Nachdem das Team voneinander getrennt wurde und Jonah (Julian McMahon) und seine Familie auf dem Kriegspfad sind, müssen sich die Runaways jeweils möglichst schnell neu organisieren und wieder zueinander finden.

Die Runaways entwickeln eine spezielle Falle, um ihre vermissten Freunde vor Jonah (Julian McMahon) und dessen Familie zu retten.

Die Runaways beginnen, einander zu misstrauen, weil sie wissen, dass sich ein Verräter unter ihnen befindet. Catherine (Angel Parker) übernimmt die Verantwortung für ihre Vergangenheit, während Leslie (Annie Wersching) Hilfe sucht, um das Kind zu beschützen, das in ihr heranwächst.

Während bei Leslie (Annie Wersching) die Wehen einsetzen und Xavin (Clarissa Thibeaux) ihre Prophezeiung erfüllt, müssen sich die Runaways in einem alles entscheidendem Kampf den außerirdischen Angreifern stellen.

Die Runaways finden sich in einer anderen Dimension wieder, in der ihre Freundschaft untereinander stark auf die Probe gestellt wird. Nicht jeder von ihnen schafft es, dort wieder herauszukommen.

Als die Runaways nach sechs Monaten wieder nach Hause kommen, fällt ihnen auf, wie viel sie in der Zwischenzeit versäumt haben. Robert (James Yaegashi) ist aus dem Koma erwacht und hat Morgan (Elizabeth Hurley) angeheuert, um die Firma zu retten. Diese hat ein neues Handy auf den Markt gebracht, das eine seltsame Wirkung auf seinen Besitzer ausübt.

Die Runaways erfahren, wie gefährlich die neue Bedrohung ist, mit der sie und der Rest der Welt seitens ihrer neuen Nemesis Morgan (Elizabeth Hurley) rechnen müssen. Unterdessen sucht Nico (Lyrica Okano) weiter nach einem Weg, um Alex (Rhenzy Feliz) zu retten.

Während Morgans (Elizabeth Hurley) Pläne sich zuspitzen, finden die Runaways unerwartete Verbündete und müssen sich jedoch gleichzeitig mit einer unvorstellbaren Tragödie auseinandersetzen.

Zwei Jahre nach dem Sieg über Morgan senden Besucher aus der Zukunft die Runaways durch die Zeit zurück, um ihre eigene Ermordung zu verhindern und sogar eine Freundin retten zu können, die sie für immer verloren geglaubt hatten.