Danganronpa 3 : Désespoir se déroule avant les événements décrits dans Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome est une nouvelle professeure à Hope's Peak Academy et devient la principale de la classe 77. Pendant ce temps, un étudiant sans talent de la réserve se porte volontaire pour subir des expériences ayant pour but de créer l'« Espoir Ultime ». L'histoire suit tous les événements qui donneront naissance aux « Désespoir Ultime », puis à la Tragédie4

あらゆる分野の超一流の高校生を集めて、育て上げるために設立された、政府公認の特権的な学園「私立希望ヶ峰学園」。この学園には、超高校級の才能が集まる「本科」と、高い学費を払えば誰でも入れる「予備学科」が存在していた。才能だけではなく、性格も個性的な本科77期生。しかし彼らは才能のみに固執することなく、「人生に大切なことは才能ではなく、人との関わりで人格を磨き、思い出を作ることである」ということを学び、それぞれ普通の高校生らしく学園生活を謳歌していく。しかし、水面下では謎のプロジェクトの遂行、学園による学科差別が横行していた。そして、才能を渇望した予備学科の少年・日向創。彼に起こる運命的な出会いが、学園を、未来を予測もつかない方向へ導いてしまう。これは、人類史上最大最悪の絶望的事件に至るまでの物語。絶望で終わる、希望の物語。

단간론파 3 -The End of 키보가미네 학원- 시리즈의 과거를 다루는 프리퀄 이야기

Danganronpa 3: Despair tiene lugar antes de los acontecimientos descritos en Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome es una nueva profesora en la Academia Hope's Peak y se convierte en la directora de la clase 77. Mientras tanto, un estudiante sin talento de la reserva se ofrece voluntario para someterse a experimentos para crear la "Esperanza Definitiva". La historia sigue todos los acontecimientos que darán lugar a la "Desesperación Definitiva" y después a la Tragedia.