Brian erhält von seiner Chefin Christina Hart den Auftrag, Rache am Mörder seiner Schwester zu üben – doch er ignoriert den Befehl. Stattdessen findet er sich zum Start der zweiten Staffel in einem US-Geheimgefängnis auf mexikanischem Boden wieder, wo er um sein Leben kämpfen muss.

Bryan Mills und der Kronzeuge in einem Mordfall überleben nur knapp einen Flugzeugabsturz. Schwer verletzt muss Mills die einzigartigen Überlebensstrategien einsetzen, die er einst von seinem Vater gelernt hat.

Als der Atomkoffer des amerikanischen Präsidenten gestohlen wird, müssen Bryan und das Team ihn wiederfinden, bevor streng geheime nationale Verteidigungspläne in die falschen Hände geraten.

Ein ausländischer Diplomat, der in Zwangsprostitution verwickelt sein soll, wird entführt. Darauf muss sich Santana ihrer Vergangenheit stellen.

Die Frau eines Senators und Kriegshelden ist entführt worden. Bryan und das Team müssen herausfinden, ob eine ausländische Regierung hinter ihrem Verschwinden steckt – oder ob die Kidnapper vielleicht im Umfeld des Politikers zu suchen sind.

Ein lange für tot gehaltener Atomphysiker ist offenbar in ein Geheimgefängnis in Nordkorea verschleppt worden – Bryan und Santana sollen ihn dort rausholen.

Hart will im Alleingang ihren Mentor aufspüren, der sie verraten hat – das Team versucht alles, um sie aufzuspüren, bevor es zu spät ist.

Das Leben unschuldiger Menschen steht auf dem Spiel, denn ein Journalist im Exil ist dabei, die Namen von Regierungsagenten im Ausland weiterzugeben – Hart muss einen Weg finden, den Mann zu stoppen.

Vom Weltweiten Saatgut-Tresor in Norwegen werden gefährliche Arten gestohlen. Offensichtlich planen Terroristen einen biologischen Anschlag. Bryan nimmt ihre Fährte auf.

In Washington detoniert eine Bombe, und das Team glaubt, dass ein Unschuldiger verhaftet wurde, den jemand hereingelegt hat.

Ein illegaler Waffenhändler schmuggelt seine Waren nach New York ein. Bryan arbeitet mit dem FBI zusammen, um den Mann zu stoppen, bevor er sich in internationale Gewässer flüchten kann.

Als der Sohn eines Analysten der CIA entführt wird, erhält das Team Hilfe von unerwarteter Seite – einem Entführungsopfer.

Bryan muss seinen Cousin schützen, der ins Visier einer mächtigen Verbrecherorganisation gerät.

Die Tochter eines Regierungsbeamten, der in Übersee arbeitet, wird entführt. Gleichzeitig gefährdet ein unerwarteter Verdächtiger Bryans Rettungsaktion.

Hart befindet sich in großer Gefahr, und das Team muss eine Möglichkeit finden Ramsey aufzuhalten, bevor er einen Senator ermordet. Dies könnte wiederum zu einem internationalen Terrorkrieg führen.