Hace 1,500 años las fuerzas del bien y del mal pelearon por adueñarse de los místicos Shen Gong Wus. La batalla terminó cuando la maligna bruja Wuya fue atrapada dentro de una caja de rompecabezas. El día de hoy, Jack Spicer recibe esta caja como regalo de sus padres que estaban de viaje en Hong Kong. Mientras tanto, en el Templo Xiaolin en china, Omi debe lidiar con los nuevos reclutas Kimiko Tohomiko, Clay Bailey y Raimundo Pedrosa. Cuando el primer Shen Gong Wu se revela, las fuerzas Xiaolin y Heylin se enfrentan terminando en el primer Duelo Xiaolin!

Clay recibe burlas de parte de sus compañeros por su estilo lento de pelea, no obstante el maestro Fung lo felicita y hace ver a los aprendices que existen otras formas de resolver los problemas como lo hizo su amigo. Un nuevo Shen Gong Wu aparece en Francia, el Puño de Tebigong; el equipo, que se encontraba en su búsqueda, se cruza con Jack Spicer el cual se había aliado con un mimo mágico con la intención de que lo ayude gracias a sus habilidades. Los aprendices quedan atrapados en una caja mágica creada por el mimo a excepción de Clay quien cayo por un barranco durante la batalla. Cuando logra recuperarse va en busca del Shen Gong Wu pero se cruza con el mimo el cual cae frente a la astucia de Clay. El Puño de Tebigong se manifiesta y es tocado por Jack y el aprendiz de dragón, se da un duelo Xialolin el cual culmina con la victoria de Clay, gracias a su paciencia, obteniendo así el Sheng Gong Wu en juego y el de Jack(Tercer brazo).

Luego de que Kimiko perdiera el Bastón del mono ante Jack Spicer, La joven Xiaolin del fuego se promete no volver a perder otro Shen Gong Wu, por lo que luego de haber encontrado el Peine de la red enredadiza, Kimiko tendrá que encontrar la manera de disipar la tormenta mental que posee. ¿Podrá controlar su mal carácter antes de perder otro duelo?

Se presenta una nueva villana ante Jack y Wuya, que se hace llamar Minina (Katnappe en inglés y español de España). Ella pelea contra Omi y le gana las Garras de tigre dorado. Al ser difícil de ganarle, los aprendices deberán pensar en otra estrategia para hacerlo.

Tubbimura se une a la cacería de Shen Gong Wu de Jack y le gana la Espada de la tormenta a Raimundo por su falta de conocimiento en Shen Gong Wus. Rai decide aprender todo lo que pueda sobre ellos, así que en su próximo encuentro, reta a Tubbimura a un Duelo Shen Yi BU.

Kimiko se verá en aprietos cuando Jack invente un robot con la capacidad de imitar el físico de cualquier persona. Robo-Kimico se infiltrará en el templo para que Jack pueda robar los Shen Gong Wus. ¿Lo logrará?

Omi quiere aprender a hacer múltiples actividades al mismo tiempo cuando los aprendices encuentran el Anillo de nueve dragones, el que permite dividir la esencia de quien lo use en 9.

Los aprendices han encontrado un Shen Gong Wu que es un dragón negro, no saben cuáles son sus poderes, pero se verán en aprietos cuando los moradores del tempo se empiecen a encontrar como estatuas de zafiro.

Se revela un nuevo Shen Gong Wu en Nueva York. Nuestros 4 héroes deberán de encontrarlo antes que Jack Spicer, pero estarán en problemas cuando Omi se pierda en la Gran ciudad. Será rescatado por Jermaine, con quién hará dúo para un reto Shen Yi Bu en contra de Jack y así obtener La Cola de la Serpiente.

Aparece el padre de Clay Bailey con la intención de regresarlo a Texas, pues cree que su hijo pierde el tiempo en las artes marciales. Clay hará todo lo posible para que su padre se dé cuenta de su valor y el de la misión de obtener los Shen Gong Wus, al llevarlo a conseguir la Esfera de Tornami. Dojo encuentra curiosa la corbata familiar de los Bailey, la que terminará siendo la Estrella de Hannabi ¿Regresará Clay a Texas o continuará con el resto de los jóvenes Xiaolin?

Los aprendices tienen problemas con su trabajo en equipo. ¿Perderán los 4 Shen Gong Wus que se han activado al mismo tiempo?

Wuya aprovecha la confusión de Raimundo para hacer que se una al lado Heylin prometiéndole poder y cosas modernas. En un inicio el aspirante a dragón del viento se niega, pero luego se ve absorbido ante la codicia. Se da un duelo Xiaolin entre Jack y Raimundo, al finalizar, Rai le da a conocer a sus compañeros el cambio de bando y ellos se decepcionan, a diferencia de Omi quién piensa que es un plan de Raimundo para derrotar a Wuya. Después de que Rai robara La Cola de la Serpiente del tempo Xiaolin y utilizara el Espejo Inversor para darle a Wuya un cuerpo tangible, los 3 jóvenes al fin aceptan que Raimundo ya no está de su lado.