Bryan Mills heeft geweigerd om in opdracht van zijn baas Christina Hart wraak te nemen op de man die zijn zus heeft omgebracht. In de première van seizoen 2 bevindt hij zich in een geheime Mexicaanse gevangenis, waar hij moet vechten voor zijn leven.

Als het vliegtuig van Bryan Mills en een belangrijke getuige in een moordonderzoek neerstort, moet de gewonde Mills gebruik maken van de overlevingstechnieken die hij van zijn vader leerde om de elementen te overwinnen.

Een ontslagen werknemer gijzelt een machtige accountant uit wraak voor het pensioen dat hem door de neus geboord is. Als Bryan besluit de kant van de gijzelnemer te kiezen, raakt het team raakt verstrikt in een gewelddadige klassestrijd.

Als de koffer met atoomgeheimen van de President wordt gestolen, moeten Bryan en het team deze terugvinden voordat er vertrouwelijke informatie over de nationale veiligheid in de verkeerde handen valt.

Santana moet haar verleden onder ogen zien wanneer een buitenlandse diplomaat die banden heeft met een groep vrouwenhandelaren wordt gekidnapt.

Bryan en Santana moeten een doodgewaande kernfysicus bevrijden uit een geheime Noord-Koreaanse gevangenis.

Hart voert een solo missie uit om de mentor die haar verraadde op te sporen, en het team probeert haar te vinden voordat het te laat is.

Hart moet een manier vinden om een verbannen ex-journalist ervan te weerhouden dat hij de namen van overheidsinformanten lekt en daarmee onschuldige levens in gevaar brengt.

Wanneer er uit de Wereldzadenbank in Noorwegen een aantal invasieve soorten worden ontvreemd, moet Bryan een biologische terreurdaad zien te voorkomen.

Er ontploft en bom in Washington D.C. en het team vermoedt dat de verkeerde persoon expres als dader van deze misdaad wordt aangewezen.

Wanneer een gevaarlijke wapenhandelaar zijn handel New York City binnensmokkelt, werken Bryan en de FBI samen om hem te kunnen oppakken voordat hij kan ontsnappen naar internationale wateren.

Wanneer de zoon van een CIA analist ontvoerd wordt, krijgt het team onverwachts hulp van een ander ontvoeringsslachtoffer.

Bryan moet zijn neef bechermen wanneer een machtige misdaadorganisatie het op hem voorzien heeft.

De dochter van een in het buitenland gestationeerde overheidsbeamte wordt ontvoerd, en een onverwachte verdachte gooit Bryans reddingsactie in de war.

Hart verkeert in groot gevaar en het team moet hun eigen manier vinden om Ramsey tegen te houden, voordat zijn plan om een senator te vermoorden een oorlog met internationale terroristen ontketent.