Brian Mills erhält von seiner Chefin Christina Hart den Auftrag, Rache am Mörder seiner Schwester zu üben – doch er ignoriert den Befehl. Stattdessen findet er sich zum Start der zweiten Staffel in einem US-Geheimgefängnis auf mexikanischem Boden wieder, wo er um sein Leben kämpfen muss. Brian schafft es, mit einer Reihe gefährlicher Manöver seine Flucht in die USA vorzubereiten. Doch dann werden er und eine junge Frau von Menschenhändlern gekidnappt und Bryan muss seine Pläne erheblich ändern. Hart zieht unterdessen mit ihrer Geheimdienst-Erfahrung ein paar Strippen und gelangt an eine hochpotente neue Software, die Mills aufspüren könnte. Bei ihrer Suche nach ihm schreckt sie auch vor ungewöhnlichen Allianzen nicht zurück: Sie engagiert Kilroy, einen Hacker, den sie zuvor ins Gefängnis gebracht hat, und Santana, die wegen Fehlverhaltens von der Army gefeuert wurde.

Bryan Mills und der Kronzeuge in einem Mordfall überleben nur knapp einen Flugzeugabsturz. Schwer verletzt setzt Mills die einzigartigen Überlebensstrategien ein, die er einst von seinem Vater gelernt hat. Denn er muss einen Weg aus den dichten Wäldern finden und dabei den Kronzeugen vor einer Gruppe skrupelloser Söldner beschützen, die sich an ihre Fersen geheftet haben. Unterdessen dreht Santana das ganz große Rad, um die abgestürzte Maschine zu orten.

Ein Arbeiter ist entlassen worden und hat seine Rentenansprüche verloren, aus Rache entführt einen leitenden Mitarbeiter seiner Firma. Das Team wird dadurch in einen Klassenkrieg hineingezogen – umso mehr, als Bryan versucht, den Entführer in seinem Kampf um Gerechtigkeit zu unterstützen.

Als der Atomkoffer des amerikanischen Präsidenten gestohlen wird, müssen Bryan und das Team ihn wiederfinden, bevor streng geheime nationale Verteidigungspläne in die falschen Hände geraten.

Ein ausländischer Diplomat, der in Zwangsprostitution verwickelt sein soll, wird entführt. Darauf muss sich Santana ihrer Vergangenheit stellen.

Die Frau eines Senators und Kriegshelden ist entführt worden. Bryan und das Team müssen herausfinden, ob eine ausländische Regierung hinter ihrem Verschwinden steckt. Oder ob die Kidnapper vielleicht im Umfeld des Politikers zu suchen sind. Christina trifft sich unterdessen mit einer alten Freundin – eine Begegnung, die schmerzhafte Erinnerungen hochkommen lässt.

Bryan und Santana müssen einen Atomphysiker, der lange für tot gehalten wurde, aus einem geheimen Gefängniskomplex in Nordkorea holen. Kilroy steht vor einem moralischen Dilemma, als Hart ihn auffordert, einen von einer ausländischen Regierung gesuchten Verbrecher ausfindig zu machen.

Hart macht eine Solo-Mission, um den Mentor aufzuspüren, der sie betrogen hat, und das Team versucht, sie zu finden, bevor es zu spät ist.

Hart muss einen Weg finden, einen ehemaligen Journalisten aus dem Exil daran zu hindern, die Namen von Regierungsgütern im Ausland preiszugeben, bevor unschuldige Menschen getötet werden.

Bryan muss einen Akt des biologischen Terrorismus stoppen, wenn invasive Arten von der Global Seed Bank in Norwegen gestohlen werden.

In Washington detoniert eine Bombe, und das Team glaubt, dass ein Unschuldiger verhaftet wurde, den jemand hereingelegt hat. In der Zwischenzeit ist Kilroy einem berüchtigten Hacker auf der Spur.

Ein illegaler Waffenhändler schmuggelt seine Waren nach New York ein. Bryan arbeitet mit dem FBI zusammen, um den Mann zu stoppen, bevor er sich in internationale Gewässer flüchten kann.

Als der Sohn eines Analysten der CIA entführt wird, erhält das Team Hilfe von unerwarteter Seite – einem Entführungsopfer. Hart findet heraus, welches finstere Motiv hinter den Entführungen steckt.

Bryan muss seinen Cousin schützen, der ins Visier einer mächtigen Verbrecherorganisation gerät. Und Kilroy wird erpresst.

Die Tochter eines Regierungsbeamten, der in Übersee arbeitet, wird entführt. Gleichzeitig gefährdet ein unerwarteter Verdächtiger Bryans Rettungsaktion.

Hart befindet sich in großer Gefahr, und das Team muss eine Möglichkeit finden Ramsey aufzuhalten, bevor er einen Senator ermordet. Dies könnte wiederum zu einem internationalen Terrorkrieg führen.