沿海城市龙番市的平静被一场突如其来的骇人案件打破。原本是打击小吃街使用地沟油的黑心商贩，没想到发现了一只油炸过的人手。龙番警局刑警队长林涛奉命侦破这起恶性案件，他需要老朋友秦明的协助。时任龙番警局法医科科长的秦明，年轻有为，却脾气古怪。由于任务紧迫，痕检科的大宝被抽调过来充当秦明的助理。秦明对身为女生的大宝表示不信任，但倔强的大宝表示自己一定能行。

秦明赶到现场，无头尸是几个游野泳的人发现的，现场人烟稀少，所以凶手选择这个地方抛尸。大宝说所以我从不游野泳，而且现在很多河流都有污染，游多了都不用担心怀孕了。听到这话，秦明和林涛睁大眼睛看着大宝，林涛说，我刚办了张游泳卡，游泳池会不会好一点。秦明说，一个成年人游泳四十五分钟，要喝十六毫升的尿，你喝的时候是否酸的。林涛问那应该是消毒水的味道，秦明却说，干净水是没有味道的。

赌场里面没有找到黑八，林涛从后门出去，在一个废弃的烟囱里发现了黑八，林涛威胁说再不出来就拿汽油点火了，黑八只好乖乖出来。大宝和秦明一晚上没有睡，大宝饿了去买了两个煎饼，秦明却说自己不吃这种东西。他依旧观察着显微镜，说麻醉剂的含量不对，尸体在湖里泡了那么久，麻醉剂会稀释，现在还能维持在正常范围的话，一开始注射的一定是大剂量。

秦明大宝林涛三人来到孙凯家中，大宝猛地打了个喷嚏，问房间里是不是开过冷气，林涛说警察来的时候发现冷气的确是开着的，还夸大宝鼻子灵。房间内发现与戚静静同款的戒指盒，这确认了孙凯的确是戚静静的神秘男友。据了解，戚静静和孙凯同居了很长一段时间，后来不知道为什么就分手了，但在一个月前左右，两人的联系再次变得频繁。秦明询问指纹，林涛说在很多物体上面都发现了戚静静的指纹。

李旭在树林里痛苦的跑着，随后栽倒在一棵树旁边拿出戒指，流着泪把它戴到了自己的手指上，之前与戚静静在一起的回忆便都涌现了出来：在车里，李旭问戚静静有没有爱过自己，哪怕一瞬间，戚静静看着窗外默不作声，回想起之前自己给戚静静放烟花的场景，李旭说起和戚静静的第一次见面，她坐在大巴车里，黄昏映衬着戚静静是那么美，戚静静说她再也不会去坐大巴车了，都是汗臭的味道，说完就让李旭送自己回家。

一个戴着V字仇杀队面具的男人鬼鬼祟祟出现在派对的监视镜头中，这个富二代面具男很可能就是破案的关键。富二代态度嚣张，但确实抓不到他的确凿把柄。一筹莫展之际，死者的高中时代成为突破口。她的一个高中女同学，曾因为她的所作所为不堪忍受屈辱而自杀。

邻市交接的法医解释道，小情侣被特别高大的鬼影吓到后就报了警，警察过来发现了一个仰面躺着的男子，头部在岸上，面部染血，胸部以下浸泡在水中。当时发现尸体时还有脉搏就进行了抢救，但到了医院还是死了。对伤者头部的创伤进行了检查，颅内出血，是击打伤。但是死者头部有一个星芒状的创口很难理解。

终于谢豪承认了自己杀死父亲的事实。那天，他向父亲提出要贷款把厂子生意搞上去再给父亲买药的事情，这个时候父亲突然上手打他，他很生气，就疯狂地把父亲的头按在地上磕了几下，等反应过来去探鼻息时，父亲已经没有呼吸了。慌张的谢豪就把父亲抛在了芦苇荡。探鼻息根本感受不到人很微弱的呼吸，当时的谢勤工还没有死。

秦明要求去卢甄家附近的池塘看看，关于卢甄没有腐败的脚，他认为尸体一定是大部分被水泡过才会形成截然不同的腐烂程度。大宝观察着周围的环境，很像是网上视频里出现鬼火的地方，秦明猜测这里就是最初的抛尸地点，后来凶手怕尸体因为网上的视频被发现就转移了尸体。说着秦明对鬼火出现的地方进行检查，而顾风家就住在池塘边。

沉尸物是很多装在塑料袋里的石子，上面有很多小孔，是人为扎的。里面的石子是建筑用料，不会平白无故出现在田野里，法医秦明分析着。而根据调查，嫌疑凶手老赵家附近并没有这样的建筑工地，倒是死者家附近有一处。警长林涛将老赵抓到审讯室让他解释为什么死者家里发现了老赵的指纹，老赵很是气愤，自己家里的井出现了死人，明明是受害者，却被怀疑。

解剖室中，法医的助手大宝检查着尸体，突然发现死者后脑勺也有一处外伤，没有创口，却有擦伤和血肿。法医秦明从死者的毛发中提取到砖块颗粒，判断可能是砖头造成。通过开颅，法医秦明判断这个伤口是在枪伤之前的。同时警察也在案发现场找到了一个有血迹的砖头。警察和法医一起讨论案情，秦明把自己通过解剖尸体得出的结论告诉大家。

秦明，大宝和林涛继续从难以分辨的烧毁物中寻找线索，找到一张没有完全被烧毁的卡，隐约可见的字迹将线索指向“银丰商厦”，林涛打电话查询银丰商厦会员的信息。法医秦明继续分析尸体，是被锐器刺入之后，失血过多导致的死亡，胃里是空的，耻骨联合表面死者在三十岁左右。但是死者的身份没有办法确认。

案件有很多奇怪的地方，法医秦明、助手大宝和警长林涛继续研究案情，如果凶手就是陈彪，是为了毒品而杀人，为什么要把尸体运到十公里以外的地方焚烧，这不符合犯罪心理学。另外，在陈彪家里还发现了十万现金，为什么有钱不去买毒品，而要抢药。逃跑时候为什么不带上钱？案件中的很多线索还没有用上。大宝猜测，这可能是两个案情交织进行的。

武力学开着自己的新车，却因为一个电话分神撞死了人。陈彪也因为欠钱被人追债，是自己的父亲拿钱救了自己，父亲却要陈彪替哥哥武力学顶罪，因为他没有考上大学，又有打架斗殴的前科，而哥哥考上了名牌大学，将来是企业的接班人。父亲哀求着陈彪让他替这个家牺牲一下，甚至要跪下，陈彪不得不同意，他很失望，对自己失望，更对父亲失望。

秦明回到自己的旧宅，推开门，里面的蜘蛛网和灰尘显示着这里已经很久没有人居住，迈进屋子，回忆涌上心头，那时候秦明过生日，家里来了很多人，妈妈准备了一桌子饭，秦明嘴角带着笑意。但是回到现实，破旧的房子已经人去楼空。秦明看到两个纸箱子，里面都是父母以前的照片，另一个箱子里有几卷录像带，秦明回到家，准备看在旧宅找到的录像带，他喝了口酒，缓缓打开。

新的命案发生，助手大宝和警长林涛着急的给法医秦明打电话，却始终没有人接听，无奈之下，只能由大宝和林涛两个人勘察现场。这是一起屋内命案，死者罗钥是屋主。现场财务没有丢失，死者大量出血，大宝判断是大动脉被割伤导致。尸体侧躺在地面，大宝翻过尸体，却没有发现大的创口。而现场有很多打斗痕迹。

林涛到大宝家里找到大宝，拿着秦明案子的档案袋，为了还秦明一个清白。现场没有指纹痕迹，大宝猜测凶手很可能使用的是橡胶手套，如果是内行，用解剖刀和橡胶手套很合理。死者家中有柳氮磺吡啶肠溶片，是一种止疼药。但是根据罗钥的病理报告显示，罗钥有肝病，不能吃这个药，很可能是凶手留下的，所以要先从罗钥的仇家算起。根据排查，罗钥的侄子罗敬成为嫌疑人，他曾经公开扬言要杀罗钥。

林涛开车带着大宝，大宝认为秦明的案件有很大的疑点，而且凶手对秦明十分了解，并将所有的证据都指向秦明。大宝提议应该先从秦明侦办过的每一起案件查起。大宝将所有秦明侦办过的案件档案袋都找到，连夜在解剖室寻找疑点，堆成山的档案袋里大宝细心的寻找着，一份花了两年时间才结案的案件引起了她的注意。

池子发来视频，大宝被关在一个水箱里，依据水流的速度还有一个小时水就会淹没大宝的鼻子。视频里有光，是灯塔，秦明打车去灯塔集中的星龙海滩。水箱里的大宝只有微弱的意识，身边的一个女子正在拿针头取药，转身，大宝认出这是池子厨房餐厅的老板娘，大宝意识到，一直陷害秦明的就是她。池子威胁大宝，让她打电话让秦明来救她。大宝拒绝了池子，池子将药注射到大宝身体里，大宝再一次晕了过去。