榊遊矢は「エンターテインメント・デュエリスト」を目指す、中学2年生。

遊勝塾で、幼なじみの柚子たちと一緒に、毎日デュエルの練習に励んでいる。

ある日、プロデュエリストのストロング石島からエキシビジョンマッチの招待状が届く。

大歓声の中、遊矢vs石島のデュエルが始まる！得意の「アクションデュエル」で軽快に

石島の攻撃をかわす遊矢だったが、次第に追い詰められていく。

その時、遊矢のペンダントがまぶしい光を放つのだった！

石島戦で遊矢が生み出した「ペンデュラム召喚」！その凄まじさにスタジアムの観客は熱狂する。その試合の後、「遊勝塾」には入塾希望者が殺到し、遊矢は柚子とのテストマッチで再び歓声を浴びようと意気込むのだが…!?

ペンデュラム召喚をマスターするため権現坂を相手に練習を繰り返す遊矢。しかしそこに怪しい影が近づいていた。彼の名は沢渡シンゴ。最大手LDSに通う沢渡は、広いコートでペンデュラム召喚を見せてほしいと言う。柚子たちとともにLDSに向かう遊矢だったが、なんと沢渡に「時読み」「星読み」のカードを奪われてしまう…！

捕らわれた柚子たちを助けるため、沢渡とデュエルで対峙する遊矢だが、「時読み」「星読み」のカードを奪われてしまったことにショックを隠せないでいた。しかし、勢いづく沢渡は、遊矢に猛攻を仕掛け追い詰めていく。一方、父の言葉を思い出し反撃に出ようとする遊矢の手札には、沢渡が捨てたあのカードが！ここから「エンタメ・デュエル」が幕を開ける！

突然現れ、遊矢につきまとう謎の少年・素良。遊矢の「エンタメ・デュエル」にほれこみ、弟子にしてほしいと言う。素良のかわいさに柚子、そして修造までもがメロメロ！

あまりの素良のしつこさに根負けした遊矢は、デュエルで闘うことに。アクション・デュエルで力の差を見せつけようとする遊矢だったが!?

素良の本気、「融合召喚」に衝撃を受ける遊矢たち。遊矢はペンデュラム召喚で応戦するが、素良が一歩上手の戦略を繰り広げ「シザーベア」は力を増し、「オッドアイズ」を破壊するのだった…！勢いづく素良は、「オッドアイズ」の力までも自分のものにしようとする。

遊矢は「エンタメ・デュエル」を見せることができるのか…!?

遊矢に負けた悔しさが忘れられず、新たなカードを手に反撃を企てる沢渡。その悪だくみを止めるため、柚子が立ち上がる！しかし、対峙する2人の前に現れる黒い影！

この謎の男は制止する柚子を振り切り、無言のまま沢渡とのデュエルを始める。

新たな戦略で調子に乗る沢渡を尻目に、謎の男は驚くべき力を発揮する…！

遊矢に似た謎の男の「エクシーズ召喚」により、デュエルで大ダメージを受けた沢渡の事件は世間を騒がせ、大企業レオ・コーポレーション社長、赤馬零児の耳にも入っていた。

ちょうど帰国し、報告を受けた零児の母・日美香は、「LDS」のエリートたちを従え、事件の犯人と疑われる遊矢が通う遊勝塾に乗り込んでくるのだった…！

沢渡襲撃事件の犯人という汚名を払うため、遊勝塾vsLDSのデュエルが幕を開ける！

遊勝塾を守るため意気込む遊矢の対戦相手は、LDS「エクシーズコース」の代表・北斗。

北斗は開始早々にエクシーズ召喚で遊矢を攻める！遊矢もエンタメ・デュエルの心を抑えペンデュラム召喚で応戦しようとするが、一枚上手を行く北斗の戦略に及ばずにいた。

遊勝塾の1勝で迎えた第2戦、柚子はLDS「融合コース」の真澄と対峙する。遊矢が沢渡襲撃事件の犯人ではないかと動揺する柚子は、デュエルの戦略にも迷いが生じるのだった。そして塾対抗のこの闘いは、ついに最終の3戦目に突入。「不動のデュエル」を信念にもつ権現坂の闘いが始まるのだった。

3戦目の権現坂の相手は、LDS「シンクロコース」の刃。足場を一歩も崩さない「不動のデュエル」を展開する権現坂とは対照的にフィールド内を駆け巡る刃もまた、「シンクロ召喚」の力で権現坂を追い詰めて行く。アクション・カードによるチャンスにさえ目もくれない権現坂のデュエルに息を飲む一同。しかし、その驚きの戦略が明らかになる…！

遊勝塾vsLDSのデュエルに決着をつけようとする日美香の背後で、ついに零児が立ち上がる！遊矢はこれまで以上の気迫で零児とのデュエルに挑むが、柚子の言葉により、いつもの「明るく楽しい」デュエルをすべくフィールドに立つ。しかし、ペンデュラム召喚で勢いに乗ろうとする遊矢の目前で、想像を超える零児のデュエルが炸裂するのだった！

自分だけの力だと思っていた「ペンデュラム召喚」を、零児に見せつけられた遊矢は、そのショックを隠せないまま、零児の猛攻に押されていく。しかも零児は、このペンデュラムの先にある新たな戦略を見出すのだった…！

しかしその時、LDSでは何者かによる新たな襲撃事件が起きていた。

零児のペンデュラム召喚に衝撃を受けた遊矢は、「ペンデュラムは自分のものだけではない」という現実を受け入れられないでいた。そんな遊矢を見た修造は、あるメッセージを伝えるため、遊矢とのデュエルを決意する！ここに、遊勝塾塾長・柊修造の熱血デュエル劇場が幕を開ける…！修造の想いは遊矢に届くのか!?

気持ちを新たに、プロデュエリストを目指す遊矢。しかし、目前に迫っていたプロへの登竜門「ジュニアユース選手権」の出場資格に満たないことが発覚！焦ってデュエルの対戦者を探す遊矢、そんな時、あの「ストロング石島」のマネージメントをしていたニコが姿を現す。

ジュニアユース選手権出場を目指し意気込む遊矢。しかし、ニコに連れられてやってきたのは料理塾!?そこには、主婦から絶大な人気を誇る料理デュエリスト「茂古田未知夫」が待っていた！デュエルが始まりとまどう遊矢に、未知夫は最上級の「おもてなし」を繰り広げるのだった！

未知夫は完ぺきともいえるレシピ通りのデュエルで遊矢に猛攻を仕掛けていた。

一方、腹ペコの遊矢にはアクションカードを狙って走る体力すら残っていない…。

止まらない未知夫の「おもてなし」に耐えるばかりの遊矢に、そんな状況を打開する「元気の源」が！さあ、エンタメ・デュエルによる未知夫への逆転「おもてなし」が開幕だ！

遊矢が選手権出場を目指しているその頃、LDSでは零児による「ペンデュラム召喚」の研究が進んでいた。しかし、何者かによる三度目のLDS関係者襲撃事件が起きる。

強い危機を感じた沢渡の父親は、零児の制止を無視し、遊矢を追い詰める。逃げ惑う遊矢の前に、新たな「黒い影」が姿を現すのだった…！

選手権出場を目指す遊矢の二戦目の相手は、進学塾に通い「キング・オブ・クイズ」の称号をもつ「九庵堂栄太」。知識が求められるクイズ・フィールドでは、難問・奇問が次々と出題される！そんなクイズに全く答えられない遊矢をあざ笑う九庵堂。遊矢も思うようにデュエルを進めることができず、次第に焦り始める…。

遊矢と九庵堂の「クイズ・デュエル」はエクストラ・ステージへ！2人はそれぞれトロッコに乗り、クイズが仕掛けられたフィールドを駆け巡る！しかもクイズに不正解なら罰ゲームがあるという…。相変わらず不正解続きで疲弊気味の遊矢だが、そのリアクションに観客の心が奪われていく…。その変化に気付いた遊矢は逆転の一手を模索し始める！

選手権出場を賭けた4連戦で、2勝を手に入れた遊矢だったが、零児の言う「ペンデュラム召喚の進化の可能性」が見えないことに頭を悩ませていた。

一方、「LDS襲撃事件」の犯人捜しに躍起になっている真澄は、LDSの威信を賭け、特訓中の柚子と素良にデュエルを仕掛ける。しかしその時、あの男が姿を現す…！

選手権出場を賭けた3戦目、遊矢を待つのは占いデュエリスト・方中ミエル！

開始早々、リバースモンスターを駆使するミエルのペースに翻弄されてしまう遊矢は、「先が見えない」という悩みまで言い当てられてしまう。そんな遊矢を尻目に、ミエルは得意の儀式召喚で遊矢に追い打ちをかけ、更なる不吉な予言をするのだった…！

不吉な予言にとまどいながらも必死の攻防を続ける遊矢だが、先を読むミエルの占いデュエルに戦略を封じ込められ、身動きが取れなくなってしまう。

遊矢はアクションカードでミエルの予言を振り払い、波に乗ろうとするが、なんとドローカードで躓いてしまう…。絶望する遊矢の脳裏に、謎のシルエットがよぎる…！

LDSでは零児を筆頭に、「襲撃犯」の追跡が続いていた。

恩師の仇を討つため必死になる真澄の前に「謎の男」が姿を現し、真澄、北斗、刃を巻き込んだ3対1のデュエルが始まろうとしていた…！一方、危険を察知し止めに入ろうとする柚子の前には「黒マスクの男」が現れ、この事件の真相を話し始める…。

デュエルを終えた謎の男の前に零児が姿を現し、一触即発の緊迫感に包まれていた。

一方、選手権出場を目指し3勝を手にした遊矢は、ラストを飾る一戦を前に気合を入れていた。この最終決戦にふさわしいと選ばれたデュエリストは、なんと権現坂…！権現坂もまた、選手権出場を賭けた大事な一戦。これまでの修行で得た新たな力を発揮する！

選手権出場を賭け、親友・権現坂と対峙する遊矢。プロへの道と親友への想い…その間で揺れる遊矢の前で炸裂する権現坂の「新たな不動のデュエル」！遊矢もまた、ペンデュラムの先に見え始めたかすかな光を頼りに、全力で権現坂にぶつかっていく！その時、闘いを見守る柚子や素良たちの想像をはるかに超えた遊矢のデュエルが幕を開ける！

ついに舞網チャンピオンシップが開幕する。出場デュエリストたちが着々と準備を進める中で遊矢は、父・遊勝の言葉を思い出していた。いよいよ開会式が始まり、ＬＤＳの北斗、真澄、刃をはじめ、各塾の代表ともいえる強敵が続々と会場に姿を見せるが、その中にはなんと遊矢の周囲で騒動を巻き起こしている謎の男の姿もあったのだった…。

遊勝塾の一番手・フトシが順調に勝利し、次はアユの試合の応援に向かう遊矢たち。

アユの相手は「LDSの秘蔵っ子」といわれる零羅。皆の応援を受けはりきるアユとは対照的に、零羅は何かにおびえているようだった。LDS理事長・赤馬日美香が見守る中、零羅はアユのモンスターをコピーするというなんとも不気味な戦略を繰り出す。

遊矢たち遊勝塾メンバーが見守る中、柚子vs真澄のデュエルが始まる！

かつての遊勝塾vsLDS戦で真澄に敗北した柚子は、その悔しさから素良に「融合召喚」を学び、力をつけてきた。これまでの成果を発揮する柚子を尻目に、真澄は「真のエースモンスター」を召喚し、力の差を見せつける…！

柚子に続けと、権現坂の選手権一回戦が幕をあける！相手はかつての兄弟子・暗国寺ゲン。親友の遊矢と自分を侮辱した相手に負ける訳にはいかないと、息をまく権現坂。しかしその会場に遊矢の姿はなかった。暗国寺は卑劣な手段で、遊矢と権現坂を罠にはめようとしていた！遊矢の危機に、権現坂の心が揺れる…！

舞網チャンピオンシップ、いよいよ遊矢の初戦！相手はネオ改め、「ネオ・ニュー沢渡シンゴ」！進化した遊矢のペンデュラムデッキに対抗し、沢渡もまた新たに「妖仙獣」デッキを手に、憎きライバル・遊矢に戦いを挑むのだった！遊矢のペンデュラム召喚を目の当たりにし、大いに沸く観客たち。ここから沢渡の「伝説のリベンジデュエル」が幕をあける！

「ペンデュラム召喚がお前を敗北に導く！」沢渡の言葉通り、ペンデュラム召喚を封じられ、追いつめられる遊矢。遊矢のエンタメデッキと沢渡の妖仙獣デッキが繰り広げるデュエルは、まさしくエンタメデュエル！このペンデュラム対決に、観客は最高の盛り上がりを見せていた。その声を背に、2人のデュエリストも最大限の力でぶつかり合う！

熱戦がつづく舞網チャンピオンシップ一回戦。ついに素良の出番である。その対戦相手は、謎に包まれたエクシーズ使いの黒咲隼。選ばれたフィールド「未来都市ハートランド」の名に、黒咲はわずかながら動揺を見せる。いっぽう素良はいつものマイペースで黒咲を挑発しつつ、融合召喚を成功。一進一退のデュエルが続く中、黒咲は過去に自分が見た「戦場」について語りはじめる…。

黒咲の「レイド・ラプターズ」によって、モンスターを全滅にまで追い込まれた素良。新たな融合モンスターを召喚し猛攻を仕掛けるが、黒咲の戦略はその上を行っていた…！次々とモンスターを破壊される素良の表情に次第に焦りの色が…。遊矢たちが見たこともない、素良の「本気」が顔を出す…！！

黒咲に敗れ、医務室で治療を受ける素良。しかし医務室を抜け出し、素良とユート、それぞれの想いがデュエルでぶつかり合う！姿を消した素良を捜していた遊矢は、2人のデュエルを止めようとするが、無情にもその手は振り払われてしまう。融合とエクシーズ、2つの世界を取り巻く実態が、デュエルによって今、明らかに…!!

素良とユートを制することができない遊矢は、自らそのデュエルに飛び込む！フィールド上で対峙する遊矢の「オッド・アイズ」とユートの「ダークリベリオン」は共鳴し始めるのだった。一方、自分の想いをユートにぶつける素良に異変が…！動揺する遊矢の前に現れた新たなデュエリスト、その素顔に遊矢はさらなる衝撃を受けるのだった！

素良が消えたフィールドに残された、遊矢、ユート、そしてバイクに乗って現れた謎のデュエリスト・ユーゴ！ユートは、「融合の手先」ユーゴとデュエルを始めるが、ユーゴはシンクロ召喚を自在に操り、ユートを追いつめて行く。激戦の最中、2人の危険な闘いを止めようと説得する遊矢だが、このデュエルの結末には更なる衝撃が待っていた！

ユートとユーゴの戦いの後、意識を失い2日間の眠りから目を覚ました遊矢は、ユート、ユーゴと出会った夜のことを柚子に語り出す。「次元」にまつわる衝撃的な話の真偽を確かめるべく、ユートの「ダーク・リベリオン」を手に、遊矢と柚子はユートの仲間である黒咲のもとへ走る。

舞網チャンピオンシップ、遊矢の2回戦の相手は、武闘派・梁山泊塾の「勝鬨勇雄」。

勝つことが全て、という勝鬨に対し、エンタメ・デュエルで勝鬨を笑顔にさせようと奮闘する遊矢。しかし勝鬨の強引で手荒なデュエルに次第に追い詰められていく遊矢に異変が…！！

柚子や権現坂の2回戦が進むなか、LDS所属の志島北斗が何者かに襲われ不戦敗になってしまう。北斗を襲った犯人を追う零児は、柚子によく似た一人の少女のもとにたどり着く。その時、少女の従者が零児にデュエルを仕掛ける！何かを確かめるようにデュエルをする零児…いったい少女は何者なのか…？！

柚子に似たその少女の名は「セレナ」。なんと零児とセレナは過去に「融合次元」で出会っていた！！父、赤馬零王を追い次元を飛んだ零児と、零王からの解放を望み次元を飛んだセレナ。二人の再会により、ついに赤馬零王の野望と、舞網チャンピオンシップの本当の目的が明らかに…！！

2回戦を勝ち抜いた遊矢たちは、「バトルロイヤル」で戦うことに！！

4つのアクションフィールドと、そこにばら撒かれたペンデュラムカードを巡り、「氷山」エリアでは柚子と権現坂がLDSの留学生と激突！一方、「火山」エリアの遊矢は、塾の汚名挽回を狙う梁山泊塾の竹田と梅杉による1対2のデュエルに苦戦していた。

遊矢のピンチに突如現れたのは、LDSの留学生「デニス・マックフィールド」！！華麗なデュエルで梁山泊塾の竹田・梅杉の攻撃をかわし遊矢を助けるデニス。一方、勝鬨とのデュエルを思い出し、相手への攻撃を躊躇う遊矢…。今度こそ「自分のデュエル」で勝利することができるか!?

柚子VSデニスのエンタメ・デュエルが繰り広げられる一方、遊矢は「古代遺跡」エリアでついに黒咲を見つける！互いに疑問をぶつけあう遊矢と黒咲だが、ナイト・オブ・デュエルズの襲撃を受けバラバラに吹き飛ばされてしまう。更に、2人の前には消えたはずのあのデュエリストが姿を現す・・・！？

黒咲と素良が激闘を繰り広げる中、ナイト・オブ・デュエルズがカードに封じられるのを目の当たりにした遊矢は怒りの感情を抑えきれず、オベリスク・フォースにデュエルを挑む！しかし、オベリスク・フォースの卑怯な戦いに追い詰められ、次第に我を失いそうになる遊矢に「魔術師」が新たな導きを示す…！！

遊矢の新たなドラゴンは、オベリスク・フォースに容赦なく攻撃する！敵を倒してもなお、何かに取り憑かれたように暴れる遊矢を必至で止める権現坂たち。一方、自分によく似たセレナと出会った柚子は、エクシーズ次元が融合次元から受けた惨劇を語り始める。

セレナに真実を伝えるため、黒咲との接触を試みる柚子の前に、赤馬零王からの命を受けたユーリの魔の手が襲いかかる！ユーリの圧倒的な力から逃れようと必死で逃げ回る柚子は、遊矢にそっくりな顔のユーゴと出会うのだった。その頃、素良と対峙する黒咲のデュエルが続いていた…！

傷ついた黒咲を抱え逃走するセレナ。しかし素良たち融合次元のデュエリストたちの追跡にすぐに追い詰められてしまう。バトルロイヤルは激しさを増し、セレナ・黒咲を交えた3対3のデュエルが始まる！一方、権現坂とともに柚子を捜す遊矢は、素良と再会する。しかし、敵をカードに封じ込める素良の姿を見て、遊矢は怒りに震えるのだった…！

傷を負ったままオベリスク・フォースとのデュエルを続ける黒咲。そこに沢渡と権現坂が乱入し、黒咲の手助けをする！その頃遊矢は、変わり果てた素良に笑顔を取り戻すためデュエルを始めるが、素良はそんな遊矢をあざ笑うだけだった。遊矢がデュエルでぶつける熱い想いは、素良の心を少しずつ動かしていくように見えたが…!?

異次元勢力に対抗するために選ばれた「ランサーズ」。零児はこのバトルロイヤルの本当の目的を静かに話し始める。しかし、このバトルロイヤルによって、カードに封じ込まれてしまった未知男、そして行方不明になった柚子を想い涙が止まらない遊矢は、この抑えきれない怒りをデュエルで零児にぶつけるのだった！

「ランサーズ」として選ばれたデュエリストたちが見守る中、遊矢と零児のデュエルは続く。

柚子への想いを全力でぶつける遊矢を尻目に、ペンデュラム召喚を展開し、遊矢を挑発する零児。その激しいバトルで次第に傷ついていく遊矢だが、このデュエルは柚子、そしてユートの3人の闘いだと一歩も引かずに零児に立ち向かうのだった…！

柚子を救うため、ランサーズとして、デュエリストとして新たに闘いへの決意をする遊矢。

その頃、舞網市では日美香によりMCSの中止とともに、異次元勢力の存在が告げられたが、街はランサーズへの期待で大いに盛り上がりを見せていた。闘いの決意をした遊矢だったが、その心を見透かした母・洋子は、遊矢にデュエルを挑む！

母・洋子とのデュエルを通して、父・遊勝が残したデュエルに対する熱い想いを知った遊矢は、改めてこれから始まる異次元との闘いへの決意をし、母に約束する。柚子だけではなく、素良も必ず救うと…！そしてついに旅立ちの時がきた。しかし、零児から目的地を告げられた遊矢たちランサーズのメンバーは衝撃を受ける！

バトルロイヤル中にユーリに追い詰められた柚子は、遊矢にそっくりなユーゴの故郷に立っていた。互いに起こったこれまでの奇妙な出来事を話していた2人は、セキュリティーの追跡にあいライディング・デュエルに巻き込まれる！初めてのライディング・デュエルに驚くばかりの柚子を乗せ、ユーゴは得意のDホイールで街を軽快に疾走するのだった！

本場のライディング・デュエルとシンクロ召喚を目の当たりにした柚子は、ただただ驚くばかり。一方ユーゴは勝手知ったる街をＤホイールで疾走するも、セキュリティーのデュエルに追い詰められてしまう。その頃、零児たちと旅立った遊矢たちランサーズは、次元を超え、新たな闘いの地に降り立っていた…！

次元を超えた遊矢たちが降り立ったのはシンクロ次元。しかも、遊矢のまわりにいるのは沢渡とセレナ、そして零羅のみ。離れ離れになった仲間を捜そうとする遊矢たちは、さっそくセキュリティーに見つかってしまう。勝手にデュエルを始める沢渡にセレナ。遊矢はなんとかこの場を切り抜けようとするが、セキュリティーのデュエルは想像以上に手強く…!?

絶体絶命の遊矢たちを救った男の名は「クロウ・ホーガン」。遊矢たちはクロウのアジトに身を寄せるが、そこの子供たちから柚子とユーゴの目撃情報を得るのだった！

一方、2人でシティをさまようデニスと権現坂は、ランサーズの情報を得るためデュエルを始める。そんな2人のデュエルを観戦する怪しい男がいた…。

デニスと権現坂の前に現れた謎の男・ギャラガー。不信感がぬぐえない権現坂に対し、デニスは意気揚々とギャラガーが案内する地下デュエル場へと向かう。なんとそのデュエル場では、あの黒咲がデュエルを繰り広げ、大歓声を浴びていた！権現坂の反対を押し切り、デニスは黒咲とのライディング・デュエルに挑む!!

黒咲とのデュエルで、ペンデュラム召喚を展開するデニス。その召喚反応に、治安維持局長官・ロジェが目を光らせていた。一方、零児と離れてからふさぎ込みがちな零羅をなんとか笑顔にしたい遊矢だが、ささいな意見の食い違いでクロウと対立してしまう…！子供たちが見守る中、遊矢とクロウはデュエルを始めるが!?

セキュリティに捕まってしまった遊矢たち。その行先は、一度入ると二度と出られないと噂の、誰もが恐れる収容所だった…！姿を消した零羅を心配する遊矢だが、そこでランサーズの仲間との再会を果たすのだった！しかし喜びもつかの間、彼らを待ち受けるのは看守、囚人たち全てを牛耳るデュエリストだった!!

収容所の皆が見守る中、白熱する遊矢vs徳松長次郎のデュエル！

ドローするとLPを削られる「徳松必勝コンボ」で遊矢を追い詰める徳松は、すでに勝利を確信していた！しかし奇跡を信じ、諦めずにチャンスを待つ遊矢とのデュエルを通し、長次郎の心境に変化が!?

「エンジョイ長次郎」の復活に、興奮冷めやらぬ収容所内。遊矢vs徳松のデュエル以来、囚人たちはどこか生き生きとしていた。そんな中、遊矢はシンジから収容所内で行われる「大エンタメデュエル大会」への出場を持ちかけられる。実はクロウとシンジは、脱獄を計画していたのだった…!!

収容所の外に向かう遊矢たちを追う捕縛隊はゴヨウモンスターを召喚し、一気に追い詰める！絶体絶命のその時、権現坂と黒咲が姿を現すのだった!!遊矢たちは見事な連係プレーで応戦し、やっとの思いで脱出に成功したかと思いきや、目の前に治安維持局長官・ロジェが立ちふさがるのだった…!!

評議会の味方である事を証明するため、遊矢たちランサーズは零児の発案でフレンドシップカップに出場する。しかも、その前夜祭のエキシビジョンマッチでのデュエルを命じられた遊矢、その相手はキング「ジャック・アトラス」だった…！観客の熱気で包まれる会場、遊矢はジャックの存在感に驚きながらも自分のエンタメデュエルを貫こうとするが!?

遊矢vsジャックのデュエルは、シティの人々の心を大いに沸かせた。一方、遊矢はジャックに言われた「お前のデュエルは独りよがりに過ぎない」という言葉の意味を考え続けていた。そんな遊矢のもとに、一人の少年がカードを手に現れる…。そして大会が行われるデュエルパレスでは、フレンドシップカップ出場者の紹介が始まるのだった…！

少年・サムから渡されたカードを手にする遊矢。一方、デュエルパレスでは、いよいよ大会が開幕！初戦はクロウのBF（ブラックフェザー）vs権現坂の超重武者!!初のライディング・デュエルに戸惑う権現坂を尻目に、クロウのブラック・バードは好調に疾走する。その頃、どうしてもクロウを応援したいフランクたちは、会場に潜り込み…!?

互いの心が通じ合い、観客を熱狂させたクロウvs権現坂のデュエル。その時、遊矢の部屋をあの徳松が訪れ、フレンドシップカップで敗北したデュエリストの行方を語り始める…。

一方、デュエルパレスでは、次の対戦カードのアナウンスが始まる。名前を呼ばれたデュエリストはシンジと月影…！そこには零児のある思惑が…。

シンジvs月影のデュエル。シンジはこのシンクロ次元の格差社会を変えるため、コモンズたちに一斉蜂起を促す！シンジが操るモンスターも彼の想いを示すかのように、月影に襲い掛かる!!じわりじわりと追い詰められて行く月影、その闘いの行方を、零児は静かに見守っていた…。

10年ぶりにフィールドに帰ってきた徳松に沸き上がる観客、その相手は柚子だった…！初のライディング・デュエルに挑む柚子の姿を、遊矢はTVの前で見守っていた。スタジアム内の歓声を背に勢いづく徳松…！柚子は遊矢に、自分の精一杯を見せるため必死に徳松の猛攻に全身全霊で立ち向かうのだった。

柚子と徳松の熱いエンタメデュエルに刺激を受けた遊矢は、気持ちを新たに再び立ち上がる決意をする！その頃、評議会議事堂にいる零児と零羅の前には、ジャック・アトラスが姿を現わすのだった…！ジャックは自分の過去を静かに語り始める。

フレンドシップカップ2日目！次なる対戦は、遊矢vsDC（デュエルチェイサー）227!!

ジャックに敗れた悔しさを胸に、自分のエンタメデュエルで観客、そしてDC227までも笑顔にしたいとこのデュエルに挑む遊矢。しかしDC227の容赦ない猛攻、力が全てのデュエルに沸く観客、遊矢の胸はざわめく。その時、フィールドのオッド・アイズが…!?

自分の信じるデュエルが、このシティの市民には通じない現実を知り、落ち込む遊矢。そんな想いをよそに、会場では沢渡vsユーゴのデュエルが始まろうとしていた!!沢渡自慢の「魔界劇団」に対し、デュエル開始早々に「クリア・ウィング」を召喚するユーゴ！2人の激戦を見つめる遊矢のデッキが、その時かすかな光を帯びる…!!

デュエルに敗れ、地下強制労働施設に送られた権現坂や徳松、沢渡の前に、ギャラガーが現れる。彼は、権現坂たちにこの地下施設でのルール、地上への戻り方を語り始めるのだった。一方、遊矢は地下施設から脱出した月影から、零児と零羅の想いを聞くのだった。

フレンドシップカップ1回戦を締めくくる闘いは、ランサーズ同士の対決、黒咲vsデニス！

デニスの正体を疑う黒咲に対し、デニスはいつも通りのエンタメデュエルを繰り広げる。しかし、黒咲の猛攻により追い詰められたデニスは、衝撃のモンスターを召喚するのだった…！！

黒咲とのデュエルでついに自分の正体を明かしたデニス！！

その姿に衝撃を受けるランサーズのメンバー。黒咲は怒りと憎しみが頂点に達する。デニスと黒咲のまさに戦場のようなデュエルに、遊矢の中のユートが激しく反応するのだった…。

脅威的存在アカデミアの一員であるデニスの身柄を確保しようと、対立する行政評議会とセキュリティ。セキュリティの動きを封じるためロジェの指揮権を停止させた行政評議会だったが、ロジェは新たに「キングス・ギャンビット」を発令するのであった！

一方、黒咲とのデュエルで傷ついたデニスの前にあの少年が姿を現す…!!

フレンドシップカップも2回戦に突入！第一試合は柚子ｖｓセルゲイ！

次元戦争の恐ろしさを訴えるため、全力でデュエルに挑む柚子だが、セルゲイはまるで柚子の攻撃を誘うかのように、自らへのダメージを増加していく。そんなセルゲイの身を案じ、デュエルの中止を訴える柚子だったが…。

柚子の安否が気になり居ても立ってもいられない遊矢に、無情にもシンジとの対戦が発表される。トップス支配の世の中に革命を起こそうとするシンジの考えに反発する遊矢だが、トップスへの恨みを力に変えるシンジの猛攻に追い詰められてしまう。その時、遊矢の姿を追う1人の影が…!?

素良の必死の訴えにより柚子が無事であることを確信した遊矢は、逆転の一手を引き当てるため、想いを込めたドローをする。

そんな遊矢が引いたのは「使えないカード」として、サムから預かった『調律の魔術師』だった！誰もがミスドローだと思うなか、遊矢だけは『調律の魔術師』を信じ続け…!!

デュエルに勝利した遊矢に親しげに近づくロジェ。その様子を見たシンジをはじめとするコモンズたちは遊矢とロジェの繋がりを疑う。そんな中、シンジとのデュエル中に見かけた素良の姿を追って、遊矢はデュエルパレスを飛び出すのだった。そしてついに再会を果たした2人は…!?

クロウは敵か味方か…それをデュエルで証明しようとする黒咲と、コモンズの仲間の無念を晴らすために息巻くクロウが激しくぶつかり合う!!　互いのモンスターが白熱する空中戦を繰り広げていたその頃、ロジェは「デュエルでみんなを笑顔にしたい」という遊矢の想いに賛同し、互いの理想を実現するため共闘を申し出るが…!?

激しさを増していく黒咲vsクロウのデュエル！「ファントムシンクロ」でエースモンスターを復活させ勢いに乗るクロウに、黒咲は突然デュエルの中止を訴える…！

そんな声には耳を貸さずデュエルを続けるクロウ、しかし黒咲の視線の先にはとんでもない光景が!?

フランク、アマンダ、タナーと行動をともにしていた柚子は、ついにセキュリティに包囲されてしまう！それを突破するにもDディスクがなく、抵抗する術がない…。そんな危機的状況の柚子の前に素良が現れる!! 強い絆で結ばれた2人が、セキュリティに立ち向かう!!

ロジェの陰謀が渦巻く中、ユーゴとセレナのデュエルが始まろうとしていた。

幼馴染のリンと似た顔をしたセレナに戸惑うユーゴだったが、セレナの一撃に衝撃を受け、全力でデュエルに挑む!!しかし、ユーゴがセレナに攻撃を仕掛けたその時、ハイウェイコースに異変が…。違和感を感じながらも続くバトル、2人のデュエルの行方は!?

ロジェの思惑でセレナに有利なコース変更がされる中、ユーゴとセレナの激しい攻防により、会場の盛り上がりは最高潮に達する！一方、独房内の遊矢の意識はユーゴとシンクロし、目の前にはライディング・デュエル中のユーゴと同じ景色が広がっていた。遊矢とユーゴ、2人の意識がこのデュエルを新たな方向へと導く…！

ユーゴとのデュエルに敗れ、地下施設へ送られるセレナ。しかし途中、セキュリティたちに襲撃され、身動きが取れなくなってしまう…！その窮地を救うかのように、デュエルディスクを構えた零羅が現れる!!不安を抱えながらも果敢に3人のセキュリティに立ち向かう零羅。しかし強い決意を胸に、これまでとは違うデュエルを見せるのだった！

急遽、実施されることになったフレンドシップカップ準決勝。その第一試合は、なんと遊矢vsクロウ！遊矢たちランサーズへの誤解を詫びるクロウ、一方遊矢は仲間救出のためクロウに協力を求める。互いの目的のため協力することを誓いデュエルを開始する2人だったが、遊矢の身に異変が起こり…!?

遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人の意識がシンクロし凶悪化する遊矢は覇王黒龍を召喚し、クロウを追い詰めていく。異変を感じた素良は、遊矢の身の危険を案じ、クロウに協力を求める！素良の強い想いを感じたクロウは、遊矢を救うため自身の危険を顧みず全身全霊でデュエルに挑む!!しかしその頃、アカデミア軍がシティに迫っていた…！

突然現れたオベリスク・フォースに驚く素良。ロジェはセルゲイを使い迎撃に備える。一方、デュエルを終え意識を取り戻したユーゴとユーリは再び対峙する。地上に降り立ったオベリスク・フォースに遭遇した零羅と月影は、二手に分かれて立ち向かうが、その勢いに追い詰められていく。その時、月影の前にアカデミア出身の素良が現れ!?

オベリスク・フォースの襲来により、地下施設では黒咲、権現坂、柚子が混乱の中にいた。

一方、必死に攻防を続ける遊矢だが、バレットの「紋章」効果に苦戦を強いられ次第に追い詰められていく。その頃、零羅とセレナのもとにたどり着いた素良は、自分の素直な気持ちを吐き出すが、その後方にはユーリが近づいていた…！

遊矢とバレットの激戦が続く中、そのすぐ近くではユーゴがユーリと対峙していた…！

遊矢、ユート、ユーゴ、ユーリ、4人のドラゴンがそれぞれのフィールドに現れたその時、再び遊矢に異変が起きる!!一方、アカデミア対抗策として柚子の確保に躍起になるロジェに命じられ、セルゲイは柚子のもとへと向かうのだった…！

セレナに続き柚子までも奪われた遊矢は、仲間たちとともに救出に向かう…！そんな中、シティはコモンズの暴動により大混乱に陥っていた。その強行策として、ロジェは準決勝第二試合を決行する！その対戦カードは、キングとしてシティ市民の圧倒的支持を受けるジャックとセルゲイだった…!!

ジャックとセルゲイの激しいデュエルによって、大混乱に陥っていたはずのシティは静まり返っていた。セルゲイはじわじわとジャックを追い詰め、究極の選択をジャックに突きつける！ジャックの魂が込められたその答えとは!?一方、遊矢たちは柚子が捕らわれている治安維持局へと向かう！

デュエルの決着とともに、暴徒と化すコモンズたち。切り札を失ったロジェは、シティを再び大混乱へと導く！一方、柚子の決死の願いを聞き動揺する遊矢のもとに、サムがあるメッセージを届ける。それは、ジャックから託されたものだった･･！

ジャックが待つデュエルパレスにたどり着いた遊矢は、自分の決意をジャックにぶつける！遊矢vsジャックの決勝戦という激戦が繰り広げられるデュエルパレスに、ロジェはセキュリティを差し向け、コモンズたちはそれを追うのだった…！シティ全住民が注目する中、遊矢とジャック、互いの信じるデュエルが幕を開けるのだった!!

シティの混乱が増す中、ランサーズを率いた零児がついに動き出す！その頃、デュエルチェイサーを難なく跳ね除けたジャックは一気に遊矢を追い詰め、一方の遊矢は自分のデュエルでその想いをジャックにぶつける!!この二人の魂がさらなる高みへとデュエルを導き、新たなモンスターを呼び覚ますのだった…！

5体同時召喚を決め白熱する遊矢のデュエルに、シティ全住民は目を奪われていく…！それに対し、ジャックは「レッド・デーモンズ」をパワーアップし、全身全霊で遊矢を受け止めようとするのだった!!息つく暇もないフレンドシップカップ決勝戦、遊矢vsジャックのデュエルは、ついに決着の瞬間を迎えようとしていた…！しかしその頃、評議会議員とロジェ、それぞれの思惑で新たな動きを見せる…！

零児とロジェ、互いのプライドを懸けたデュエルが始まる!!DDモンスターを華麗に操る零児、その圧倒的な強さに追い詰められていくロジェ。しかし、その姿に異変が起きる…!!一方、治安維持局にたどり着いた遊矢とジャックは、ランサーズのメンバーと共に零児のもとへ急ぐ。そこではロジェの高らかな笑い声が響き渡っていた…！

遊矢が新たにたどり着いた街…、そこはユートと黒咲の故郷・エクシーズ次元の街「ハートランド」だった！柚子と再び離ればなれになり、権現坂や沢渡とこの荒れ果てた街をさまよい歩く遊矢、その目の前にアカデミア軍が姿を現す！同じ頃、憎しみに満ちたデュエリストが、ドラゴンと共に闘い続けていた。

ドラゴンを従え、一人敵に立ち向かうデュエリスト…その名は「カイト」！荒廃したハートランドで、デュエルは争いの道具ではないことを訴える遊矢。それをさげすむように、カイトはデュエルを挑んでくるのだった!!挑発に乗る沢渡、それを止めようとする権現坂、3人のデュエルが始まる！しかし、カイトのドラゴンは圧倒的な力を見せつけ…!?

怒りに支配されるカイトに立ち向かう遊矢!!しかし、心を固く閉ざしたカイトに遊矢の想いは届かず、圧倒的な力で遊矢を追い詰めていく。その時、遊矢の中のユートが「ダーク・リベリオン」の召喚を指示するのだった…！ユートの目的とは!?そして遊矢はカイトと、デュエルで心を通じ合わせることができるのか!?

アレンとサヤカから、カイトの家族がアカデミアによってカード化された事を聞かされる遊矢。

カイトの心の奥底にある悲しみを自分が理解できなかった事を悔やむ遊矢だが、アレンたちから3年前に姿を消した父・遊勝の手掛かりを得るのだった…！その頃、ひとり融合次元へ飛ばされた柚子はアカデミアに追われていた。その危機を救うべく現れた美少女の正体は…!?

危機を救われた明日香に連れられ、柚子はある場所へと向かう。そこは融合次元にある小さなデュエルスクール「遊勝塾」だった…！

その頃、父・遊勝の行方を追う遊矢は、謎の少年にデュエルを挑まれる！少年は遊勝に深い憎しみをもち、その息子である遊矢に容赦ない攻撃をしかけてくるのだった…!!

ひとりアカデミア兵に立ち向かうカイトを止めるため、駆けつける黒咲。しかしカイトはその手を振りほどき、黒咲に牙をむく…!!

遊矢とのデュエルでもかなわなかった、怒りにまみれたカイトの心の解放…。自分の想いをぶつけるかのように立ち向かってくるかつての同志・黒咲にカイトは…!?

融合次元の「遊勝塾」で柚子と再会を果たした遊勝は、「あの」3年前に起こった出来事を静かに語り始める。そして「デュエルで笑顔を」という遊勝の教えを守る明日香の姿に共感する柚子。そんな時、塾生がアカデミア兵を相手に傷ついた姿で現れる！その相手はユーリだった…！遊勝塾の塾生たちは、不気味な笑みを浮かべるユーリに立ち向かう!!

黒咲とのデュエルの後、姿を消したカイトをひとり捜すサヤカ。一方、融合次元の赤馬零王が送り込んだ女決闘者グロリアとグレースのタイラー姉妹はエクシーズ次元に到着していた。さまようサヤカの姿を目にした姉妹はさっそくデュエルを仕掛ける。駆けつけたアレンも加わり、2対2のタッグ・デュエルが始まるが、タイラー姉妹の圧倒的な強さにアレンとサヤカは追い詰められていく…!!

突然街に響き渡る沢渡の悲鳴…!!駆け付けた遊矢と黒咲の目の前には、倒れた沢渡と権現坂の姿、そしてその先にはタイラー姉妹が立ちはだかるのだった!!容赦なく仲間たちを傷つけるアカデミアの戦略に怒る遊矢は、黒咲とともに2人に挑む!!薄笑いを浮かべながら遊矢と黒咲を追い詰めていくタイラー姉妹に、遊矢はエンタメデュエルで立ち向かう!!

黒咲の仲間、アレンやサヤカと絆を深める遊矢たち。そんな彼らの前に、突然オベリスク・フォースが現われる！「エンタメ」という自分のデュエルを貫こうとする遊矢、そんな遊矢の熱い想いを感じ、ともにオベリスク・フォースに立ち向かう黒咲。自分自身、そして仲間を信じる2人によるタッグデュエルが幕をあけるのだった!!

傷ついた黒咲の救護を急ぐ遊矢の前に、突然現われるエド！デュエルは力の象徴であると信じるエドは、遊矢、そして遊勝の「エンタメデュエル」を己の力で否定するためにデュエルを仕掛けてきたのだった。そんなエドにとまどう遊矢だが、彼の本心を知るため、ユートの制止を振り切りこの闘いに挑む…！

遊矢は父・遊勝から受け継いだデュエルが持つ力を信じ、エンタメデュエルを否定するエドに立ち向かう…！そんな遊矢のデュエルを見て、エドの脳裏にはかつての遊勝とのデュエルの記憶がよみがえる。「スマイル・ワールド」に対するそれぞれの想い、遊矢とエドの心はデュエルを通して分かり合うことができるのか!?

遊矢との闘いで、デュエルの楽しさを知ったエド。そんな彼の姿を見たユートは、レジスタンスの仲間たちに、この争いを終わらせるために本当に必要なものが何なのか、自分の想いを静かに語り始める。その頃、融合次元の遊勝塾に現われるデニス…!!その視線の先には遊勝の姿があった…！

融合次元に到着した遊矢たちの前に、アカデミア兵を引き連れたデニスが現われる！さらにその背後には、かつて遊矢とデュエルで闘った「あの男」の姿が…！遊矢の行く手をはばもうとデニスが準備していたデュエルが今、始まる…!!

アカデミア行きの船に乗り込んだ遊勝たちだが、その船上ではカイトvsデニスのデュエルが始まろうとしていた！かつて遊勝からデュエルを学んだ２人は、己の信じるもの、守るもののために激しくぶつかり合う！遊勝たち、そして多くの乗客が見守るデュエルは、衝撃の展開に…!!

遊矢たちがセレナに案内され乗り込んだ船は、なんと海賊船だった!!罠だと気づくも時すでに遅く、突然の事に動揺する遊矢たちを、決闘海賊（デュエルかいぞく）キャプテン・ソロは激しい攻撃で追いつめていく！しかしその時、聞き覚えのある声が…！

アカデミアの塔にリンが捕われていると知り、急ぎ救出に向かうユーゴの前に「東の塔の番人」が立ちふさがる!!同じくその頃、瑠璃の救出に向かったカイトの前には「西の塔の番人」が現れるのだった…!!捕らわれの身となったリンと瑠璃を、２人は助け出すことができるのか!?

久々の再会に喜び合うユーゴとリン。しかしそれもつかの間、突然リンがユーゴにデュエルを挑む…!!幼い頃、シティでともにデュエルを楽しんできた２人。しかしユーゴは、リンが召喚するモンスターに違和感を覚えるのだった…!!

アカデミアの訓練施設へと連れて行かれた遊矢たち。そこで待ち構えていた教官のサンダースは、自分の教え子たちに「特別授業」を実施する。その内容とは、負けた者をカード化するサバイバル・デュエルだった！遊矢たちランサーズvsアカデミアの生徒、生き残りを懸けた５対５のデュエルが今始まる…!!

久々の再会に涙する瑠璃と、妹の無事な姿を喜ぶ黒咲。しかし突然、瑠璃の様子が急変しデュエルを挑んでくる…！エドの情報から、瑠璃が何者かに操られていると気づいた黒咲は、自らの力で妹を救うためひとり立ち向かう！しかし見慣れないモンスターを召喚する瑠璃に、黒咲は苦戦を強いられるのだった…！

密林フィールドに潜む姿の見えない敵を追う遊矢たち。その正体はサンダースの教え子の中で最強と言われるデュエリスト「バトル・ビースト」だった!!敵味方関係なく相手をカード化していくバトル・ビーストに対し、遊矢と権現坂は力を合わせ立ち向かうが、予想を超える猛攻に追い詰められていく！その時、聞きなれたエンジン音が密林に響き渡る!!

傷ついた権現坂に代わり、遊矢とデュエルに挑むジャック！２人は息の合った戦略で反撃を開始する！次第に追い詰められていくバトル・ビーストの姿にしびれを切らしたサンダースは、突然デュエルに乱入するのだった!!互いを信じともに闘う遊矢とジャック、一方で力で相手を支配するサンダースとバトル・ビースト、このタッグ・デュエルの行方は!?

遊矢・ジャックvsBB・サンダースのデュエルは続く。しかし、サンダースに牙をむくBBを見て、遊矢はデュエルを通してBBの心の奥底に眠る想いを感じようとするのだった。

デュエルは力の象徴だと信じてやまないBB、そしてアカデミアの生徒を前に、遊矢とジャックのタッグは、彼らの心を変えることができるのか…!?

アカデミア内で合流した遊勝と零児たちの前に、ユーリが襲い掛かる…!!　明日香は遊勝をプロフェッサーのもとに向かわせ、ひとりユーリに立ち向かうのだった。アカデミアの選ばれし者に与えられる「優等生デッキ」を手に不気味な笑みを浮かべるユーリに対し、遊勝の教えである「笑顔のデュエル」を伝えようとする明日香。かつて同じアカデミアの生徒だった２人の闘いの行方は…!?

セレナに連れ去られた柚子を捜し、アカデミアを走る遊矢は偶然にも瑠璃と出会う。

遊矢の中のユートも瑠璃の無事を喜んでいたその時、豹変した瑠璃がデュエルを挑んでくる！　ユートの強い想いから、遊矢のデッキからはユートのカードが現れ、「デュエルは笑顔をもたらすもの」と教えてくれた瑠璃を救うため、ユートの闘いが始まる!!

瑠璃を救おうとする遊矢とユートの前に現れるセレナ。２人を操るドクトルの思惑通り、「パラサイトモンスター」の威力は遊矢たちを追い詰め、さらに遊矢そのものに異変をもたらす…!!　オッドアイズ、ダーク・リベリオン、２体のドラゴンが姿を現したその時、遊矢はまるで悪魔のような表情を浮かべるのだった!!

素良をカード化しようとするユーリの前に現れたユーゴは、ユーリにデュエルを挑む！２人が互いのドラゴンを召喚し激闘を繰り広げていたその頃、遊勝は零児たちとともに赤馬零王と対面していた。世界を破滅へと導く悪魔のデュエリストとその４体のドラゴンの存在を語り始める零王…!!　世界が４つの次元に分裂したその理由とは!?

「覇王龍ズァーク」によってもたらされた世界の最期、ひとつの世界が４つに分断された日のことを語り始める零王。かつて、零王の代わりにズァークに立ち向かった少女・レイの想いは零羅によって語られるが、それは母・日美香による策略だったことに零児は気づく。この悲劇への怒りを抑えきれない零児に対し、零王は「リバイバル・ゼロ」への協力を求めるのだった…!!

赤馬零王の目的は、「リバイバル・ゼロ」を遂行し、柚子たち４人の少女を統合すること。それを聞き、怒りに満ちる遊矢、そして父との決別を決意する零児の２人は、零王の野望を打ち砕くべくデュエルを挑む!!　一方、その闘いを固唾（かたず）を飲んで見守る遊勝の心には、息子・遊矢に対する得体の知れない違和感が満ち溢れていくのだった…。

自分を飲み込もうとするズァークと闘う遊矢、そして父・零王の野望を阻止するため果敢に立ち向かう零児。零王とのデュエルに加え、２人それぞれの闘いは続いていた。一方、別の場所で対峙するユーリとユーゴ。それぞれのフィールドに召喚された４体のドラゴンは、まるで悪魔の復活を予感させるかのように共鳴する…!!

ユーリとユーゴのデュエルに乱入するエドとカイト！Dヒーローと光波竜で果敢に攻めるも、４人の闘いは激しさを増すばかり。しかし「デュエルの本当の楽しさ」を遊矢から教わったエドは、遊矢を救うため、ズァークという闇に飲まれようとする２人を救うため、新たなモンスターを手に全身全霊で攻撃を仕掛ける！その時、ユーゴの心に変化が…!?

復活の時が近づくレイの想いを伝えようとする零羅が、零児の前に立ちふさがる!! 零王の野望を阻止するため、先を急ぐ零児は「ＤＤモンスター」で猛攻を仕掛けるが、それを上回る零羅の戦略に驚がくする…!! 同じ頃、ユーゴvsユーリの闘いに決着がつこうとしていた！

強大な力を手に、不気味な笑みを浮かべるユーリの標的は遊矢に…!! それを阻止すべくユーリの前に立ちふさがる遊勝。息子・遊矢への想いを胸に、ユーリとの激闘が幕を開ける…!! 遊勝のエンタメデュエルは、ユーリの暴走を止めることができるのか…！

エンタメデュエルでユーリを追い詰めていく遊勝。「ズァーク」に飲み込まれそうになるのを必死にこらえる遊矢は、そんな父の姿を誇らしげに見つめ、自分を取り戻そうとしていた！ しかし、追い詰められれば追い詰められるほど、ユーリの口元には笑みが広がるのだった…！

父・遊勝を倒したユーリへの怒りが頂点に達する遊矢。ついに遊矢vsユーリのデュエルが始まる!! 遊矢は父が残してくれた「スマイル・ワールド」のカードを手に、恐れずに闘う決意をするが、フィールドのドラゴンたちが共鳴し始めるのと同時に、心に拡がる闇は遊矢とユートを苦しめるのだった…!!

遊矢とユーリのデュエルが繰り広げられる一方、零王はついに「アークファイブ」の起動に成功し次元統合を開始する…！ そんな中、激しさを増すユーリの攻撃に次第に追い詰められていく遊矢だが、ユートのため仲間のために力の限り闘う!! ついに２人のデュエルは決着を迎えようとしていた…！

遊矢のデュエルで世界に平和がもたらされる…そう信じる零児たちの目前で、ついに「ズァーク」が目覚める…!! ズァークは言う、遊矢を信じる皆の想いが己を復活させたのだと。その強大な力で人々を絶望へと追い込むズァークを止めるため、素良とエドをはじめとするランサーズたちの新たな闘いが幕を開ける!!

素良とエドの戦略すらものともしないズァークのデュエル。倒れた仲間の意思を継ぐべく、黒咲とカイトが立ち上がる！ ズァークの「覇王眷竜」が放つすさまじい力に耐えながら、ユートを、そして遊矢を助けようと２人は一心不乱にズァークへと挑んでゆく！ その想いは奇跡を生むことができるのか!?

白熱するズァークとのデュエル、続いて権現坂とジャックが挑む！ ズァークはユーゴのドラゴンに似た「覇王眷竜クリアウィング」を召喚、フィールドに更なる脅威をもたらす…！ジャックは己の魂「レッド・デーモンズ」を守り抜くことで、ズァークの中に閉ざされた遊矢の「エンタメ魂」を取り戻そうとするのだった!!

次にズァークの前に立ちふさがるのは、沢渡、そしてカードからよみがえったクロウ・ホーガン!! ２人がデュエルを通して訴えかける遊矢への想いに、ズァークは一瞬の動揺を見せる。しかしそれを振り切るかのように「覇王眷竜オッドアイズ」を召喚するズァーク、その目前には赤馬零王の姿が…!!

ズァークとの激戦が続く中、闘いに敗れた赤馬零王を前に零児が言う、『今のズァークには遊矢の魂がある』と。このデュエルを闘ってきたデュエリストたちも同様の感覚を持っていた。そしてついにズァークとの対決の瞬間を迎える零児。皆の遊矢への想いは、この闘いに奇跡を起こすことができるのか!?

遊勝塾でプロのエンタメデュエリストを目指す遊矢。塾には笑い声が響き、世界は平穏さを取り戻していた…。そんな遊矢のもとに赤馬零児から１通の招待状が届く。遊矢、権現坂、沢渡たちによる「ジュニアユース選手権」が開幕しようとしていた…!!

舞網市内の火山フィールドでは遊矢、権現坂、沢渡、月影によるバトルロイヤルが繰り広げられていた！　遊矢と沢渡のエンタメデュエルを中心に各々が全力でぶつかる闘いの中、突然、遊矢の脳裏にシンクロ次元でのデュエルの記憶がよみがえる…！　その記憶が意味するもの、そして零児の目的とは！？

かつてズァークだった遊矢を救うために犠牲となったレイラに笑顔を取り戻すため、そして姿を消した柚子を救うため、遊矢はフィールドに残った権現坂を相手に、新たな闘いを決意する!!　数々の激戦を切り抜けてきた親友２人のデュエルは、観客も息を飲むような熱戦を繰り広げるのだった…！

エクシーズ次元へと向かう遊矢を待っていたのは、黒咲ではなくデニスだった！　融合次元の襲撃が残した悲しみが消えないこの次元に、遊矢はデニスとともにエンタメデュエルで笑顔を取り戻そうとする。しかし、デニスが繰り出す「古代の機械(アンティークギア)」カードを目にした観客たちは、恐怖に怯えるのだった…！　デニスの目的とは!?

融合次元にたどり着いた遊矢は、妹を、親友を失った悲しみを赤馬零王にぶつける黒咲を目撃する。黒咲の激しい怒りの矛先は、かつてズァークとして存在していた遊矢にも向けられるのだった。失った大切なものを取り戻そうという強い決意に支配された黒咲を相手に、悲しくも熱い闘いの火蓋が切られる…！

黒咲とのデュエルを終えた遊矢の前に、ジャックが立ちふさがる！ 今の遊矢では誰一人救うことなどできないと断言するジャックに、己の信じるデュエルで再び挑む遊矢だが、４体のドラゴンを召喚することに恐れを感じ、次第に追い詰められていく！ その時、遊矢の中で「彼ら」の声が…!?

４体のドラゴンの力をみんなを笑顔にするために使うと誓う遊矢。その想いに応えるように、ドラゴンたちの攻撃はジャックをじりじりと追い詰めていく！ しかし、ジャックとの闘いを終えてもレイラからズァークの魂は消えず、笑顔は戻らなかった。自分にはまだ何かが足りない…そう痛感する遊矢に与えられた最後の試練、デュエルの相手は!?

零児の「超死偉王」の前になすすべもない遊矢だが、ユート、ユーゴ、ユーリの後押しを受け、全身全霊で零児に立ち向かう!! 両者一歩も譲らぬ闘いを見守る人々、フィールドに立つモンスターたち、そして対戦相手の零児をも巻き込み、遊矢のエンタメデュエルは進化を遂げる…!! みんなを笑顔にするためのラストデュエル、その果てに遊矢を待つものは!?