d'Asriel. Mais elle paiera au prix fort l'aide qu'elle lui apportera...

De retour dans son univers, Will veut s'assurer que sa mère se porte bien. Pendant ce temps, Lyra se rend au museum d'histoire naturelle où elle croise Lord Boreal. L'aléthiomètre la conduit dans le bureau de Mary Malone, une physicienne d'Oxford dont les recherches portent sur la matière noire ou poussière. Le père McPhail espère devenir le nouveau cardinal. Fils d'une sorcière, le docteur Lanselius tente d'apaiser le Magisterium, en vain.