ドン平はある夜、墓場でバットを拾った。それは思った打球を打てる不思議なバットで、ドン平の野球チームはそのバットを使って勝ち続ける。しかし、そのバットはもともと妖怪チームのものだったのだ。奪還のため説得に向かった鬼太郎は、彼らにバットと命を賭けた試合を提案する。妖怪チームが不思議なボールを使ったため、バットの力も効き目を失いドン平たちの敗北は決定的となるが…。

子供たちが大勢倒れてしまう事件が発生した。鬼太郎はねずみ男から事件のことを聞き、調査に乗り出した。鬼太郎は怪しいギター弾きの男、野呂に目をつけるが、彼は夜叉に脅されて操られているだけだという。髪の毛のような姿で神出鬼没の夜叉を捕えるため、鬼太郎は自分が囮になり罠を仕掛けた。しかし、鬼太郎らに協力していた野呂こそが夜叉そのものだったのだ！

100年前に封印された妖怪たんたん坊、かまいたち、大口女が復活し、山中村を襲った。偶然村にやって来た鬼太郎は、村人たちを助けるため妖怪退治に向かう。途中鬼太郎はねずみ男に遭遇。彼が封印を解いてたんたん坊たちを目覚めさせてたことを知る。鬼太郎は強力な妖怪３体を相手に戦いを挑むが、ねずみ男に邪魔をされて苦戦する…。

パリで13人の美女を襲った吸血鬼ラ･セーヌが、鬼太郎を殺害するために日本にやって来た。ラ･セーヌはねずみ男を利用して鬼太郎を誘い出し、用心棒マンモスを使って鬼太郎を殺害する。だが、その後ラ･セーヌに鬼太郎のゲタがつきまとい始める。逃げ込んだ山奥の別荘にもゲタが！　ラ･セーヌはゲタを焼き払おうとするが…。

ニューギニアで３億年前の大海獣が発見された。日本から派遣された探検隊の中には鬼太郎の姿もあった。隊長の上島博士は大海獣の血液採取に成功するが、暴れ出した大海獣によって探検隊は壊滅。鬼太郎と若き科学者・山田秀一だけが生き残った。名誉と大金に目がくらんだ秀一は大海獣の血を奪い、それを鬼太郎に注射。鬼太郎の体がみるみる大海獣へと変貌してゆく！

秀一は大海獣の血液を手土産に日本へ帰り着き、探検隊唯一の生き残りとしてもてはやされる。一方、大海獣となった鬼太郎も日本へたどり着くが、それが鬼太郎だとは目玉おやじでさえ分からなかった。秀一は保身のために鬼太郎抹殺を画策。その頃、秀一の妹の啓子は、彼女が渡したお守りを大海獣が持っていたことから、その正体に気付いた…。

ねずみ男のアイデアで、本物の妖怪たちが集まってスリラーショーをすることになった。妖怪たちは本物と気付かれぬようにお客の人間たちを驚かせるが、乱暴な二人の客・黒川と白山にいたずらされてしまう。鬼太郎が抗議したものの二人は耳を貸さず、その鬼太郎まで張り飛ばしてしまった。コブを作られ怒った鬼太郎は、同じ大きさのコブで仕返しをすると宣言し、ゆうれい電車を準備する…。

鬼太郎は街角の骨董品店でただならぬ妖気を感じた。妖気の源は古い鏡で、大山という男に買われていった。その夜、大山の家で娘のカオリが消え去った。鏡に潜む妖怪、鏡爺の仕業だ。調査に乗り出した鬼太郎は、姿を失ったカオリと遭遇。彼女は鏡爺に姿を奪われたという。鬼太郎は間もなく鏡爺を発見するが、戦いの最中に自身も姿を奪われてしまう！

忠助少年は、入れば帰れないという"入らずの山"に入った。案に相違して無事に帰ったものの、翌日突風に飛ばされてしまう。"入らずの山"に住む見上げ入道にさらわれたのだ。見上げ入道は人間や動物を妖怪に変える妖怪学校を開いていた。鬼太郎は見上げ入道に立ち向かうが、突風で霊界まで飛ばされてしまう！

人間にパーティー会場の寺院を壊されたために、西洋の妖怪たちが怒り出した。彼らは人間との共生をやめて妖怪の国を作ろうと、その地を日本に定める。バックベアードを大将に西洋妖怪軍団は日本を征服すべく、まず日本近海の鬼界ヶ島を占領しようとする。この動きを察知した鬼太郎はすぐさま日本妖怪の有志を募り、鬼界ヶ島へと乗り込んでゆく！

鬼太郎たちと西洋妖怪軍団の乱戦が続くなか、日本側は鬼太郎と目玉おやじ、西洋側はバックベアードと吸血鬼が残った。しかし鬼太郎はベアードの催眠術によって操られてしまう。ベアードは鬼太郎を知恵袋に日本征服作戦を練り直すが、ちゃんちゃんこが霊力を発揮し、ベアードの催眠術を打ち破る。鬼太郎は最後の反撃を開始する！

ぬらりひょんは人間の姿で社会に入り込み、悪事を繰り返していた。鬼太郎が動き出したことを知った彼は、先手をとって罠を仕掛けることにする。だが鬼太郎は、ぬらりひょんの右手に取り憑いて操ることで懲らしめる。困った彼は蛇骨ばばあの元に駆け込み、鬼太郎の術から逃れるために力を貸してもらうが…。

二人組の凶悪犯が銀行から1億円の大金を強奪した。二人は逃走の果て、鬼太郎のいる森に迷い込む。ねずみ男を利用した上、カラスたちを縄で縛り上げて撃ち殺した二人。激怒した鬼太郎は二人を"地獄流し"にすることに決め、ひとりは地獄行きバスの切符で、もうひとりは鬼太郎自らの道案内で、二人を地獄へと送り込む！

山村に住む少女・百合子は、壺に封じられていた何者かを不憫に思い放してやった。しかし、それは大昔に封印された強力な妖怪・水虎だったのだ。村人たちを襲い水分を吸い尽くしてしまう水虎。百合子の説得にも耳を貸さないために、やむなく鬼太郎が立ち向かうことになるが、水虎は予想以上に強く…。

美女の生血を求めて世界中を旅していた吸血鬼エリートが日本へ舞い戻ってきた。鬼太郎は彼に狙われた花菱コンツェルンの会長に頼まれ、ボディガードを引き受ける。一方のエリートも、ねずみ男を秘書に雇ってまず鬼太郎を倒そうと考えていた。エリートの弾くギターの音で鬼太郎は催眠術にかかり、あっけなく捕らわれて体を溶かされてしまう！

エリートによって溶かされた鬼太郎の体は、恐山に送られて復元されることになった。一方、エリートは再び花菱を狙うが、鬼太郎のゲタに妨害される。怒ったエリートはその失敗をねずみ男の責任にして砂地獄へ放り込む。だが、目玉おやじの計略でエリート自身も砂地獄に落とされる。ねずみ男は救出され、勝利は目前かに見えたが…。

ハイウェイ公団が工事する地には壊せば祟りがあるという、猫のために建てられた塚があった。近くの村は伝説を信じ、猫を崇めて暮らしていた。公団のために調査に向かった鬼太郎は、そこで1200年間も生きているという猫仙人と遭遇する。仙術を駆使するうえ、手足のように猫を操る猫仙人に、鬼太郎は思わぬ苦戦を強いられる…。

鬼太郎一行は祭りで賑わう温泉地を訪れた。彼らが泊まる旅館の娘・尚子は、河原で出会った魔女に弟子入りをする。魔女は魔王の命令で、日本の少女10人を魔女にしようとしていたのだ。鬼太郎は少女をさらおうと企む魔女と対決。鬼太郎の霊力と魔女の黒魔術との、熾烈な戦いが始まる！

鬼太郎を訪ねてきた老人が、村を救ってほしいと言い残して木に変わってしまった。老人の住む奥山村では、人間が赤い木になる伝染病が流行していた。実は妖怪のびあがりの仕業で、のびあがりが人の血を吸って木に変えてしまう芽を植え付けていたのだ。調査に向かった鬼太郎だが、不覚にも隙をつかれて木に変えられてしまい…。

人間の体内に住み、その悪行をえんま大王に知らせる三虫。悪事を働けばえんま大王が怒り、妖怪にその人間を殺させるのだ。えんま大王は三虫の報告を聞いて、ねずみ男を殺せという指令を鬼太郎に下す。鬼太郎は猫娘の協力を得てねずみ男を懲らしめるが、それでもえんま大王の怒りを鎮めることはできない…。

東京の空に第２の月が出現した。それは狸山で甦った八百八狸の仕業だった。狸たちは事件の真相を知る鬼太郎をマークして襲撃。指導者である刑部狸の元へ鬼太郎を連れて行く。鬼太郎は日本征服を企む狸たちを欺き、住処である地下洞窟に封じ込める。ところが、刑部狸の呪いによって鬼太郎が狸へと変貌し始め…。

狸たちが送り込んだ第2の月の中から、妖怪獣・蛟龍が現れた！　町を破壊する蛟龍に日本政府もなすすべなく、国土を守るため狸たちに降伏することを決定。一方、鬼太郎は一反もめんとともに妖怪獣に挑むが、返り討ちに遭ってしまう。捕らえられて大なまずのエサにされそうになるものの、間一髪で難を逃れ、妖怪獣に再び立ち向かってゆく！

山の峠にある九谷村で交通事故が続発。妖怪の仕業と考えた村長は、鬼太郎に調査を依頼する。目玉おやじは妖怪ぶるぶるが犯人と見抜く。鬼太郎はぶるぶると対決し、髪の毛針で木に縫い付ける。ところが、鬼太郎がその場を離れた隙に、ねずみ男がぶるぶるを見つけて食べてしまった！

鬼太郎は女性を付け狙う男を懲らしめた。16年前、彼は事業に失敗して自殺しようとしたところを、妖怪・白山坊によって救われた。白山坊は命を助ける代わりに、娘が16歳になったら差し出せと要求した。成功者となった彼は約束を守ることが出来ず、白山坊を追い払うために若い女性から髪を奪って術を使おうとしていたのだ。鬼太郎は彼を救うため、白山坊と対決する。

三角山の村人たちは、一年もの間、一滴も雨が降らないために困り果てていた。そこで鬼太郎に助けを求めに行くが、鬼太郎より早くねずみ男が来ており、金儲けのために高名な雨山博士を騙して人工雨を降らせようと企む。だが、ヘリで飛び立った博士の一行は雨雲の中に入ったきり戻らなかった。どうやら電気妖怪かみなりの仕業らしい…。

ねずみ男は船上で妹が消えたという少年・賢一の話を聞き、お礼目当てに鬼太郎を担ぎ出した。鬼太郎たちはまんまと口車に乗せられ、イカダで海へ乗り出してゆく。鬼太郎たちは沖合で船幽霊に出くわした。彼らは海座頭に魂を奪われた人間たちで、沈没船から宝を集めて海座頭の財産を増やすため操られていたのだ。その中には賢一の妹・フミ子もいた！

プラモデルの飛行機が少年たちの元に届き、その飛行機が少年を連れ去るという事件が続発した。妖怪おどろおどろが犯人のようだ。少年たちの生き血を吸い、霊界に送り込んでいたのだ。調査に乗り出した鬼太郎。おどろおどろは、毛生え薬を研究していた科学者の変わり果てた姿らしいが…。

夢吉という少年が昼間にうたた寝を繰り返し、やがて悪夢に襲われるようになって姿を消してしまった。彼は妖怪まくら返しの虜となっていたのだ。鬼太郎は夢吉を救うべく、虹の橋を渡ってまくら返しのいる夢の世界へ向かう。夢の世界はまくら返しのテリトリー。鬼太郎が勝つためには、まくら返しの苦手とするバクを利用するしかない…。

ねずみ男が鬼太郎のもとに持ち込んだ鏡の中に、一人の少女が捕らわれていた。鬼太郎はその少女を解放して訳を聞く。どうやら雲外鏡という妖怪に狙われているらしい。鬼太郎は雲外鏡を退治しようとするが、逆に鏡の中に閉じ込められてしまう。実は少女こそが雲外鏡であり、鬼太郎はその罠にかかってしまったのだ！

100年前にカラス天狗に封印された、悪魔ベリアルが復活した。ベリアルは100年前とは逆にからす天狗を封印し、日本征服に乗り出した。その動きをいち早く察知した鬼太郎は、子泣き爺たちの協力も得てベリアルに立ち向かう。だが、ベリアルは驚異的な魔力によって、目、鼻、耳、口、手、足と体を分けて攻撃を仕掛けてくる！

ある山村に、伝説の妖怪もうりょうが出現した。ねずみ男が儲け話とみて事件に飛び付き、大金と引き替えに解決すると約束してしまう。その夜、もうりょうに取り憑かれたミイラが出現して村を騒がせる。ミイラは病院の研究室に運び込まれ、解剖されようとする。そこに鬼太郎が駆けつけ…。

花子という少女の家の周囲に不思議な花が生えた。鬼太郎が相談されて調査に向かうが、花の正体は一向に判然としない。鬼太郎は花子を連れ、花の種が飛んできた方向を目指して南の島へ向かう。小鬼の襲撃を受けるなどの障害を乗り越えながら、一行はジャングルの奥にたどり着き、そこで驚くべきものを見つける…。

ある日、ねずみ男は海で人魚の子を釣り上げた。だが、鬼太郎に力ずくで奪い取られてしまう。それは本物の鬼太郎ではなく、さざえ鬼という妖怪が鬼太郎そっくりに化けていたのだ！　鬼太郎とねずみ男は人魚の子を救出。さざえ鬼と対決するが、鬼太郎がさざえ鬼にあっさりと食べられてしまう！

売れないバンド・ビンボーズは、川辺で聞こえてきた歌をそのまま拝借して念願の大ヒットを飛ばした。それはカッパのさら小僧の歌で、本人がそれを知って怒り出し、ビンボーズをさらってしまった。ビンボーズのメンバーであるジャリーの息子から頼まれ、鬼太郎は隠れ里へと救出に向かうが…。

鬼太郎は出かけた先で、足の皮を喰われたという子供たちに出会った。きのこ山で眠っていた妖怪・アマメハギが目を覚ましたのだ。鬼太郎はアマメハギとコマで試合をし、これに勝利した。だが後日、報復を誓うアマメハギの逆襲にあい、妖気を吸う谷に誘い込まれてしまう。妖力が吸い取られ、鬼太郎は自慢の技を使えずに大苦戦する。

地獄山で採石していた鉱物学者が忽然と姿を消した。その娘・純子から頼まれて鬼太郎は調査に乗り出す。純子の父は地獄に通じる洞穴でダイヤを拾ったため、何者かに消されてしまったらしい。鬼太郎たちは洞穴に向かうが、そこには欲深い人間たちも侵入していた。言い争っていると、人をダイヤに変えてしまう妖怪・輪入道が出現した！

右手が勝手に動き出して悪さをするために、信吉少年はひどく苦しんでいた。やがて左手も勝手に動き出し、とうとう強盗を働いてしまう。調査依頼を受けた鬼太郎は、砂かけ婆から妖怪・手の目が犯人に違いないと教えられる。鬼太郎は手の目を発見して立ち向かうが、不思議な術をかけられて右手の自由を奪われてしまう！

ねずみ男のニセ者が出現した。やがて本物とニセ者が鉢合わせ、ニセ者は自分こそねずみ男の弟であると名乗る。感激したねずみ男は「弟」にそそのかれ、鬼太郎を倒す手助けをすることに。妖怪・おりたたみ入道を利用して鬼太郎に襲撃をかけるものの返り討ちに遭い、それでも諦めずに二度目の襲撃をかけるが、「弟」の正体が妖怪・ムジナであると判明する！

ねずみ男は少年の姿をした妖怪と出会った。悪さばかりするその妖怪と、ねずみ男は意気投合。タッグを組んで金儲けのために養殖場の鯉を盗んだりと、悪行を重ねていく。しかし、これを喰い止めに鬼太郎が乗り出して来た。状況不利とみたねずみ男はあっさり寝返り、少年妖怪は捕らえられる。その正体は、鬼太郎のかつての友人であるカワウソだった…。

甲州街道沿いで、人間が猫のようになってしまう"猫うち症"なる奇病が発生した。被害者の家族から頼まれた鬼太郎は、調査のために霊柩車で街道を走ってみた。いずれの事件にも怪トラックとの遭遇があったためだ。やがて件のトラックを発見、その後を追って霊界高速道路を抜けると、交通事故で死んだ猫たちの亡霊が待ち構えていた！

人食い島と呼ばれる島に悩まされる漁村があった。毎月二人の生け贄を出さないと、人食い島の怒りを買って災厄が降りかかるという。金儲けのチャンスとばかりにねずみ男が首を突っ込み、人形の生け贄を差し出して解決しようとする。しかし、あえなく失敗。村は人食い島の起こした津波に襲われる。鬼太郎は海を渡り、島が巨大な人間を思わせる形をしていることに気付く…。

妖怪が漫画を描けば金儲けにつながると考えたねずみ男は、妖怪・ひでりがみと結託。『妖怪パンチ』という売れない雑誌に、本物の妖怪が描くという触れ込みで話を持ちかけた。『妖怪パンチ』の編集者は、ねずみ男の送った妖怪タクシーに乗って原稿を受け取りに行くが、そのまま戻っては来なかった。相談を受けた鬼太郎は、ひでりがみの元へ向かう…。

今、子供たちは妖怪貯金箱の話題でもちきりだ。そんなある日、妖怪貯金箱をくれてありがとうというお礼の手紙が、鬼太郎のもとに続々と届き始めた。全く覚えがないので不思議に思っていると、今度は貯金箱が消えたとの連絡が入った。妖怪が悪事を企んでいるのではないだろうか？　鬼太郎がゲタに導かれて古寺に赴くと、正体不明の強力な敵が待ちかまえていた！

人間の顔を盗む妖怪・のっぺらぼうが、田舎の人間の顔に飽きたと、都会の人間を餌食にするために墓場から出向いてきた。のっぺらぼうの作った人魂入りの食べ物を口にすると、顔が人魂状になって抜け落ちてしまうのだ。まんまと鬼太郎の顔を奪ったのっぺらぼうは、ねずみ男を味方につけると、彼の悪知恵を利用して人々の顔を次々に採集してゆく！

ねずみ男が「うぶめ石」に封印されていた妖怪・うぶめを復活させてしまった。うぶめは赤ん坊を次々に襲い、巣へと連れ去ってゆく。鬼太郎は子泣き爺を囮にしてうぶめを誘い出すが、あと一歩のところで取り逃してしまった。だが、すかさずリモコンゲタを放って追跡に成功、カラスたちの協力で空中戦を挑む。うぶめは予想外に手強く、鬼太郎は捕まって巣に運ばれてしまった！

戦争で家族を失い、世をすねてひねくれてしまった為助爺さんは、他人の迷惑になることばかりしていた。そんなある日、爺さんは山の中に封印されていた天邪鬼を復活させ、手を組んで人間たちに嫌がらせを始める。付近の住民から相談を受けた鬼太郎が現地に赴くが、天邪鬼は強い妖力と優れた第六感をあわせ持つ難敵だった！

北海道に住むゲンという少年から、救いを求める手紙が鬼太郎のもとに届いた。姉が妖怪に魂を抜かれてしまったので助けて欲しいというのだ。北海道へ出向いて調査を始めた鬼太郎は、洞窟に捕らわれていた少女を助ける。ところが、その少女こそ事件の張本人である妖怪・雪ん子だった。雪女と雪男まで姿を現し、三体同時に鬼太郎に戦いを挑んでくる！

地下に大駐車場を建設していたところ、不思議な洞窟が発見された。どうやらそれは、妖怪狐一族の聖地への入口らしい。傍若無人に踏み込んでこようとする人間たちに、狐一族は青白い怒りの炎を燃やす。事件とあって鬼太郎が出向くが、多彩な術を駆使する狐軍団を相手に苦しい戦いを強いられる。そこに一族の長たる高位の妖怪・天狐が姿を現した…。

夏の暑さをしのごうと、鬼太郎とねずみ男は沼地へ出かけた。そこには一匹の不思議なガマがいた。ガマはねずみ男を騙してガマの姿にしてしまうと、自らは妖怪・邪魅に姿を変える。その昔、ガマ仙人に封印された凶悪な妖怪だ。鬼太郎までも邪魅の毒気に冒され、意思を奪われて言いなりになってしまう。目玉おやじはガマ仙人に助けを求めるが…。

ヤクザたちが妖怪たちを見せ物にして一儲けしようと、妖怪に詳しいねずみ男を味方につけた。目をつけたのは近くにいる穴ぐら入道だ。ヤクザの親分は穴ぐら入道の術をかわしながら、言葉巧みに騙して冷蔵庫に誘導し、閉じ込めて運び去ろうとする。ヤクザの裏切りに遭ったねずみ男は何とか逃げ出し、助けを求めに鬼太郎のもとへ向かう…。

小笠原の母島で数千年生きてきた吸血妖怪樹は、さすがに生命力の衰えを感じていた。回復のためには新しい血液が大量に必要だ。そこで世界の吸血妖怪を集めた吸血軍団を結成し、恐山にある妖怪血液銀行を襲撃することにした。一時は鬼太郎が倒されて血液も奪われるが、その復活と共に体勢を立て直した日本妖怪軍団は、最終決戦を挑むために母島に乗り込んでゆく！

浦島小太郎博士は人間をミイラにしてしまう煙を発見した。煙が悪用される危険を感じた博士から頼まれ、鬼太郎は煙の入った玉手箱を捨てに出かけた。しかし、途中で何者かに箱を奪われてしまう。アメリカで妖怪大統領になり損ねたこうもり猫と、賽の河原に棲む葬頭河婆の仕業だ。鬼太郎は奪還に向かうが、鉄箱に入れられて海に沈められてしまう！

ねずみ男はまたも金儲けの悪巧み。世界妖怪ラリーを開催し、これを撮影して放送局に売り込もうという算段だ。優勝賞品は何と佐渡ヶ島。そこに埋蔵されている大量の金塊をめあてに、妖怪たちは激しいデッドヒートを繰り広げる。バックベアードをはじめとする西洋妖怪たちは、賞金を山分けにするということで結託。手を組んで鬼太郎の走行妨害を始める！

山奥の村で子供たちが次々と行方不明になった。調査の依頼を受けた鬼太郎が現地に赴くと、そこには毛むくじゃらで訛りの強い妖怪・毛羽毛現がいた。人間を嫌う彼は子供たちをさらい、その魂を化石に移して恐竜を復活させることで、地上を太古の時代に戻そうとしていたのだ。毛羽毛現の術は強力で、恐竜たちまで現れて大暴れを始める！

魔の岬に妖怪・磯女が出没し、近付いてくる人間を次々にさらっていた。現地に赴いた鬼太郎が調査を始めると、磯女が姿を現した。磯女は説得に応じず、鬼太郎に襲いかかって住み処にある壺に封じ込めてしまう。からくも壺から脱出した鬼太郎は、磯女と再戦して打ち負かす。ところが、今度は磯女の息子に飲み込まれてしまった！

沖縄から来たトラジ少年は、妖怪によって若さを奪われて老人のような風貌になっていた。鬼太郎はトラジを救うために沖縄に渡るが、待ち受けていたのは姿をくらます隠形魔法を使い、巨大な石像を手足のように操る強敵だった。鬼太郎は戦いに敗れて若さを奪われ、トラジと同じような老人にされてしまう。そこで一計を案じるのだが…。

漫画家の水木しげる先生は、出かけた喫茶店で自分の描いたキャラクターである鬼太郎、ねずみ男と出会った。彼らを自宅に招待する水木先生。その直後、東京の調布市一帯が怪気象に包まれた。ぐわごぜを首相とする妖怪王国の仕業だ。膨張する怪気象の中で、人間を排除した妖怪だけの社会が確立されてゆく。もうダメかと思われたが、鬼太郎は反撃を開始するチャンスを窺っていた…。

“４”という数字のつくあらゆるものから、アングラ妖怪・だるまが次々と出現した。本来「４」という数字は「死」に通じるとして、多くの人間は積極的に使うことを避けていた。だるまはそれを利用して自分の領域としていたが、人間があまり縁起を担ぐことがなくなったため、住み処をなくして出て来てしまったらしい。鬼太郎は悪さの過ぎるだるまを退治すべく出陣する！

岩手の山奥に鬼太郎を呪う歌が流れた。その歌詞の通り、鬼太郎は突然心身に変調をきたして倒れてしまう。妖怪が妖怪を88体以上倒すと、その悪霊が取り憑いて命を奪われてしまうという。鬼太郎の病の原因は、どうやらそこにあるようだ。治すには人間と仲の良い妖怪と友達になるしかない。そこで目玉おやじたちは鬼太郎を岩手に運び、現地の妖怪・座敷わらしとの交流を図る。

凡太少年が祭りの夜店でサボテンを買った夜、忽然と姿を消してしまった。妹のヨシ子、祖父、そして村の衆総出で捜しても見つからない。ねずみ男から話を聞いた鬼太郎は、凡太捜しを引き受けることに。凡太をさらったのは後神という妖怪だった。後神は妖怪サボテンを使って、自分の家を手に入れようとしているらしい…。

海に出た与太郎少年に大きなクラゲが取り憑き、離れなくなってしまった。クラゲの正体は海じじいという妖怪だった。海じじいは生物に寄生して養分を吸い取り、宿主が死ぬと次の生物に移るのだ。鬼太郎が手を出せずにいたところ、ねずみ男のでたらめな呪文が偶然にも効力を発揮し、海じじいは与太郎少年から離れた。ところがねずみ男から鬼太郎へと、宿主を変えてしまう！

東京から帰省中の大学生・東大助は、都会だ教養だといちいち口にする鼻もちならない青年だった。ふとしたことから神社の祠にあったなまはげの面を被り、人を驚かせてイタズラしていたところ、老人がショック死してしまった。事の重大さに慌てて面を脱ぐと、何と彼の顔は面とそっくりに変貌していた。大助は妖怪の姿のまま、追われる身となってしまったのだ！

鬼太郎は哲夫という青年から奇妙な相談を受けた。オタマジャクシのような化け物が家に出て困るから、何とかして欲しいというのだ。早速調査に赴くが、哲夫の婚約者である啓子の様子がどうもおかしい。そこで霊筆と霊紙を使い、106の質問をすることで啓子の本当の姿を描き出した。何とそれは、陰摩羅鬼という恐ろしい妖怪だった！

ある村で大根が大量に盗まれる事件が起きた。山奥に棲むという伝説の妖怪が犯人だろうと、村人たちは鬼太郎に事件の解決を依頼する。依頼を受けた鬼太郎だが、自分が事件を解決して依頼金をせしめようとするねずみ男に何かと邪魔をされてしまう。そんなある日、ねずみ男の前に弟子入りを希望する男が現れる。実はその男こそ、大量の大根を盗んでいった妖怪だった！