由西历转为宇宙世纪的改历仪式当日，地球联邦政府首相官邸所在地──太空站「拉普拉斯」遭到爆炸恐怖攻击破坏。参加恐怖攻击的青年赛亚姆．毕斯特虽然被爆炸波及却侥幸存活，得到了后来被称为「拉普拉斯之盒」的禁忌盒子。 然后，到了将近100年之后的宇宙世纪0096年──。位于暗礁宙域的建设中的工业殖民卫星（工业七号），有一艘通称「带袖的」的反政府组织手下的伪装货船葛兰雪进港。这艘船的目的是要接收毕斯特财团所隐匿的「拉普拉斯之盒」。在母亲死后被未曾谋面的生父收养、进入亚纳海姆电子工业学校就读的少年巴纳吉．林克斯，遇见了搭乘葛兰雪偷渡进入工业七号的少女。巴纳吉救了意外被抛入无重力空间的少女，她说为了阻止「战争」而要去见某个人。

巴纳吉陪奥黛莉摆脱要带她回葛兰雪的玛莉妲，抵达了要求见的毕斯特财团总裁‧卡帝亚斯，其位于墨瓦腊泥加的宅邸，而在那里看到的壁毯「贵妇与独角兽」，让巴纳吉很奇妙地有股似曾相识的感觉。这时卡帝亚斯在两人面前现身的，他不仅赶走了巴纳吉，还拒绝了奥黛莉请他中止交付「拉普拉斯之盒」的要求。同一时间，接下密令要阻止「盒子」外流的地球联邦军特殊部队ECOAS，正搭乘突击登陆舰拟‧阿卡玛接近工业七号。另一方面，在「夏亚的叛乱」之后幸存的新吉翁残党军「带袖的」成员辛尼曼等人，现身谈判要接收「盒子」，但卡帝亚斯只准备了「盒子」的钥匙，而他庇护了奥黛莉的说法更遭辛尼曼怀疑。就在此时，传来了联邦军MS部队与「带袖的」交战的消息。

于殖民卫星内展开的MS战，让卡帝亚斯跟辛尼曼的交涉破裂，也因而导致巴纳吉的同学们丧命。为了救奥黛莉而奔赴墨瓦腊泥加的巴纳吉，在工业区里迷路时，发现了有着白色独角的MS。另一方面，被潜入墨瓦腊泥加的亚伯特开枪射中，身负重伤垂死的卡帝亚斯，其实就是巴纳吉的生父。卡帝亚斯把能解救被「拉普拉斯之盒」束缚的毕斯特一族、推翻这个命运的希望，也就是「箱子」的钥匙「独角兽高达」托付给了巴纳吉后，便消失在烈火之中。曾封印起的儿时记忆苏醒，让独角兽高达启动的巴纳吉，挺身与「带袖的」的MS「刹帝利」对决。巴纳吉虽将对手逼至殖民卫星外，但却陷入了被反击、无计可施的危机。但就在这时，NT-D发动，独角兽高达完成了变身。看到那姿态的奥黛莉不禁低喃：「高达……」。

击退刹帝利后随即失去意识的巴纳吉，连同独角兽高达一同被地球联邦军的船舰拟・阿卡马收容。而在船舰上，巴纳吉的友人、拓也和米寇特，还有奥黛莉也一同被救起。但拟・阿卡马的位置被「带袖的」成员辛尼曼以巧妙陷阱锁定，因此遭受被称为红色彗星再世的弗尔・伏朗托的猛烈袭击。奥黛莉为了处分「拉普拉斯之盒」的钥匙「独角兽高达」，拜托巴纳吉跟她一起逃离战舰，却被联邦军特殊部队ECOAS的塔克萨俘虏，并藉此要求伏朗托停止攻击。原来，奥黛莉正是吉翁的公主、米妮瓦・拉欧・萨比。

对于拟・阿卡马将奥黛莉作为人质要求停战，伏朗托不但拒绝甚至扬言要将拟・阿卡马击沉。巴纳吉为了帮助奥黛莉，借助亚纳海姆公司的高层–亚伯特的力量，再度驾驶独角兽敢达出击。但亚伯特的目的，其实是要让身为「钥匙」的独角兽高达被伏朗托破坏，封锁住前往解开「盒子」的路径。巴纳吉驾驶着变成毁灭模式的独角兽高达，与伏朗托所驾驶的新安州对战。但是，玛莉妲驾驶刹帝利发动突袭，把巴纳吉连人带机一起抓走。巴纳吉被带到新吉翁残党军「带袖的」据点──资源卫星帛琉，与在那等着他的面具男弗尔・伏朗托会面。

　伏朗托摘下面具，将自己本来的模样展露在巴纳吉眼前，并向能启动独角兽高达的他寻求协助。而面对不配合的巴纳吉，安杰洛责备他杀了其属下一事。玛莉妲带着因罪恶感而苦恼的巴纳吉，到帛琉内的祈祷场所。另一方面，拟・阿卡马正计划着独角兽高达的夺回作战。面对参谋本部发出的无理命令，奥特舰长气愤不已，而身为作战指挥的塔克萨则试图让他理解，这也是一场巴纳吉救援作战。但是，从联邦军间谍那得到奇袭情报的巴纳吉，很害怕这次将帛琉沦为战场。同时，米寇特虽发现要让米妮瓦逃到地球的利迪，但知晓米妮瓦的决心后，决定放过他们。

地球联邦军隆德・贝尔部队的拟・阿卡马船舰，以及特殊部队ECOAS，开始了夺回巴纳吉及独角兽高达的作战。新吉翁残党军「带袖的」的据点，资源卫星–帛琉也因而沦为新的战场。米妮瓦在混乱之中与巴纳吉重逢，并且表示要前往地球借助利迪之父的力量。另一方面，伏朗托打算藉由强化人玛莉妲的力量，让身为盒子钥匙的独角兽高达发动NT-D（新人类毁灭系统）。而独角兽高达，拥有指出往拉普拉斯之盒道路的程式。巴纳吉与驾驶刹帝利的玛莉妲交战，因新人类间的感应，巴纳吉得知了玛莉妲的过去及她心中的悲痛。

成了联邦军俘虏的玛莉妲，期望巴纳吉往后也要继续说出「就算这样」，因为那将会成为唤醒沉睡在独角兽高达中，另一套系统的力量。玛莉妲将被移送到地球。这是赛亚姆的孙女、现任毕斯特财团代理当家的玛莎·毕斯特·卡拜因所下的指示。实际上命令亚伯特，要阻止财团命脉「拉普拉斯之盒」开放的也正是玛莎。另一方面，巴纳吉正朝着在帛琉时拉普拉斯程式所指引的新座标，也就是被炸毁的首相官邸「拉普拉斯」的遗址前进。对于塔克萨的命令，原本巴纳吉强烈反抗，但从奥特那得知救出自己的夺回作战，正是由塔克萨所主导一事后，巴纳吉驾驶独角兽高达出击。

抵达「拉普拉斯」遗址的独角兽高达，解开程式的封印后，系统开始播放96年前，地球联邦政府的初代首相──里卡德．马瑟纳斯的演说内容。塔克萨注意到独角兽并不是为了根绝吉翁的杀戮机器，而是暗藏了其他设定，并教导巴纳吉「能够驾驭独角兽的只有活人的心」。但是，他们遭受伏朗托所驾驶的新安洲，与安杰洛等亲卫队的共同袭击，因此身亡。感受到巴纳吉的愤怒，独角兽高达发动NT-D转变成毁灭模式，虽压制住新安洲，但却不幸击毁了前来救援的奇波亚。而独角兽高达往地球的方向坠落，米妮瓦目击了那道坠落到地球的光芒。

坠落到地球的独角兽高达，以及为了救巴纳吉的葛兰雪一同迫降于西撒哈拉沙漠。埋伏在地球的吉翁残党军，展开了攻击地球联邦首都——达喀尔的诱导作战。 联邦政府的中心人物——罗南下令布莱特・诺亚去搜寻葛兰雪。而与利迪一同抵达地球的米妮瓦，深怕自己受到政治利用，虽从马瑟纳斯家逃出，但出生于地球的老人所说的「推动宇宙移民之人的善意」那句话，让米妮瓦察觉自己应尽的义务，因而任由追捕的人带她回去。同时，亚伯特的叔母——玛莎认为应将强化人玛莉妲当成棋子，因此对她进行重新调整。另一方面，辛尼曼为了与吉翁残党军接触，断然地带着巴纳吉横越沙漠。

在横越沙漠时，巴纳吉得知了辛尼曼的家人被联邦军杀死的那段悲伤往事，而为了要寻找更适合使用「拉普拉斯之盒」的方法，巴纳吉下定决心要前往显示新情报的地点——特林顿基地。罗妮向伏朗托建议攻击特林顿基地，而她也正是袭击地球联邦首都——达卡的尚布罗驾驶员。另一方面，利迪在德尔塔普拉斯与指挥拉・凯朗姆的布莱特舰长汇合，这时拉・凯朗姆得到了特林顿基地被袭击的情报。吉翁残党军因卡克斯的召集而集结起来，且在雪梨新湾出现的尚布罗，一边对市区进行无差别破坏一边进行攻击，而吉翁残党军的怨念更加扇动了罗妮杀戮的念头。

　在殖民卫星坠落的地方，澳大利亚的特林顿基地上，吉翁残党军为了得到往盒子的座标而挑起战争。为了阻止战争的巴纳吉，将阻挡的辛尼曼击退，驾驶独角兽高达出击。另一方面，拉・凯朗姆的MS部队——三连星，迎击其实是罗妮替身的卡克斯并将其击毁。悲愤交加的罗妮驾驶着尚布罗不断进行杀戮，但已故的卡克斯的心意，将她身为人类的心给唤回。不料，吉翁残党军的强烈怨念，让尚布罗再度爆走。利迪夺走独角兽敢达的光束麦林，将尚布罗击毁。就在面对罗妮之死而茫然的巴纳吉眼前，一架黑色独角兽高达正在接近。

遭受刹帝利突然袭击的巴纳吉，连同独角兽高达一起被限制行动，被拟・阿卡马收容。利迪得知巴纳吉是亚伯特同父异母的弟弟一事，感到惊讶不已。亚伯特的叔母–玛莎・从利迪的父亲–罗南手上接收米妮瓦，为了让她成为使巴纳吉说出情报的棋子，将她移送到了超大型运送机迦楼罗上。在穷途末路的情况下，隆德・贝尔的布莱特司令，对隐藏着前往「拉普拉斯之盒」新座标的巴纳吉，给予他与历代高达驾驶员有着相同可能性的认可，并透过凯・西登来向葛兰雪传达共同救出米妮瓦的作战计划。救援中也计划派遣拟・阿卡马前往，并将巴纳吉送往米妮瓦所在的迦楼罗。

收容了巴纳吉跟米妮瓦等人的葛兰雪，在回宇宙的途中引擎发生了故障，但在巴纳吉不懈的努力下，藉着散发出不可思议光芒的独角兽高达的力量，成功与拟・阿卡马会合。可是，地球联邦军参谋本部决定要追杀，与拉普拉斯之盒扯上关系的拟・阿卡马及葛兰雪。而出现在回到宇宙的巴纳吉等人眼前的，正是联邦宇宙军中最大型的舰艇──雷比尔将军。巴纳吉等人陷入了生死危机，而拯救他们的竟是率领着新吉翁舰队的弗尔・伏朗托。因为新安洲的帮助，拟・阿卡马得以从雷比尔将军的追击下逃出，并只好接受与「带袖的」的共同作战计划。

受到联邦军追击的拟・阿卡马，在别无他法别之下只能接受与「带袖的」的共同作战计划。奥特舰长对表示反对的人下令必须接受这个作战计划，并想让伏朗托说出真正的意图。当被米妮瓦问到「那么你得到「盒子」后，又打算要做什么？」时，伏朗托讲述了想排除地球，强化月球及各SIDE间的经济联系，削弱联邦的势力，建立SIDE共荣圈的构想。米妮瓦预见这个构想将引起的灾难，虽感到非常失望，但还是将「拉普拉斯之盒」的最终座标，正是位于工业七号的墨瓦腊泥加一事告诉了伏朗托。另一方面，从亚伯特那接收了「报丧女妖 命运女神型」的利迪，前往追捕独角兽高达。

巴纳吉因弗尔・伏朗托知道了「拉普拉斯之盒」最终座标一事而失落不已，玛莉妲鼓励他只要持续抱持希望就会有机会来临的。另一方面，拓也等人悄悄地联系联邦军哨戒舰，等待反击的机会，但却被安杰洛给察觉。拓也等人被当成人质，以此被要求将哨戒舰击沉的奥特舰长，决定放弃共同战线。在激烈的枪战中，巴纳吉与伏朗托展开对峙。米妮瓦也否定了伏朗托建立SIDE共荣圈的想法，要与玛莉妲一同动身，辛尼曼虽命令玛莉妲投降，但是，玛莉妲的决心解开了辛尼曼心中的仇恨。而遭受到巴纳吉和玛莉妲的反击，从拟・阿卡马逃脱的伏朗托等人朝着「盒子」的最终座标前进。

紧急前往工业七号的拟・阿卡马遭到「带袖的」的MS攻击阻挡去路。若不突破战线，就等于让弗尔・伏朗托得到「拉普拉斯之盒」。再加上，驾驶全装甲型独角兽高达的巴纳吉，也遭到了利迪所驾驶的报丧女妖命运女神型所阻挡。另一方面，布莱特从凯・西登口中听闻将发射殖民卫星雷射「格利普斯2」，且进行不排除将「盒子」毁掉的作战一事后，紧急派遣拉・凯朗姆前往控制中心所在的夏延基地。面对被血咒所束缚而暴走的利迪，负伤的玛莉妲驾驶刹帝利修复型前往救援，并命令巴纳吉先行前往工业七号。

巴纳吉被安杰洛追捕，且与玫瑰・祖鲁的精神感应装置干扰器陷入苦战。另一方面，和玛莉妲对决的利迪，受到思念的共鸣现象影响而不幸击毁刹帝利修复型。玛莉妲最后的心意向辛尼曼及米妮瓦等人传达了这片宙域的危机。受到玛莉妲之死所带来的冲击，独角兽高达出现了超越数值的感应波，导致混乱的安杰洛因而自毁机体。藉由辛尼曼的协助，拟・阿卡马成功阻止「带袖的」的舰队前进，顺利到达了工业七号。同时，闯入夏延基地的布莱特，与利迪的父亲–罗南议长、玛莎对峙。另一方面，巴纳吉与米妮瓦前往墨瓦腊泥加，而在那等待他们的正是──赛亚姆・毕斯特。

在墨瓦腊泥加等着巴纳吉与米妮瓦的是巴纳吉的曾祖父──赛亚姆・毕斯特，其正是宇宙世纪元年时，参与炸毁地球联邦政府首相官邸恐怖行动的犯人，而他用那时得手的宇宙世纪宪章，以「拉普拉斯之盒」之名与联邦政府交易。但是，赛亚姆忧心着陷入僵直情况的联邦，因此与自己的孙子──卡帝亚斯一同合作，将拥有能辨识出真正新人类机能的独角兽高达当作钥匙，尝试找寻能够将世界的未来托付给他之人。与米妮瓦一同跨越这个试炼的巴纳吉，从赛亚姆手中接下「盒子」，并想要为了大家去使用它。但是，弗尔・伏朗托却也出现在密室，并主张自己才是「盒子」的正统继承者。巴纳吉与伏朗托，两人围绕着「盒子」的最终决战即将来临。

欲强夺「拉普拉斯之盒」的弗尔・伏朗托，以压倒性的战力击败了贾尔所驾驶的银子弹。为解救面临危机的贾尔，巴纳吉召唤了独角兽高达，利迪也驾驶着报丧女妖参战。两架高达一同与巨大MA新吉翁号对决，但是，伏朗托利用新吉翁号的精神感应环，将高达身上的武装全数破坏。并打算将巴纳吉引诱往宇宙时空的尽头，将虚无与绝望深植于其身。不过，不肯放弃的巴纳吉，借助了拉拉等人的意念去对抗。而呼应着这股意念的新吉翁号，开始自我破坏。另一方面，罗南为了葬送「盒子」，允许发射殖民卫星雷射。

宇宙世纪宪章上名为「未来」的一文中，记载了踏上宇宙之旅的人类，是因被期待着拥有新的可能性，才被送至宇宙的事实。联邦政府的中心人物，同时也是利迪父亲的罗南，因为害怕「拉普拉斯之盒」上记载的事实，打算破坏掉「盒子」所在的墨瓦腊泥加，因而允许发射殖民卫星雷射。巴纳吉与利迪虽用2台高达的精神感应力场成功保住墨瓦腊泥加，但其代价却是巴纳吉遭独角兽高达吞没。就在米妮瓦向世界各地的人们，揭露「盒子」的真相时，奥特及辛尼曼等人也意图从协助追击的联邦军舰队手中脱离。而另一方面，巴纳吉受到父亲、卡帝亚斯的思念所鼓励，回到了米妮瓦的身旁。