El vil Strykore les ordena a Kaos y Dark Spyro que secuestren al rey Pen como parte de un plan maestro para dominar las Skylands. Stealth Elf se hace amiga de Kaossandra.

Los Skylanders están felices de tener a Spyro de vuelta en la Academia, pero sus viejos amigos no se dan cuenta de que trama algo.

Los Skylanders se confían demasiado de sus habilidades luego de ganar el gran premio a los mejores héroes de las Skylands.

Eon agudiza su sentido barbudo y descubre que hay un traidor en la Academia. Eruptor está convencido de que la espía es Kaossandra.

Eon decide convocar al célebre capitán Flynn para que ayude al equipo, pero pronto descubre que el piloto no es tan legendario como parece.

Food Fight dispara un tomatazo y deja inconsciente a Eon, entonces Jet-Vac y Spyro se meten en su cuerpo para que no falte a la reunión con un inspector importante.

Strykore deja un brazalete como señuelo para que Stealth Elf se convierta en malvada, pero alguien más lo encuentra primero.

Jet-Vac cree que alguien evaporó al Maestro Eon. Sus tres principales sospechosos son Eruptor, Spyro y Stealth Elf, pero cada uno cuenta una historia diferente.

Eruptor y Spyro deben hablar con Crash Bandicoot, así que viajan en el tiempo para encontrarlo, pero, a su regreso, el presente ya no es el mismo.

Los Skylanders deberán aprender a trabajar en equipo si desean vencer a Kaos y los Doom Raiders en la carrera más importante: la Skylands 500.

Para erradicar la oscuridad que habita en Spyro, los Skylanders deberán emprender una peligrosa misión para hallar el veneno de una Fire Viper.

Mientras los Skylanders corren contrarreloj para evitar que Kaos destruya el Núcleo de la Luz, Strykore intenta hacer que Kaossandra regrese al lado oscuro.