La prima stagione della serie si è chiusa sul rifiuto di Bryan Mills di uccidere l'assassino di sua sorella, come ordinatogli dal suo superiore della CIA Christina Hart. Nel primo episodio della seconda stagione ritroviamo l'ex-berretto verde in una prigione messicana segretamente gestita dagli Stati Uniti...

Quando l'aereo su cui viaggia insieme a un testimone chiave precipita, Mills deve dar fondo a tutte le sue doti di sopravvivenza…

La "valigetta dell'apocalisse" (quella con cui il presidente degli Stati Uniti può dare il via a una guerra nucleare) è scomparsa, e Mills e il suo team devono darsi da fare per recuperarla prima che accada il peggio.

Il rapimento di un diplomatico straniero coinvolto in un giro di pedofili costringe Santana a fare i conti con il proprio passato.

Mills e il suo team sono incaricati d'indagare sulla misteriosa scomparsa della moglie di un senatore…

Un fisico nucleare a lungo creduto morto è detenuto, in realtà, in una prigione segreta nord-coreana, e Mills ha il compito di liberarlo…

Christina si lancia in una missione solitaria sulle tracce del mentore che l'ha tradita e la squadra deve riuscire a localizzarla prima che sia troppo tardi.

Un ex-giornalista bandito dal paese ha intenzione di rivelare i nomi di alcuni agenti governativi distaccati all'estero e Christina deve trovare il modo d'impedirglielo.

Chi ha rubato i semi di alcune specie invasive dalla banca globale delle sementi in Norvegia ha probabilmente intenzione di compiere un atto di terrorismo biologico che Bryan deve sventare a tutti i costi.

Dopo l'esplosione di una bomba a Washington, il team sospetta che l'apparente colpevole sia stato, in realtà, incastrato…

Un pericoloso trafficante ha organizzato una consegna d'armi a New York e Bryan si allea con l'FBI per bloccarlo prima che possa trovare riparo in acque internazionali.

Per ritrovare il figlio rapito di un analista CIA, il team cerca aiuto presso una fonte anomala – un'altra vittima di sequestro.

Bryan deve correre in aiuto del cugino, preso di mira da un potente clan criminale.

Quando la figlia di un funzionario governativo di stanza oltremare viene rapita, un improvviso sospetto manda all'aria l'operazione di salvataggio orchestrata da Bryan.

Con Christina Hart in grave pericolo, il team deve trovare da solo il modo di fermare Ramsey prima che il suo piano per assassinare un senatore scateni una guerra con il terrorismo internazionale.