Depois de desafiar as ordens de sua chefe, Christina Hart, para se vingar do homem que matou sua irmã, o arranque da segunda temporada encontra Bryan Mills lutando por sua vida dentro de uma prisão secreta no México.

Quando cai um avião que transporta Bryan Mills e uma testemunha-chave em uma investigação de homicídio, um Mills ferido deve usar suas habilidades de sobrevivência que seu pai ensinou para ele para superar os elementos.

Quando a mala com os códigos nucleares do presidente é roubada, Bryan e sua equipe devem recuperar ela antes que as medidas secretas da segurança nacional caiam em mãos perigosas.

Santana deve enfrentar seu passado quando um diplomata estrangeiro ligado a um grupo de tráfico sexual é raptado.

Quando a esposa de um senador herói de guerra é levada, Bryan e a equipe devem determinar se seu desaparecimento foi orquestrado por um governo estrangeiro ou por alguém de dentro.

Bryan e Santana devem extrair um físico nuclear, que se pensava estar morto há muito tempo, de um complexo prisional secreto na Coreia do Norte.

Hart assume uma missão individual para encontrar o mentor que traiu ela, e a equipe tenta localizar ela antes que seja tarde demais.

Hart tem de encontrar uma forma de impedir que um antigo jornalista exilado vaze os nomes de recursos do governo antes que se percam vidas inocentes.

Quando espécies invasoras são roubadas do Banco Global de Sementes na Noruega, Bryan tem de impedir um ato de terrorismo biológico.

Quando uma bomba explode em Washington D.C., a equipe suspeita que um homem inocente está sendo incriminado pelo crime.

Quando um perigoso traficante de armas leva sua mercadoria para a Cidade de Nova Iorque, Bryan se junta ao FBI em uma corrida para impedir ele de chegar à segurança das águas internacionais.

Quando o filho de um analista da CIA é raptado, a equipe recebe ajuda de uma fonte improvável - outra vítima de rapto.

Bryan tem de proteger seu primo quando ele se torna alvo de uma poderosa organização criminosa.

A filha de um oficial do governo trabalhando no estrangeiro é raptada e um suspeito inesperado estraga a operação de resgate de Bryan.

Com Hart em grande perigo, a equipe tem de arranjar um plano próprio para parar Ramsey, antes de seu plano para assassinar um senador comece uma guerra com terroristas internacionais.