Christina Hart'ın kız kardeşini öldüren adamla ilgili intikam alması için ısrar eden patronunun emirlerini reddetmesinden sonra, ikinci sezon Bryan Mills'in, bir kara saha Meksika hapishanesinde hayatı için savaşmasıyla başlıyor.

Bryan Mills'i ve bir cinayet soruşturmasındaki anahtar bir tanığı taşıyan bir uçak düşünce, yaralı Mills, bu sorunların üstesinden gelmek için babasının ona öğrettiği hayatta kalma becerilerini hatırlıyor.

İşten atılan bir asker, kaybettiği emeklilik maaşının intikamı için yüksek mevkide bir muhasebeciyi kaçırıyor ve Bryan, kaçakçının adalet bulması için yardım etmeye karar verince, ekip, bir sınıf savaşına sürükleniyor.

Başkanın acil „futbolu" çalındığında, Bryan ve ekibinin, ulusal güvenlik önlemleri tehlikeye girmeden bu durumu kurtarmaları gerekiyor.

Bir savaş kahramanı senatörün eşi, alındığında, Bryan ve ekip, kadının ortadan kaybolmasının yabancı bir ülke mi yoksa eve daha yakın biri tarafından mı yapıldığını bulmak zorunda kalıyor.

Bryan ve Santana, uzun süredir öldüğü düşünülen bir nükleer fizikçiyi gizli bir Kuzey Kore cezaevi kompleksinden çıkarmak zorunda.

Hart, kendisine ihanet eden danışmanın izini bulmak için tek başına göreve çıkıyor, ekip de çok geç olmadan onun yerini tespit etmeye çalışıyor.

Hart'ın, suçsuz yaşamlara son verilmeden önce, sürgündeki bir eski gazetecinin, yurt dışındaki hükümet ajanlarının isimlerini açıklamasını durdurmak için bir yol bulması gerekiyor.

Norveç'teki Global Tohum Bankasından istilacı türlerin çalınması üzerine, Bryan'ın biyolojik bir terörizm eylemini durdurması gerekiyor.

Washington D.C.'de bir bomba patlayınca, ekip, suçun suçsuz bir adama yüklendiğinden şüpheleniyor.

Tehlikeli bir silah tüccarı, mallarını New York'a kaçırırken, Bryan, adam uluslararası sulara varmadan onu durdurmak için FBI ile işbirliği yapıyor.

Bir CIA analistinin oğlu kaçırılınca, ekip, alışılagelmedik bir kaynaktan, bir başka kaçırılmış kurbandan yardım alıyor.

Bryan güçlü bir suç örgütü tarafından hedefe alınınca kuzenini korumak zorunda kalır.

Yurtdışında görev yapmakta olan bir devlet memurunun kızı kaçırılmış ve beklenmedik bir zanlı kurtarma girişimini rayından çıkarmıştır.

Hart ciddi tehlike içinde ve Ramsey'in bir senatörü öldürme planı dolayısıyla ekibin onu ve dolayısıyla uluslararası teröristler ile bir savaş başlamasını önlemesi gerekmekte.