สไตรคอร์จอมชั่วร้ายวางแผนการใหญ่เพื่อครอบครองสกายแลนด์และมอบหมายให้เคออสกับสปายโรผู้ถูกด้านมืดครอบงำลักพาตัวคิงเพน ขณะเดียวกันสเตลท์เอลฟ์ได้สานสัมพันธ์กับคาสซานดร้า

เหล่าสกายแลนเดอร์ต่างก็ตื่นเต้น เมื่อสปายโรเดินทางกลับมายังอคาเดมีอีกครั้ง แต่ทุกคนกลับไม่รู้ว่าเขามีแผนการบางอย่างแอบซ่อนเอาไว้

หลังจากคว้ารางวัลใหญ่ในศึกค้นหาสุดยอดฮีโร่แห่งสกายแลนด์มาได้ เหล่าสกายแลนเดอร์เริ่มจะรู้สึกมั่นใจในความสามารถของตัวเองมากเกินไปหน่อย

เมื่อพลังประสาทสัมผัสเคราของอีออนแข็งแกร่งมากขึ้นเรื่อยๆ เขาค้นพบว่ามีคนทรยศแฝงตัวอยู่ในอคาเดมี ซึ่งอีรัปเตอร์เชื่อว่าคนทรยศคนนั้นคือคาสซานดร้า

อีออนตัดสินใจขอความช่วยเหลือจากนักบินมากฝีมืออย่างกัปตันฟลินน์ แต่กลับค้นพบว่าเขาอาจจะไม่ได้เก่งกาจเหมือนอย่างคำร่ำลือ

เมื่ออีออนหมดสติในศึกฟู้ดไฟท์ ทั้งเจ็ทแวคกับสไปโรจึงต้องสวมรอยใช้ร่างของเขาเพื่อเข้าร่วมการประชุมกับคณะกรรมการตรวจสอบคนสำคัญจากสภาสกายแลนด์

สไตรคอร์มอบปลอกแขนให้สเตลท์เอลฟ์เพื่อเปลี่ยนเธอให้กลายเป็นวายร้าย แต่มันกลับตกไปอยู่ในมือของคนอื่นแทน

เจ็ทแว็กเชื่อว่ามีใครบางคนเปลี่ยนมาสเตอร์อีออนให้กลายเป็นไอ ผู้ต้องสงสัยคนสำคัญคืออีรัปเตอร์ สปายโร และสเตลท์เอลฟ์ โดยคำบอกเล่าจากปากคำของทั้งสามกลับต่างกันอย่างสิ้นเชิง

อีรัปเตอร์และสปายโรต้องการเจรจากับแครช แบนดิคูท ทั้งคู่จึงออกท่องเวลาเพื่อตามหาเขา แต่เมื่อกลับมายังเวลาปัจจุบัน ทุกสิ่งทุกอย่างกลับเปลี่ยนแปลงไปไม่เหมือนเคย

เหล่าสกายแลนเดอร์พยายามเอาชนะเคออสและพวกดูมไรเดอร์ในการแข่งขันครั้งใหญ่ที่เรียกว่า "สกายแลนด์ 500" แต่การทำงานเป็นทีมกลับเป็นเรื่องโหดหินกว่าที่คิด

เพื่อช่วยให้สปายโรหลุดพ้นจากด้านมืด เหล่าสกายแลนเดอร์จะต้องออกปฏิบัติภารกิจเสี่ยงอันตรายเพื่อตามหาพิษของไฟร์ไวเปอร์

เหล่าสกายแลนเดอร์ต้องเดินทางไปให้ถึงอาร์คัสก่อนสไตรคอร์และลูกสมุนให้ได้ และมีเพียงแผนการสุดเสี่ยงเท่านั้นที่จะทำให้ภารกิจครั้งนี้สำเร็จได้