De kinderen worstelen met hun nieuwe leven als weglopers, maar vinden een schuilplaats. Alex gaat bij Darius werken, terwijl The Pride een plan maakt om Jona te vermoorden. Jonah initieert een plan om een nieuwe box te bouwen.

Karolina, Nico en Molly proberen de Staff of One terug te halen, maar Tina vecht terug. Karolina groeit dichter naar Jonah toe terwijl Alex en Livvie een kus delen.

Alex, die comfortabel in Compton zit en valt voor Livvie, wordt verraden. Jonah geeft Leslie een missie om zijn DNA uit de Yorkeses te halen, terwijl Catherine wraak neemt tegenover Darius. Janet decodeert "The Abstract" en Molly sluipt naar buiten om de misdaad te bestrijden.

Topher helpt de kinderen bij het betreden van Atlas Academy, maar het plan valt in duigen als Dale en Stacey een aardbeving veroorzaken en de ouders naar de plek komen. Het lichaam van Jonah breekt verder af terwijl hij Karolina het hol in leidt.

De kinderen ontdekken dat Topher gevaarlijker is dan ze zich hadden kunnen voorstellen. Hij is verslaafd aan de rotsen die hem bovenmenselijke vermogens geven. Zullen ze hem helpen of zullen ze hun nieuwe vriend de rug toekeren?

PRIDE worstelt met de morele implicaties van het nieuwste aanbod van Jonah: vrijheid. Jonah, die aan het verzwakken is, begint zijn volgende doelwit te bestuderen. Nadat hij ontdekt heeft dat Jona achter een ander offer aan is, realiseren de weglopers zich dat ze hem moeten stoppen voordat hij een ander kind doodt.

In de nasleep van de strijd tegen Jonah, zoekt Karolina naar antwoorden over Jona. De anderen helpen Alex en Livvie om de onschuld van Darius in de moord op Destiny te bewijzen. Maar de nieuwsgierigheid van Livvie kan wel eens voor problemen zorgen.

De weglopers staan tegenover de corrupte politie van PRIDE, Flores en AWOL. Ondanks alle bezwaren, chanteert Alex AWOL om te helpen. Maar AWOL weigert. PRIDE besluit om de kinderen met geweld te overmeesteren. Terug in het hostel hoort Karolina een mysterieuze stem.

Leslie begint met de ontmanteling van de sekte die ze heeft helpen creëren, maar Frank heeft andere plannen. AWOL gebruikt Livvie als aas om de weglopers te confronteren. De tieners moeten Gert & Old Lace, die ziek zijn, beschermen en het team van AWOL bestormen het hostel. Victor voelt zich niet zichzelf.

De weglopers vallen uit elkaar. Ze hebben een pauze nodig en organiseren een quinceanera-feest voor Molly. PRIDE voert hun nieuwe arsenaal op. Frank plaatst Leslie in een faciliteit om haar terug te brengen naar het geloof. Ondertussen is de mysterieuze stem die Karolina hoorde, echt geworden.

Victor neemt Chase aan om stage te lopen bij PRIDE om te bewijzen dat ze niets meer zijn dan bezorgde ouders. Chase is echter sceptisch. Karolina ontdekt dat Frank Leslie in een detentiecentrum vasthoudt en probeert haar moeder te redden met Nico, Molly en Vaughn.

Boos op zijn verraad, ontmoeten de Runways Chase. Hij biedt hen een keuze: geef je over aan PRIDE of onderga de gevolgen. Terwijl de kinderen proberen te ontsnappen, zijn ze gescheiden van elkaar en gedwongen om te overleven tegenover een vijand die veel kwaadaardiger is dan ze hadden verwacht.