וו'ויה יוצאת לכבוש את העולם יחד עם ריימונדו. ג'ק הוא דווקא זה שמציל את נערי שאולין ושולח את אומי במכונת זמן לעבר. כך אומי יוכל להיפגש עם דאשי, המסטר הגדול, ולבקש ממנו שיכין קופסא חדשה ללכוד בתוכה את וו'ויה.

וו'ויה מצליחה ללכוד את כל לוחמי שאולין, כשריימונדו משתף איתה פעולה. אומי מצליח לחזור מהעבר יחד עם קופסת הפאזל החדשה. הבעיה היא שאיש לא מצליח לפתוח אותה...

חתולית משחררת את וו'ויה מקופסת הפאזל והשתיים יוצרות שותפות חדשה. ג'ק בונה רובוט נוסף, אבל הפעם הרובוט הוא בדמותו של ג'ק. הרובוט החדש מהיר יותר, חכם יותר וגם היחידי שמבין את הבדיחות של ג'ק. ג'ק משתמש בשן גונג וו'ו החדש, השבר של הברק, שמאפשר לו להקפיא את הזמן לשניות קצרות, וכך מצליח לגנוב את השן גונג וו'ו של נערי שאולין. נערי שאולין צריכים לחשוב על פתרון איך לעצור את ג'ק והרובוט שלו, בזמן שוו'ויה מתחילה להתחרט שהצטרפה לחתולית.

אחרי שעזר לנערי השאולין להשיג שן גונג וו'ו, בחור רוסי בשם ולאד, מצטרף לדרקוני שאולין. כשאומי משתמש בשן גונג וו'ו החדש, משקפי הקריסטל, הוא רואה שהוא הופך מרושע בעתיד. אחרי שראה את זה, הוא עוזב את מקדש שאולין ומחליט שהוא לא יכול להמשיך להיות דרקון שאולין באימונים.

ג'ק מוכר את השן גונג וו'ו שלו לפנדבובה, ראש המאפיה של הונג קונג, כדי לקנות חלפים לרובוטים שלו. פנדבובה שולח את אנשיו בהונג קונג כדי לגנוב מחנויות בעזרת השן גונג וו'ו. לוחמי שאולין חייבים למצוא דרך לעצור אותם, אבל הם לא בוטחים בריימונדו שעדיין לא הפך להיות חניך שאולין.

לג'ק ווו'ויה יש לוחם חדש: קיקלופ. קיקלופ הוא מפלצת בעלת עין אחת, לא חכמה במיוחד, אבל גדולה וחזקה מאד שקשה מאד להביס אותה. כדי להילחם נגד האיום החדש, אומי משתמש במקלות האכילה המשתנים ובמראת ההיפוך כדי להגדיל את עצמו. אבל אומי מבין מהר מאוד שהגודל הוא לא מה שקובע.

הערגה של דוג'ו לשן גונג וו'ו מביאה אותו לנקודת משבר שגורמת בלאגן לכולם. משבר שכזה קורה פעם באלף וחמש מאות שנה, וחייבים לכלוא את דוג'ו בתוך כלוב למשך עשרים וארבע שעות, עד שיירגע. התוכנית לא מצליחה כי דוג'ו מסדר את אומי, מצמיח לעצמו שני ראשים, הופך למרושע ויוצא לחפש שן גונג וו'ו.

לאחר שקיבלו אזהרה מאומי של העתיד, הלוחמים יוצאים לחפש את השן גונג וו'ו - חולות הזמן. בהודעה מאומי של העתיד, אומי מודיע שהרוע ישלוט בעולם ושחולות הזמן הן המפתח לשינוי הזה. ג'ק מנצח אותם ומשתמש בשן גונג וו'ו כדי לחזור בזמן ולהביא את כל האנשים המרושעים מהעבר.

ללוחמי השאולין קשה לעבוד יחד כקבוצה. אחרי שהם מוצאים את השן גונג וו'ו - הקונכייה קוראת המחשבות, כל אחד מנערי שאולין משתמש בה כדי לשמוע מה האחרים חושבים עליו וזה רק מגביר את הבעיות ביניהם. ג'ק פורץ לכספת של המקדש וגונב את מרבית השן גונג וו'ו. נערי שאולין מצטרפים לבת הדודה של ג'ק, מגאן, כדי לנסות להחזיר את מה ששייך להם.

תוך שימוש בשן גונג וו'ו חדש - הצל של הפחד, ג'ק נכנס לתוך החלומות של נערי שאולין ומעלה להם את הפחדים הכי עמוקים שלהם. כשאיש לא שומר על הכספת במקדש, ג'ק יכול בקלות לגנוב את השן גונג וו'ו. מסטר פונג מציע לנערי שאולין להתמודד מול הפחדים של עצמם.

גואן, נזיר מסטר גדול, מופיע בפני לוחמי שאולין ומשכנע את דוג'ו להצטרף אליו למקום בו נמצא צ'ייס יאנג, הפושע הגדול בכל הזמנים. אבל דוג'ו לא יודע שגואן מתכוון להחליף אותו תמורת חנית הגואן שלו, שנמצאת אצל צ'ייס. דוג'ו מבוהל כשהוא מגלה מה התוכניות של צ'ייס לגביו.

אחרי שקימיקו שוברת את קשקש הפסיפס, היא מחביאה אותו בחדר של קליי. למחרת, קליי מתחיל להתנהג מוזר ובאכזריות. מתברר שקשקש הפסיפס הכיל בתוכו רוח רעה בשם סיביני, שמשתלטת על גוף של אדם אחר והופכת אותו לאחוז דיבוק. אם סיביני ימצא את כנפי המלך, הוא לא יצטרך עוד ל"התארח" בגוף של אחר.

אחת לאלף שנה, השן גונג וו'ו יוצרים מאלה מאלה ג'ונג משלהם. הרצון של מאלה מאלה החדש, הוא להשתמש בטבעת תשעת הדרקונים כדי להפוך לארבעת המרושעים הגדולים. עכשיו הוא מחפש את קיסר העקרבים כדי שיוכל לשלוט בכל השן גונג וו'ו.

נערי השאולין נוסעים שוב לטקסס, בחיפוש אחר שן גונג וו'ו, אבל נתקלים בצרות ברגע שהם מגיעים לשם. נחשי הצפע השחורים - חבורת אופנועניות, לוכדות את הלוחמים וכולאים אותם במערה. קליי מגלה שאחת מרוכבות האופנוע היא אחותו ששומרת לו טינה כבר שנים רבות.

כשנערי השאולין מוצאים את דיריס, בתולת ים יפה, היא מספרת להם שרודפים אחריה. הם מביאים אותה למקדש ומתברר שזה שמחפש אחריה, רוצה לעצור אותה מלהציף את כל העולם במים, ולהשליט רוע על כל היקום.

פנדבובה משתלט על המפעל של אבא של קימיקו, והופך את כל הפועלים ואת אבא של קימיקו לזומבים שיעבדו בשירותו. לוחמי שאולין, מגלים את מה שקורה ויוצאים להציל את אביו של קימיקו ואת כל הפועלים במפעל.

בשעת צפייה בכוכב שביט מרושע בשמים, מסטר פונג מצווה על הלוחמים לא להשתמש בשן גונג וו'ו במשך שלושה ימים. כוכב השביט גורם לוו'ו לפעול מעצמם אם מישהו משתמש בהם. וו'ויה רואה כאן הזדמנות לפתות את הלוחמים להשתמש בוו'ו שלהם. ריימונדו משתמש בטפרי הנמר המוזהבים ובחרב של הסערה, כדי להציל את העיר שלו מהתפרצות הר געש, אך נשאר מחובר לטפרי הנמר. השן גונג וו'ו פועלים מעצמם ומתחברים לריימונדו והופכים אותו למפלצת. ברגע שריימונדו מאבד את השליטה העצמית שלו, וו'ויה מתכננת להשתלט על הגוף שלו ולהוציא לאור את התוכנית שלה לכיבוש העולם.

צ'ייס צופה בג'ק ספייסר ששוב מפסיד ללוחמי שאולין. הוא מחליט לעזור לו לגנוב את הלשון של סייפינג, לחבר אותה יחד עם עסקי הקופים כדי לשלוט בצבא של קופים ירוקים. אחרי שהוא מצליח במזימתו, ג'ק שולח את צבא הקופים שלו ללחום נגד נערי שאולין, ולוכד אותם בתוך מקדש שאולין. שני שן גונג וו'ו חדשים חושפים את עצמם: המזרקה של היו, וטווח העיט. כאשר הם מתאחדים, הם יכולים לגלות את הסודות העמוקים ביותר של היקום - כמו למשל איך להיפטר מהרוע לנצח. בזמן שהלוחמים לכודים, צ'ייס יאנג מנסה למצוא את הוו'ו האלה ראשון.

מאסטר פונג נותן ללוחמים שלו את המשימה החדשה והכי חשובה שלהם: להשגיח על זרע שטן בעל כוחות הרשע. הלוחמים נכשלים, וכעת הם חייבים למצוא את ארבה אבן הירח כדי להביס את הצמח המרושע. בינתיים, ולאד חוזר ומתחבר שוב אל ג'ק.

ג'ק מצליח ללכוד את צ'ייס בתוך כדור יון, ולקבל את כל הכוחות שלו. אומי יוצא לשחרר את צ'ייס כדי שיעזור לו להביס את ג'ק. צ'ייס רוצה לפתות את אומי לעבור לצד של הרוע, ולכן הוא גם מאפשר לאומי לנצח אותו בקרב של שאולין.

צ'ייס יאנג מחפש חניך. חתולית או ג'ק יוכלו לזכות בתואר הזה. חתולית מתכננת מחדש את הרובוטים של נערי שאולין, שיהיו מרושעים. מסטר פונג מודיע ללוחמים שלו שהאיום החדש שלהם מגיע מצ'ייס יאנג וכעת פונג חייב ללמד את נערי שאולין איך לרמות ולשקר כדי שיוכלו לנצח אותו. צ'ייס יאנג בוחר בחתולית כחניכה שלו, וג'ק מצטרף לנערי שאולין למקדש.

ג'רמיין מגיע למקדש שאולין ומצטרף לנערי שאולין, אבל הוא מתקדם יותר מחניכי שאולין. אומי נפגע מכך ומקנא בג'רמיין, והם מקניטים זה את זה כל הזמן. ג'ק מגלה שג'רמיין למד אצל צ'ייס יאנג, ולא יודע שצ'ייס יאנג עומד בצד של הרשע. אחרי שלוחמי שאולין מגלים את האמת, הם ממהרים לספר לג'רמיין על צ'ייס יאנג, לפני שיהיה מאוחר מידי.

אחרי שג'ק משחרר את העכבישים הכי גדולים והכי חזקים בעולם, נערי שאולין, צ'ייס יאנג וג'ק ספייסר מתאחדים יחד כדי לעצור את העכבישים לפני שהם יעכלו את כל העולם. קימיקו, ריימונדו, קליי וג'ק נלכדים, בזמן שצ'ייס ואומי מצליחים לברוח. כדי לחפש דרך להביס את העכבישים, הם משלבים את המזרקה של וו'י וטווח העיט.

מסטר פונג מודיע ללוחמים שאחד מהם יתקדם בקרוב ויעבור לשלב לוחם וו'ודאי, וכל אחד מהם בטוח שזה הוא. שן גונג וו'ו חדש חושף את עצמו, יינג יו-יו, שפועל כשער לעולם היינג ויינג, עולם מקביל. נערי שאולין מגלים שמסטר פונג הועבר לעולם הזה, אבל הם לא יכולים להציל אותו בלי השן גונג וו'ו החדש. אומי מבקש את העזרה של צ'ייס יאנג, שמסכים לעזור לו. אחרי שהוא מוצא את השן גונג וו'ו, אומי נכנס לעולם המקביל ומציל את מסטר פונג, אבל האנרגיה הטובה של אומי נשארת בעולם המקביל, והאנרגיה הרעה מתחילה להשתלט עליו.

כשאומי עובר לצד הרעים, ומסטר פונג במצב של מדיטציה היפנוטית, הדברים נראים רעים ממש. הם מחמירים כשצ'ייס יאנג משתמש בזנב הנחש ובמראת ההיפוך כדי להחזיר את וו'ויה למצב האנושי שלה, אבל בלי הכוחות שלה. בינתיים נערי שאולין, בלי אומי, מגלים שצ'ייס יאנג שלח את מסטר פונג לעולם המקביל, ואם אין לך את היינג יו-יו, האנרגיה הטובה שלך נלכדת שם. לכן, מסטר פונג מכניס את עצמו למדיטציה, כדי לשמור על האנרגיה השלילית שלו תחת שליטה. אומי לעומתו לא מצליחה. נערי שאולין יחד עם דוג'ו וג'ק ספייסר מחליטים להחזיר את אומי ואת האנרגיה הטובה של מסטר פונג חזרה מהעולם המקביל.