Después de que Bryan Mills desafiara las órdenes de su jefe, Christina Hart, para vengarse del hombre que mató a su hermana, en el estreno de la segunda temporada encontramos a Bryan luchando por sobrevivir en una cárcel mexicana clandestina.

Después de que se estrelle un avión en el que viajaban Bryan Mills y un testigo clave en una investigación de asesinato, Mills resulta herido y debe recurrir a las habilidades que su padre le enseñó para sobrevivir a la situación.

Un trabajador despedido secuestra a un contable de alto nivel como venganza por la pensión que ha perdido, y el equipo se ve envuelto en un caso de lucha de clases cuando Bryan decide ayudar al secuestrador a hacer justicia.

Cuando alguien roba el «maletín nuclear» presidencial, Bryan y el equipo deben recuperarlo antes de que las medidas confidenciales de seguridad nacional caigan en manos peligrosas.

Santana se ve obligada a afrontar su pasado cuando es secuestrado un diplomático extranjero relacionado con el tráfico sexual.

Cuando secuestran a la esposa de un senador y héroe de guerra, Bryan y el equipo deben averiguar si su desaparición ha sido obra de un gobierno extranjero o de alguien mucho más cercano.

Bryan y Santana deben rescatar a un físico nuclear, dado por muerto durante mucho tiempo, de una cárcel secreta en Corea del Norte.

Hart debe encontrar la manera de impedir a un experiodista exiliado que filtre los nombres de agentes gubernamentales antes de que se pierdan vidas inocentes.

Después de que se produzca un robo de especies invasivas en el Banco Mundial de Semillas de Noruega, Bryan tiene que impedir un ataque terrorista biológico.

Cuando se produce la explosión de una bomba en Washington D.C., el equipo sospecha que se está culpando a una persona inocente.

Cuando un peligroso traficante de armas introduce su mercancía en la ciudad de Nueva York, Bryan colabora con el FBI en una carrera contrarreloj para detenerlo antes de que se ponga a salvo en aguas internacionales.

Tras el secuestro del hijo de un analista de la CIA, el equipo recibe ayuda de alguien inesperado: otra víctima de secuestro.

Bryan tiene que proteger a su primo de una poderosa organización mafiosa.

La hija de un funcionario gubernamental que trabaja en el extranjero es secuestrada y un sospechoso inesperado frustra la operación de rescate de Bryan.

Con Hart en grave peligro, el equipo debe encontrar la manera de detener a Ramsey antes de que su plan de asesinar a un senador provoque una guerra contra terroristas internacionales.