少年たちが夢をたくして闘うベイブレード。蒼井バルトは何よりもベイが大好きな少年。学校の体育館でバルトとヴァルキリーは強豪・黄山乱太郎ことクミチョーとラグナルクにバトルを挑む。しかし勝負に敗れ、好きなだけで基本が出来ていないことを指摘される。そんな中、親友で天才と名高い紅シュウのバトルに感化され、基本を身につけるための特訓を重ねる。そして地区大会１回戦を迎えるが、なんと相手はあのクミチョーだった！

１回戦突破で調子に乗るバルト。シュウには浮かれて勝てる程ベイは甘くないと諭され、その直後のクミチョーとのバトルでは痛恨のバーストフィニッシュで敗北。再び特訓に精を出すも気負い過ぎたバルトに、双子の弟妹トコナツとニカは気分転換のため人形劇に誘う。劇の主人公なのに弱い勇者はまるで今のバルトの鏡写しのようで……。そして迎えた大会２回戦、相手はケル＆ベス人形を操る異色のブレーダー緑川犬介だ！

ヴァルキリ－ＶＳケルベウス。セカンドバトルは両者同時のスピンフィニッシュとなり、勝負はサードバトルへ。緊張がバルトを縛り、ガチガチになった手から落ちるヴァルキリー。動揺して転んだバルトの目の前に飛び込んできたのはケルとべスの人形。バルトは人形劇で見た勇者を思い出す。緊張がほぐれたバルトは、みんなの応援に応え、ついに完璧なラッシュシュートでヴァルキリーをシュートする！！

突然の閃きでベイブレードクラブを作ろうと思い立つバルト。クミチョーは快く入部してくれたが、クラブを成立させるには後３人必要だ。そこでバルトは心当たりを誘うことにした。お目当ては緑川犬介。だが犬介はバルトに１つ条件を出す。それは紅シュウとのベイバトルだった。バルトは快諾し、バトルを実現させるためにシュウを説得する！

朝寝坊で遅刻したバルトの元へ現れた次の対戦相手、黒神ダイナ。大会前にも関わらずバトルを申し込むダイナに不審なものを感じる犬介。その予感は的中。バルトのラッシュシュートを探るための芝居だった。さらに、ダイナの挑発で感情的になったバルトはいつも通りのシュートを打てなくなってしまう。バルトは自分を取り戻せるのか？

地区大会では優勝候補のシュウや、他の強豪たちが勝ちすすんで行く。バルトは、母・千春から言われた家の手伝いを、ベイの特訓として全力でこなす。一方、学校ではクミチョーや犬介、ダイナから、バルトの弱点は感情の不安定さだと指摘される。そこで、平常心をきたえる特訓を始める。何度も放たれるバルトの失敗シュートを観察しているうちに、ダイナはある事に気付く。

新必殺技を狙って打つことが出来ず、試行錯誤するバルト。しかしシュウの助言が解決のきっかけとなり、バルトは新必殺技を確実に打てるようさらなる特訓を重ねる。一方、バルトの次の対戦相手である紺田ホウジは悩んでいた。とある事情で、真剣勝負ができないかもしれないためだ。ホウジは、バルトのもとを訪れる事にして…

バルトはみんなの応援を受け、ホウジはワキヤに勝利を誓い、それぞれの想いでバトルにのぞむ。ホウジはホルスードの特徴を活かした強力な必殺技を持っているブレーダー。シュウを始め、まだ見ぬ強豪たちも注目する中、そんな強敵とのバトルにも関わらずバルトの顔には笑みが！？バルトとヴァルキリーはホウジの必殺技を攻略できるのか？

会場で迷子になったニカを助けた銀刃オロチ。神の耳を持つ彼は、バルトの放つシュート音に興味をしめす。一方、ワキヤもバルトに興味を持ち、大量のパンをバルトの家に注文。配達でおびき出されたバルトと強引にバトルをする。すると、ワイバーンの鉄壁の防御にヴァルキリーは苦戦。バルトはワキヤの誘いに乗り続けて感情的になってしまい…

ワキヤに打ちのめされて、悔しさのあまりスランプに陥るバルト。朝食も、クミチョーも、何もかもがワキヤに見えてしまう。心配したクミチョーたちが気分転換をはかろうとするも、全て空回り。負け続けに嫌気がさしたバルトは部屋に引きこもってしまう。一方、オロチは病院から出てくるシュウの姿を見かける。

病院から出てきたシュウを見たニカは、自分が原因でシュウが怪我をした事をさとった。それを聞いたバルトはシュウの怪我が心配で、学校でも余計な世話を焼き始める。呆れたシュウは、あえてダイナとベイバトルすることで問題ないことを見せ付ける。肩に走る痛みを隠して。そして地区大会は準決勝を迎えた。第１試合はバルト対ワキヤ。因縁の対決が始まる！！

全身に着けていた重りを全て外すワキヤ。ここまでずっと自分自身にハンデを課して戦って来たワキヤに、バルトは驚きながらも感心する。ワキヤ全力のシールドクラッシュは、バルトのフラッシュシュートと激しい攻防を繰り広げ、一進一退のバトルが続く。そして、バルトのフラッシュシュートが失敗かと思われたその時、ヴァルキリーが見たことのない動きを見せる！

準決勝第２試合、シュウVSオロチ。オロチは観客へパフォーマンスを披露して心理戦をしかける。しかしシュウは動じず、オロチとオーディンを追い詰めていく。シュウの予想以上の力に驚くオロチは、今度は必殺技でのバースト勝利を予告する。一方、シュウも悪化する肩の痛みをこらえて勝負に出る。激突するスプリガンとオーディン！決勝に駒を進めるのはどちらか！？

怪我をしているシュウの肩を心配するバルト。余計な事をシュウに言ってしまい、喧嘩となる。シュウは夕暮れの公園にバルトを連れ出す。そこは２人が初めてベイバトルをした思い出の場所。そこでシュウは、交わした約束への想いをバルトにぶつける。そして迎えた決勝戦当日。会場にはもう一人の四転皇である灼炎寺カイザ、通称シャカの姿もある。ついに、約束のバトルの幕が開ける！

シュウの新必殺技に全力で挑むバルト。しかし、シュウは圧倒的な実力でバルトを追いつめる。打つ手が無くなるが、それでも諦めないバルトは、大きく深呼吸をしてヴァルキリーに語りかける。そして、バルトの放ったシュートは、フラッシュシュートから軌道を変化し、誰もが予想をしない動きを見せる。勝利を取るのはどちらのブレーダーか！？

シャカが稽古をしている灼炎寺道場。そこでシュウが肩を治療中だとバルトは知り、ベイクラブのメンバー達と一緒に灼炎寺道場を訪れる。シュウに会い、安心したバルト達の前に現れたのは南翠ユーゴ。ユグドラシルを使う実力者だ。ユーゴは、灼炎寺スペシャルと呼ばれる特殊スタジアムでのベイバトルを挑んでくる。バルトは特殊スタジアムでのバトルに勝てるのか？

シャカのエクスカリバーの強さに驚くバルト。四転皇の一人であるシャカの実力はバルトを圧倒するが、勝負の行方は？一方、次は自分が相手だと名乗りを上げたのはクミチョー。特殊スタジアム・灼炎寺スペシャルでシャカと対峙するクミチョーは、バルトの戦いを参考に、ラグナルクに有利な戦法でエクスカリバーに立ち向かう！

再びシャカの道場を訪れるバルトたち。初めての団体戦に意気込む中、そこに現れたのは雪吹右京。彼はシャカのベイクラブの一員で、前回のバトルでは姿を隠してバルトたちを観察していたという。ならばと手の内を見せていないダイナが一番手をかって出た。ダイナは灼炎寺スペシャルのスパイクを上手く利用して攻め込むが、右京は余裕の表情を見せて…

クミチョーはダイナの助言を得て、強敵ユニコーンに立ち向かう。得意のラグナルクゾーンで勝負をかけ、右京とユニコーンを追い詰めていく。ならばと右京は必殺技を解禁。先にスタジアム中央へ陣取ったユニコーンは、必殺技を活かした戦法でラグナルクを待ち受ける。苦戦するクミチョーと米駒学園ベイクラブ。そんな中、いつもとは違う犬介の態度に、ダイナは違和感を覚える。

抱えた悩みと負けられない焦りで本来の力を発揮できない犬介。その様子を見て思わず道場を飛び出してしまうバルトは、追ってきたシュウに犬介が転校する事を打ち明けた。悩むバルトにシュウが伝えた事とは……。一方、バルトを待つ犬介の気持ちをくんだシャカは、セカンドバトルの開始を遅らせていた。ようやく戻ったバルトに犬介は、次のバトルに勝利することを誓う。放たれた２つのベイ。勝負の行方は！？

四転皇のシャカを前に緊張を隠せない犬介。だがバルトは、勝負に出ろとその背中を押す。シャカも犬介の実力を認め、始めから勝負に出る。健闘する犬介と、強烈な攻撃を繰り出してくるシャカ。バトルの行方は！？一方、ヴァルキリーの動きに原因不明の異変が生じる。果たしてヴァルキリーに何が起こっているのか……？

バルトたちに届いたエリア選抜大会への招待状。喜ぶバルトたちだが、クミチョーの分だけが届かなかった。その時、風に飛ばされていく一枚の招待状が…？そして始まるエリア選抜大会。シュウとシャカが見守る中、ベイブレード四転皇の１人にして超人気アイドル歌手でもあるザックの司会のもと、遂に試合が始まる。初戦のバルトの相手は？ヴァルキリーは秘めた力を覚醒させる事が出来るのか！？

ユーゴとの戦いに備えて訓練に励むダイナ。同じアタックタイプで、覚醒を遂げたヴァルキリーに焦りを感じる。バルトやクミチョ－の勝負に掛ける意気込みや、弟のソウタの応援にも背中を押されるが、強敵ユーゴを前に、負けたくない感情によるプレッシャーがダイナを襲う。それは、ダイナから自信をしだいに奪っていき…。

バルトとの親友対戦に気合の入るクミチョー。バルトもまた気持ちは同じで対戦前から２人は火花を散らす。そして遂に始まる選抜大会Ａブロック第２回戦。バルトとクミチョーが互いに必殺技を出し合う、全力バトルになる。一方、Cブロックでは、ホウジがワキヤとの対戦を控えていた。普段から一緒に練習をしてきた２人の本気バトルが始まる。激しい攻防の末、親友対決を制するのはどちらか！？

大会でのブレーダー達の激闘に刺激をうけて、ベイバトルがしたくてたまらない四転皇のザック。超人気アイドルスターでもある彼は、正体を隠すためベイブレード仮面に変装する。お目当てはワキヤとバルト。まずは、トコナツとニカの案内でワキヤの屋敷へ向かった。ベイブレード仮面とワキヤのベイバトルが始まる。果たして四転皇ザックの実力とは！？そして、バルトとの勝負の行方は！！

ダイナがベイクラブをやめる？信じられずにいたバルトに、シュウはダイナが反則技を使ったことを伝え、バルトは強いショックを受ける。その頃ダイナはユーゴに反則した事を謝り、けじめをつける決意を固める。翌日、Ａブロック決勝を迎えたバルトだがダイナの事が気がかりで対戦相手のオロチに苦戦する。追い詰められるバルトと、思いつめるダイナ。２人の結末は！？

団体戦の準備として、バルト達はワキヤの別荘でベイブレード合宿を行うことにした。そこにはワキヤが海外から取り寄せた、壁に牙が生えているバイキングスタジアムが用意されていた。その仕掛けに驚くバルトたち。そして、このスタジアムを使って模擬団体戦を行うことに。２チームに分かれ、３ＶＳ３のチームバトルが始まる！

ベイブレード合宿中のベイクラブ一同。キャプテンのような振る舞いで指示を出すワキヤに振り回されつつも、ベイバトルや自炊を楽しむバルトたち。そんな中、高い木に立派な果物があるのを発見したトコナツとニカは、バルトたちに内緒で林の中に入っていく。しかし、嵐に見舞われてしまい…。

全国大会で選手宣誓をすることになったバルト。その練習のため放課後クミチョーたちの待つ公園へ向かうバルトは、スケボーを乗りこなす少年、黄緑クオンと出会う。興味がわいてスケボーをかりるが、転んでヴァルキリーを無くしてしまう。バルトは全国大会に出場できるのか！？一方クオンは旧知の仲であるシャカを訪問し、全国大会に出ることを告げる。

団体戦第１試合は、米駒学園ベイクラブＶＳアイスブレイズに決まった。ファーストブレーダーはバルトとクオン。両チームのキャプテン対決からバトルが始まる。バルトは全力でラッシュシュート。しかしクオンのケツァルカトルはこれを全て受け切り、反撃に出てくる。シャカと競い合った強豪ブレーダーと言われるクオンの実力は？そして激戦の行方は！？

２回戦を前にまだチームとしてまとまらない米駒学園。バルトもキャプテンとして頑張ろうとするがうまくいかず、調子が上がらない。ビースツの一員として参加していた犬介はバルトの不調を心配して…。一方、団体戦ではザック率いるスーパースターズが登場。メンバーにはあのオロチがいた。そしてザックは観客を魅了するパフォーマンスでバトルを行い、会場の盛り上がりは最高潮に！

米駒学園に突然現れた四転皇ザック。バルトたちを自分のパーティーに招待する。大勢のブレーダーがコンサートやベイバトルを楽しむ中、会場に激震が走る。四転皇にして最強のブレーダー、白鷺城ルイが会場に登場！シュウ、シャカ、ザックは、ルイと闘志の火花を散らし合う。そんな中、メインイベントである、サイクロンベイスタジアムでのバトルが始まる！

全国大会団体戦２回戦、シャカ率いる強敵ソードフレイムスと対決するバルトたち米駒学園。ワキヤがファーストブレーダーとしてシャカとのバトルにのぞむ。有利なベイの相性をいかしてシャカを追い詰めていくワキヤ。四転皇シャカを倒せるのか！？一方、シュウは怪我をした右肩に違和感をおぼえる。はたして、勝ち進むのはどちらのチームになるのか！！

全国大会団体戦３回戦、米駒学園の相手は犬介がいるビースツ。試合当日、犬介と団体戦でバトルできることに喜ぶバルトに対し、犬介は敵として潰しにかかってくる。そしてビースツには未知の強豪ブレーダーの小豆ベンもいる。バルトは全国大会の厳しさを目の当たりにして気を引き締める。互いの手を知る者同士、勝負の行方は！？

米駒学園ＶＳビースツ。バルトとベンのバトルが始まる。ベンのベヒーモスは、特徴的な動きで野獣のようにヴァルキリーに襲いかかってくる！獲物に喰らいつくようなベヒーモスの攻撃にバルトとヴァルキリーはどのように立ち向かうのか？一方、準決勝ＢブロックではライドアウトＶＳスーパースターズの試合が始まる。優勝候補チーム同士の対決、勝負の行方は！？

ライドアウトＶＳスーパースターズ。豪とオロチとのバトルが始まる。決勝進出をかけたバトルで勝利を掴むのはどちらか！？その翌日、米駒学園放送部の取材を受けるベイクラブ。特訓風景を撮ろうとベイアリーナへ移動した彼らは、そこでライドアウトを目撃する。闘志に火がつくバルトたち。ライドアウトとのトレーニング対決が始まる！！

ライドアウトとの対決に備え、激しい練習を重ねるバルトたち。しかし、疲れがたまって実力が出せていないとシュウに言われ、バルトは意外な特訓を決断する！？そして、ついに団体戦決勝が始まる！出場選手は、クミチョー、ダイナ、そしてシュウだ！

団体戦はフォースバトルに突入。米駒学園からはバルトが、そしてライドアウトからはついにルイがスタジアムへと登場。以前、ダメなブレーダー呼ばわりされたバルトは、勝利を誓ってルイと対峙する。バルトは王者ルイとロンギヌスを倒すことができるのか？一方、シュウはルイのバトルを見て、かつて自分が戦った時を思い出し…。

ブレーダーを研究しているという水面ナオキに誘われ、よく考えずに彼の実験に付き合ってしまうバルト。ナオキの本当の思惑が何かも知らずに、必殺シュートやヴァルキリーの分析を手伝ってしまう…。そして、全国大会個人戦がついに開幕。１回戦が行われる中、試合を前にしたバルトのもとに千春が交通事故にあったとの連絡が…！？

大会１回戦、試合に間に合ったバルトは気合十分でナオキとのバトルにのぞむ！果敢に攻めていくバルトに対し、ナオキはヴァルキリーを研究したデータを駆使して反撃。さらに、２つのモードを持つネプチューンのトランスドライバーを利用した戦術でバルトを追い詰める。１回戦を勝ち抜くブレーダーはどちらか！？一方、謎のブレーダー藍沢ジンがシュウの前に現れ……。

藍沢ジンがシュウを狙っていると考えたバルトは、シュウのボディーガードになって守り抜こうとする。そして、様々な強豪ブレーダー達が試合を終えていく中、ついにシュウｖｓジンのバトルが始まる。恐るべき粘りでスプリガンの攻撃に耐えるジンのヨルムンガンド。それでも必殺技で攻めていくシュウ。その時、シュウの身に予期せぬ危険が…？

シュウとワキヤがベイクラブを離れると言いだす。一緒に戦ってきた仲間が離れた理由が分からず悩むバルトは、気持ちの整理がつかないまま黄緑クオンとの大会２回戦を迎える。調子が上がらないバルト。追い込まれながらもシュウとワキヤが離れた本当の理由を見出そうとする。その時、ヴァルキリーに新たな力が…！？

大会２回戦、対戦カードは犬介ｖｓ小豆ベン。お互い戦い方を良く知っている「ビースツ」の仲間同士だ。仲間であっても今回は敵だと、２人とも特訓に余念がない。心にあるのは、絶対勝つというビースツ魂。バトルでは犬介が新しい戦法で攻めると、ベンも負けじと新技を繰り出す、一進一退の攻防！ぶつかり合うビースツ魂！！勝つのはどっちだ！？

ベスト８が出揃った全国大会３回戦。ついに、シュウとワキヤのバトルが幕を開ける！打倒シュウを誓って特訓を重ねてきたワキヤは、新必殺技を解禁！それに対し、ワキヤを強敵と認めていたシュウも反撃に出る。勝負は互角のまま一進一退の攻防が繰り広げられる。因縁のライバル対決、勝利を掴むのはどちらだ！？

全国大会３回戦、ついにバルトは四転皇の１人、シャカと対戦！開始前から激しく火花を散らす２人は最初から全力シュート！アタックタイプどうしのパワーバトルになり、大歓声に包まれた会場は熱気であふれる。その時、さらなるパワーを求め、新たな技が生まれる…。

スタジアムはいつもと違う盛り上がりを見せていた。ザック・ザ・サンシャインと山吹アキラは今をときめくトップアイドル。パフォーマンスで会場を沸かせるアキラに対し、圧倒的な存在感で観客を魅了するザック。序盤を優勢に進めるザックに対し、アキラは必殺技を出して互角のバトルに持ち込む。アイドルとして、ブレーダーとして、スターバトルを制するのはどちらのスターか！？

全国大会準決勝がついに始まる！初戦はバルトＶＳ四転皇ザック。ザックが華麗なバトルで魅了すれば、バルトは爆走ショットで反撃。激しい攻防が繰り広げられる。果たして、どちらのキラキラが勝るのか！一方、シュウと白鷺城ルイの準決勝が始まる。前回大会の敗北を乗り越えたシュウは、新必殺技で勝負をかける！

激突するスプリガンとロンギヌス。シュウの気迫が宿った一撃は、ついにルイに一矢報いる事に成功する。一方のルイは、なおも余裕を崩さずシュウを完全に潰すと宣言し、新技でシュウを追い詰める。ヒートアップする会場。絶対王者の強さを見せつけるルイ。シュウは前回大会の雪辱を果たせるのか！？　

ルイとロンギヌスに勝つため、バルトはベイクラブの仲間と共に爆走ショットの特訓に取り組む。一方のルイもライドアウトのメンバー全員を相手にして、決勝に向けた調整をかける。そして迎えた全国大会決勝戦。仲間からの声援を受け、バルトはステージに立つ。挑む相手は大会四連覇中の絶対王者、白鷺城ルイ！今、ラストバトルが始まる！！

ルイに勝つためにはどうしたらいい！？もっと強いシュートを！絶対王者の強さを前にバルトは自分自身に問いかける。その時頭に浮かんだのは、海辺でシュウと見たイルカの大ジャンプだった。ヴァルキリーに導かれるように、新必殺技を繰り出すバルト。呼応するように闘志を燃え上がらせるルイ。全力同士のぶつかり合い！！優勝の栄光を手にするのはどちらか！？