Yuya wird von Ishijima, dem amtierenden Action-Duell-Champion, herausgefordert. Das weckt traurige Erinnerungen, denn drei Jahre zuvor verschwand Yuyas Vater vor einem Duell mit Ishijima spurlos. Doch Yuyua stellt sich der Herausforderung. Mitten in dem spektakulären Kampf gelingt es ihm, seine Monster in Pendel-Monster zu transformieren. Das eröffnet ganz neue Beschwörungs-Möglichkeiten…

Der spektakuläre Sieg über Ishijima macht Yuya schlagartig berühmt. Viele potenzielle Schüler interessieren sich für seine Duellschule Yushu Juku, daher gibt er zusammen mit Yuzu ein Showduell, um die Pendel-Beschwörung vorzuführen. Doch die Beschwörung will einfach nicht klappen, weswegen die Interessenten enttäuscht verschwinden. Nur ein Junge, Tatsuya, hält zu Yuya und lässt sich an der Yushu Juku aufnehmen.

Durch eine List werden Zuzu und eine Gruppe von Kids von Sylvios Schergen gefangen genommen. Um seine Freunde zu befreien, liefert sich Yuya ein erbittertes Duell mit Sylvio, aber der zieht alle Register. Sylvio gelingt es sogar, ohne fremde Hilfe eine Pendelbeschwörung durchzuführen. Es sieht nicht gut aus…

Im Kampf gegen Silvio ist Yuya klar im Vorteil: Er kann seinem Gegner die Karten abnehmen und eine Pendelbeschwörung durchführen. Der Sieg über Silvio macht Yuya zu einem gefragten Trainer. Ein kleiner Junge namens Sora möchte, dass Yuya sein Duell-Guru wird.

Sora geht Yuya ganz schön auf die Nerven. Der kleine Junge liegt seinem großen Vorbild schon seit Langem damit in den Ohren, dass er das Duellieren von ihm lernen möchte. Doch Yuya kämpft gerade selbst gegen einen übermächtigen Gegner: seine schlechte Laune. Schließlich lässt sich Yuya auf einen Kampf mit Sora ein. Sollte Sora gewinnen, will Yuya ihn trainieren. Gewinnt Yuya, wird Sora ihn in Ruhe lassen. Zunächst scheint Yuya haushoch überlegen, doch dann kommt alles anders…

Es sah zwar zunächst nicht danach aus, aber Sora hält Yuya ganz schön auf Trab. Doch Yuy entsinnt sich eines Ratschlags, den ihm sein Vater einst gab: „Gräme dich nicht, sondern lasse dich auf das Gute ein, das vor dir liegt.“ Mit diesem Leitspruch besiegt Yuya den kleinen Quälgeist und hofft, ihn nun endlich los zu sein. Doch es kommt anders…

Zuzu fordert ihren Widersacher Sylvio zum Duell auf. Doch dann taucht plötzlich ein Maskierter auf, der an Zuzus Stelle kämpfen will. Der mysteriöse Fremde besiegt seinen Gegner und lüftet am Ende sogar seine Maske. Zuzu versteht die Welt nicht mehr: Sie glaubt, Yuya zu erkennen, aber kann sie ihrer Wahrnehmung trauen?

Der Maskenmann, der aussah wie Yuya, hat Sylvio schwer zugesetzt. Der sinnt auf Rache und beauftragt seine Männer, die Lüge zu verbreiten, Yuya habe ihn ins Krankenhaus geprügelt. Obwohl Yuya unschuldig ist, lässt er sich auf ein gefährliches Spiel ein. In einer Reihe von Duellen treten die Schüler der Leo Corporation gegen die Clique der „You Show“ an. Der Einsatz ist hoch: Gewinnt die Leo Corporation, geht die „You Show“ in deren Besitz über.

Alle fiebern dem Duell zwischen Yuya und Schnuppe entgegen, bei dem die Zukunft der „You-Show“ auf dem Spiel steht. Yuya hat es zunächst schwer, aber er kennt Schnuppes Monster in- und auswendig. Dieses Wissen setzt er gekonnt ein, um seinen Gegner auf die Bretter zu befördern. Es steht 1:0 für die „You-Show“!

Die Zukunft der „You-Show“ liegt nun in Zuzus Händen. Aber alles geht schief. Zuzu wird von ihrer Gegnerin Julia geradezu vorgeführt. Damit herrscht wieder Gleichstand zwischen den Schulen, und alles ist offen. Sora soll als soll als nächstes kämpfen, doch der Druck ist ihm zu hoch. Wer springt ein?

Der Kampf um die „You-Show“ geht weiter. Zwar konnte Yuya sein Duell gewinnen, aber Zuzu verlor ihres. Nun steht Yuyas Freund Gong im Ring und versucht, die Schule zu retten…

David gegen Goliath: Die Schüler der kleinen Duellschule You-Show treten gegen die große Konkurrenz an. Die endgültige Entscheidung über die Zukunft der Akademie liegt in Yuyas Händen, der Declan besiegen muss, um sie zu retten. Doch Declan fährt schwere Geschütze auf…

Das Duell zwischen Yuya und Declan sorgt für Aufsehen in der Akademie. Beide kämpfen fair aber dennoch ehrgeizig und wenden ausgefeilte Techniken an. Besonders Declan beeindruckt alle mit seinen Beschwörungsmethoden. Dass er dann auch noch eine Pendel-Beschwörung durchführt, lässt alle staunen. Doch dann bricht Declan das Duell plötzlich wegen eines Notfalls ab…

Yuya ist niedergeschlagen, weil er nun nicht mehr der einzige ist, der weiß, wie man eine Duellbeschwörung durchführt. Auch Declan kann dies nun. Skip versucht, Yuya bei einem Duell aufzuheitern. Ob das funktioniert?

Yuya muss erkennen, dass er noch nicht so weit ist, um an den Meisterschaften der Junior-ARC-Liga teilzunehmen, was ihn sehr frustriert. Doch ihm bleibt keine Zeit, enttäuscht zu sein, denn ein Überfall auf Professor Marco versetzt die ganze Schule in Aufregung. Zuzu hat einen Verdacht, wer etwas mit dem Verschwinden des Professors zu tun haben könnte…

Yuyas großes Ziel ist es, an der Junior-ARC-Liga teilzunehmen und einen Sieg zu holen. Doch bevor er das erreichen kann, muss er noch gegen viele schwierige Gegner antreten. Einer davon ist der berühmte Koch Reed Pepper, der Yuya ganz schön einheizt…

Im Duell gegen Yuya wendet der Star-Koch Reed seine schärfsten Kampf-Rezepte an. Doch im Ring gelten andere Regeln als in der Küche. Yuya hat am Ende die Nase vorn und kann sich gegen seinen Gegner durchsetzen. Auf in die nächste Runde!

Durch Declan bekommt Yuya unverhofft die Möglichkeit, direkt an der Junior-ARC-Meisterschaft teilzunehmen. Aber Yuya will sich als Kämpfer beweisen – genau wie alle anderen Teilnehmer. Also wählt er den harten Weg und nimmt ein Duell nach dem anderen an. In der Zwischenzeit hetzt Stadtrat Sawatari weiter gegen Yuya.

In einem Action-Duell mit Quiz-Elementen steht Yuya dem versierten Kämpfer Pierre L’Supérieure gegenüber. Yuya ist nervös, weil er nicht gut in darin ist, Quizfragen zu beantworten.

Im Quiz-Duell hat Pierre die Nase vorn. Aber beim Publikum ist Yuya viel beliebter, was ihm hilft, motiviert zu bleiben. Doch dann wird er von Pierre in die Ecke gedrängt.

Sowohl Declan als auch Yuya bereiten sich auf das bevorstehende Turnier vor. Währenddessen verliert Zuzu eine wichtige Karte mit starken Kräften, und Yuya findet sie…

Yuya trifft auf seinen dritten Gegner: die Wahrsagerin Aura Sentia.

Aura lässt Yuya nicht vom Haken. Sie wendet eine Karte bei ihm an, die ihn blockiert.

Julia fordert Shay zu einem Duell heraus. Zuzu stellt Yuto zur Rede und will wissen, warum er so besessen davon ist, sie zu beschützen.

Yuya tritt gegen einen schwierigen Gegner an: Gong. Schon seit Kindertagen fühlt sich Gong durch Yuya gehemmt. Seine übertriebene Rücksichtnahme will Gong nun in einem Duell gegen seinen Freund endgültig abstreifen.

Gong führt eine Fusionsbeschwörung durch, gegen die sich Yuya nur mit einer Polimerisation wehren könnte. Doch ihm fehlt die nötige Karte von Zuzu… Kann sich Yuya trotzdem noch für die Meisterschaft qualifizieren?

Alle sechs Schüler der You-Show-Schule sowie Gong haben sich für die Arc-Liga-Meisterschaft qualifiziert. Einige der Teilnehmer sind sehr stark, aber nichtsdestotrotz kann Frederick sein erstes Duell für sich entscheiden.

Allie ist sehr enttäuscht, als sie im Kampf gegen den scheinbar gefühlskalten Riley verliert. Obwohl die Freunde jetzt im Punkterückstand sind, hält das Team zusammen. Zuzu verspricht, Julia im folgenden Duell zu besiegen und das Team wieder nach vorne zu bringen.

Zuzu tritt bei der Arc-Liga-Meisterschaft gegen ihre Rivalin Julia an, die bei der letzten Begegnung der beiden als Siegerin aus dem Ring ging. Doch diesmal hat Zuzu die Nase vorn. Mit ausgefeilter Technik gewinnt Zuzu den Kampf gegen Julia. Diese ist so begeistert von Zuzus Fortschritten, dass sie ihr ihre Karte „Kristallrose“ schenkt.

Gong muss sich auf seinen nächsten Kampf konzentrieren, was ihm nicht leicht fällt. Denn er muss dafür seinen Freund Yuya im Stich lassen.

Yuya tritt gegen Sylvio an und wird schnell von seinem Gegner in die Ecke gedrängt. Doch ist Sylvio wirklich der Stärkere von beiden?

Sylvio ist neidisch, dass Yuya beim Publikum so beliebt ist. Deshalb geht er besonders hart gegen seinen Kontrahenten vor. Doch Yuyas gute Laune kann das nichts anhaben, und er besiegt Sylvio schließlich mit einer spektakulären Show.

Das dritte Duell steht an. Doch warum tritt Shay Obsidian ausgerechnet für das Leo-Institut an? Schließlich legte er sich doch erst vor Kurzem mit der Leo-Schülerin Julia an.

Die You-Show und das Leo-Institut treten gegeneinander an. Diesmal sind es Shay und Sora, die in den Ring steigen. Wie es scheint, verbindet die beiden ein Ereignis in der Vergangenheit.

Sora ruht sich auf der Krankenstation von seinem Kampf gegen Shay und dessen Drachen zu erholen. Da taucht ein gewisser Yuto auf, der genauso aussieht wie Yuya, und behauptet, Soras Männer hätten seine Freundin Lulu entführt.

Der immer noch geschwächte Sora ist kurz davor, gegen Yuta zu verlieren. Da erscheint Yuya und mischt sich in den Kampf ein. Das passt Sora überhaupt nicht, und er verschwindet plötzlich.

Yuya beobachtet einen Kampf zwischen Yuga und Yuto. Zu seiner Überraschung erkennt Yuya, dass es vier verschiedene Dimensionen der Beschwörungsmethoden gibt: eine XYZ-Dimension, eine Fusions-Dimension, eine Synchro-Dimension und eine Standard-Dimension.

Yuya ist so erschöpft, dass er ins Koma fällt. Seine Verehrerin Aura will ihn pflegen, aber Zuzu und Yoko können sie am Krankenbett nicht gebrauchen. Bei der ARC-Liga-Meisterschaft verliert Kit Blade gegen einen Wüstling der Banded-Warriors-Akademie. Nun muss Yuya gegen den brutalen Schläger antreten.

Yuya tritt gegen Iggy Arlo von der Akademie der Vereinigten Krieger an. Diese Schule ist für harten Drill und unerbittliche Lehrer bekannt. Yuya tritt gegen den besten Schüler der Akademie an: Iggy Arlo. Im Kampf muss Yuya ganz schön einstecken, doch plötzlich beginnt sein Körper, sich zu verändern…

Zuzu scheint eine Doppelgängerin zu haben: Eigentlich kämpft sie gerade im Turnier gegen Mickey, sie wird zeitgleich aber an einem anderen Ort von Kev Ravenwood gesehen. Wie kann das sein?

Declan versucht, Celina auf seine Seite zu ziehen, aber das gelingt ihm nicht, denn sie hat ganz andere Pläne. Yuya und Zuzu sind mit ihrem Turnier beschäftigt und merken gar nicht, was sich gerade zusammenbraut…

Yuya und Zuzu müssen für die Arc-Liga-Meisterschaft Pendelkarten suchen, die überall in der Stadt verteilt sind. Um Zeit zu gewinnen, teilen sich die beiden auf und suchen getrennt nach den Karten.

Die Tag-Duelle beginnen: Gong und Zuzu steigen gegen Olga und Halil in den Ring. Ein Neuling namens Dennis kämpft an Yuyas Seite und bewahrt ihn immer wieder vor gegnerischen Treffern. Am Ende der Runde verzeichnet die You-Show-Schule zwei Siege!

In der Vulkanzone trifft Zuzu auf Dennis und wird von ihm auf sehr charmante Art und Weise zu einem Duell herausgefordert. Zur selben Zeit begegnet Yuya in der Uralte-Ruinen-Zone einem alten Bekannten: Shay. Bevor die beiden dazu kommen, sich auszusprechen, werden sie von eigenartigen Kreaturen überrascht. Droht Gefahr?

Zuzu schaut zu, wie sich Dennis und Celine duellieren, und verwechselt dabei etwas. Derweil stellt Yuya die Einsatztruppe Obelisk zur Rede und will sie für ihre Taten bestrafen. Während des Kampfes sieht es nicht gut aus für Yuya, doch plötzlich springt ihn etwas an, und er entwickelt ungeahnte Kräfte.

Yuya kämpft immer noch mit der Einsatztruppe Obelisk und bekommt plötzlich einen Schreikrampf. Als der Anfall vorüber ist, erinnert sich Yuya an kaum etwas. Aura macht sich Sorgen und findet heraus, dass zwei Seelen in Yuya wohnen.

Die Obelisken und die Kämpfer des Professors treiben weiterhin ihr Unwesen in der Stadt. Zuzu ist verwirrt: Sie kann nicht mehr zwischen Yuya, dessen Doppelgänger Yuto und Yugo unterscheiden. Und auch Yuya weiß nicht mehr, wer er eigentlich ist. Die Dunkelheit, die Aura in ihm sah, verunsichert ihn.

Celina wird von Sora Perse gejagt, aber Moon Shadow und Sun Shadow greifen ein. Als sich dann auch noch Reed Pepper, Trout, Gong und Yuyu einmischen, wird es chaotisch. Am Ende bleibt nur noch Yuyu übrig, der sich schließlich dem Duell mit Sora stellt.

Yuya und Sora waren einmal Freunde, aber jetzt kämpfen sie gegeneinander. Wird es Yuya gelingen, den Sora von einst zurückzuholen und alles zum Guten zu wenden?

Die Arc-Liga-Meisterschaft ist beendet. Wie sich herausstellt, war das Turnier nur ein Vorwand, um neue, würdige Mitglieder für die Lancers zu finden. Yuya befürchtet, dass auch Zuzu gefangen genommen wurde. In seinem Zorn fordert er Declan zu einem Duell heraus. Unterdessen bestätigt Shay die Annahmen von Celina und Zuzu über den Angriff der Duell Academy auf die Xyz-Dimension.

Obwohl sich Declan bewusst ist, dass Zuzu nicht gefangen genommen wurde, sondern sich mit Yugo wegteleportiert hat, schweigt Declan gegenüber Yuya. Als nächsten Zug im Duell gegen Yuya setzt er sein Pendelfusion Monster und D/D/D - Wellenvergessenskönig Cäsar Ragnarok ein. Dem entgegensetzt Yuya Finsterer Rebellions-Xyz-Drache ein.

Nachdem die Arc-Liga-Meisterschaft beendet wurde, erzählt Henrietta den Teilnehmern, was wirklich passiert ist. Sie sagt, dass die Lancers Helden sind, die die Stadt Paradise City beschützen und ermutigt die Teilnehmer sich der Gruppierung anzuschließen. Währenddessen erkennt Yoko das aufgewühlte Gemüt ihres Sohnes und fordert ihn zu einem Duell heraus.

Mit Sterndeutender Magier, Zeitdeutender Magier und Buntäugiger Pendeldrache ist Yuya in der Lage seine Mutter im Duell zu besiegen. Daraufhin erkennt Yuya das wahre Erbe seines Vaters Yusho. Er ist entschlossen gegen die verschiedenen Dimensionen zu kämpfen und verspricht seiner Mutter die Rettung von Zuzu und Sora.

Zuzu und Yugo finden sich in Yugos Heimatstadt New Domino City in der Syncho-Dimension, wieder. Yugo erzählt Zuzu über die Entführung von seinem Kindheitsfreund Rin. Damals schickte ihn der Glasflügel-Synchrodrache in die Xyz-Dimension. Weiterhin erklärt Yugo die Einteilung der Bevölkerung in New Domino City.

Das Turbo-Duell zwischen Yugo und Officer 227 beginnt. Officer 227 macht den ersten Zug: Goyoverfolger. Desweilen kommen Yuya, Celina, Sylvio und die restlichen Lancers in New Domino Citys Armenviertel an und betreten somit ein neues Schlachtfeld.

Yuya und die Lancers haben die Synchro-Dimension erreicht. Yuya realisiert, dass einige Abenteurer fehlen. Lediglich Sylvio, Celina und Riley sind bei ihm. Und als wäre das nicht genug, sehen sich die vier plötzlich umzingelt von Beamten des Sicherheitsdienstes. Diese sehen in Yuya und Celina die flüchtigen Yugo und Zuzu.

Eine Gruppe von Turbo-Duellanten unter der Leitung von Crow Hogan, konnten Yuya, Silvio, Celina und Riley aus der brenzligen Lage mit den Sicherheitsdienst befreien. Crow Hogan berichtet anschließend von der Diskriminierung, unter welcher die Bevölkerung in den Armenvierteln leben muss.

Lucas Swank führt Gong und Dennis zu einer unterirdischen Duell Arena. Während Gong die restlichen Lancers suchen will, möchte Dennis nach starken Duellanten Ausschau halten. Zu ihrer Überraschung treffen sie dort auf Shay. Nach einem weiteren Sieg im Freundschaftsturnier wäre es Shay möglich gegen Jack Atlas anzutreten.

Das Duell zwischen Dennis und Shay spitzt sich zu. Beide Kontrahenten möchten einen Sieg davon tragen, um im Anschluss gegen Jack Atlas antreten zu können. Auch Yuya und Crow tragen ein Duell in Crows Versteck aus. Sie möchten den Streit zwischen sich beenden, bei dem es um die beste Methode zur Aufmunterung von Riley geht. Jedoch werden beide Duelle frühzeitig durch den Sicherheitsdienst beendet.

Nachdem Yuya, Crow und Gongs Gruppe gefangen genommen wurden, werden sie in dieselbe Haftanstalt gebracht. Lediglich Celina konnte den Fängen des Sicherheitsdienstes entkommen. Wie die Freunde schnell bemerken, dienen Duellkarten als Währung, um eine bevorzugte Behandlung in der Haftanstalt zu bekommen. Auch der Gangsterboss, Chojiro Tokumatsu ist in diese Machenschaften involviert.

Das Duell zwischen Yuya und dem Gangsterboss Chojiro Tokumatsu geht in die nächste Runde. Es stellt sich heraus, dass Chojiro ein begnadeter Kartenspieler war, welcher den Spaß am Duellieren anderen lehrte. Bis zu dem Augenblick, als er von einem privilegierten Bürger von New Domino City gedemütigt und wegen Betrugs inhaftiert wurde.

Das Duell zwischen Yuya und dem Gangsterboss Chojiro Tokumatsu weckt in den Gefangenen der Haftanstalt neuen Lebensmut. Einige Insassen planen infolgedessen einen Ausbruch aus dem Gefängnis. Als Ablenkung soll Chojiros großes Gefängnis-Turnier dienen. In der ersten Runde, einem Gruppen-Duell, müssen sich Yuya und Sylvio gegen den Organisator des Turniers beweisen.

Yuya, Sylvio und Chojiro befinden sich auf der Flucht. Verfolgt werden sie von den Gefängniswärtern, welche zur Jagd ihre Goyo-Könige beschwören. Auf dem Dach des Gefängnisses kommt es zu einem Duell. Als die Situation für die Flüchtigen ausweglos erscheint, tauchen Gong und Shay zu deren Unterstützung auf. Doch kurz darauf treten die Freunde in eine Falle des Direktors des Sicherheitsdienstes.

Den Anfang des Freundschaftscups machen Yuya und der Duell-Champion Jack Atlas in einem Turbo-Duell. Selbstsicher erklärt Jack Atlas einen Sieg in maximal drei Runden. Jack beginnt das Duell indem er sein Synchromonster Roter Wyrm zieht. Im Anschluss spielt Yuya Runenäugiger Pendeldrache und Yutos Finsteren Rebellions-Xyz-Drachen. Mit dem Ausspielen einer Aktionskarte kann Jack den Angriff Widerstand leisten.

Der Sieger im Duell zwischen Jack Atlas und Yuya steht fest. Zuzu möchte ihrem besiegten Freund Yuya Trost spenden. Doch plötzlich sieht sie sich von Beamten des Sicherheitsdienstes umgeben. Am nächsten Morgen erwacht Yuya in einem Penthouse. In diesem sind alle Teilnehmer des Freundschaftscups eingesperrt.

Nachdem Yuya und Jack Atlas den Anfang des Freundschaftscups gemacht haben, beginnt das eigentliche Turnier im Duell Palast. Im ersten Zweikampf stehen sich Crow und Gong gegenüber. Dabei nimmt Gong das erste Mal in seinem Leben an einem Turbo-Duell teil. Gong zieht die erste Karte und versucht dabei sein Bestes zu geben.

Das nächste Duell im Freundschaftscup steht an: Riley gegen Crows Freund Shinji Weber. Riley, von Angst durchfressen, rennt zu seinem Freund Yuya und bitten diesen um Unterstützung. Zudem berichtet Chojiro über ein Gerücht, nachdem alle Verlierer des Freundschaftscups zur Strafe in einer unterirdischen Mülldeponie Zwangsarbeit für die Oberschicht entrichten müssen.

Nach dem geplatzten Duell zwischen Riley und Shinji, muss sich Shinji im Zweikampf gegen Moon Shadow beweisen. Dieser eröffnet die erste Runde mit seinen Aktions- sowie Ninjakarten. Aufgrund von diversen Kommentaren glaubt Shinji, dass Moon Shadow der Oberschicht angehört. In Shinji wächst der Hass auf die Oberschicht weiter an, angesichts der Unterdrückung der Bevölkerung in den Armenvierteln.

Nach zehn Jahren im Gefängnis kehrt Chojiro in eine Duell-Arena zurück, gegenübersteht ihm Zuzu. Chojiro kämpft mit seinem Blumen-Kartian Lichtschauer, um Zuzus spezielle Zauber und Fähigkeiten zu schwächen. Dem entgegensetzt Zuzu ihre Aktionskarten, Blütendiva der musikalische Chor. Zuzu möchte Yuya ihr Können zeigen und geht mit ganzer Kraft gegen Chojiro vor.

Das vierte und letzte Duell am ersten Tag des Freundschaftscups bestreiten Celina und der New Domino City Bewohner Tony. Celina kann dieses Duell schnell für sich entscheiden. Yuya ist von dem vorherigen Duell zwischen Zuzu und Chojiro inspiriert und möchte deswegen wieder in die Arena. Zur gleichen Zeit erscheint Jack vor dem Hohen Rat.

Alte Bekannte treffen im nächsten Duell aufeinander: Yuya und Officer 227. Als Yuya seinen Buntäugigen Pendeldrachen hervorruft, antwortet Officer 227 mit dem Fusionsmonster Goyo-Kaiser. Diese Karte bekam er von Jean-Michel Roget geschenkt, um die Kontrolle über Yuyas Karten zu erhalten.

Yuya ist enttäuscht, dass er im Duell gegen Officer 227 den Menschen von New Domino City nicht sein Bestes zeigen konnte. Zeitgleich beginnt das nächste Duell zwischen Yugo und Silvio. Silvio eröffnet den Wettkampf, indem er unterschiedliche Abgrundschauspieler-Karten aktiviert.

Sylvio ging als Verlierer aus dem Duell gegen Yugo hervor und wurde auf direkten Weg in die unterirdischen Arbeitslager geschickt. In diesen unterirdischen Müllanlagen verhandelt Gong mit dem Besitzer der Untergrund Duell-Arena, Lucas Swank. Lucas klärt Gong, Sylvio und Moon Shadow über die Regeln der unterirdischen Duell-Arena auf und erklärt wie eine Rückkehr an die Oberfläche möglich ist.

Das Finale der ersten Runde des Freundschaftscups beginnt. Dabei ist Shay fest entschlossen die wahren Absichten von Dennis herauszufinden. Dennis beschwört seinen Trapez-Magier und drei Schattenmacher, während Shay seinen Revolutionären Falken beschwört. Nachdem es Shay schließlich gelingt, Trapez-Magier zu zerstören, stellt er Dennis als Mitglied der Duell Akademie vor.

Im Duell gegen Shay enthüllt Dennis vor allen Anwesenden seine wahre Identität. Die restlichen Lancers sind schockiert über das Geständnis von Dennis, denn Dennis ist ein Agent der Duell Akademie. Währenddessen erklärt Declan dem Hohen Rat, dass sich der Feind schon in New Domino City befindet.

Das Duell zwischen Zuzu und Sergey beginnt. Aufgrund der Zerstörung der Duell-Arena durch Shay und Dennis wird das Duell auf den Doppelspuren in New Domino City ausgetragen. Zuzu versucht die Bürger über den interdimensionalen Krieg zu informieren. Allerdings durchkreuzt Sergey ihre Pläne und beschwört ein mächtiges Monster.

Yuya hat keine Zeit sich über Zuzus Wohlergehen Sorgen zu machen, denn das nächste Duell steht an. Sein Kontrahent in diesem Duell des Freundschaftscups ist Shinji. Als der Zweikampf beginnt, ist Shinji fest entschlossen, die Stärke der Bürgerlichen zur Schau zu stellen. Yuya konzentriert sich im Gegensatz zu seinen Rivalen nur darauf, das Duell schnellstmöglich zu beenden.

Das Duell zwischen Yuya und Shinji geht weiter. Die Nachricht über das Wohlbefinden von Zuzu, steigert die Motivation und Konzentration von Yuya. Jetzt steckt er seine ganze Hoffnung in die nächste Karte. Die gezogene Karte ist diejenige, welche er von Sam bekommen hat. Falls Shinji infolgedessen gewinnen sollte, wäre das der entscheidende Funke, der die Revolution der Bürgerlichen entfacht.

Obwohl Yuya die Menschen der Welt zusammenbringen möchte, wird er nach dem Sieg über Shinji von den Bürgerlichen beschuldigt, mit den Oberen unter einer Decke zu stecken. Kurze Zeit darauf wird Yuya von Beamten des Sicherheitsdienstes festgenommen. Sora kann einer Gefangennahme entkommen und verspricht Yuya sich um Zuzu zu kümmern. Desweilen erwacht Zuzu in der Obhut von Crows Kindern.

Shay möchte herausfinden, ob man Crow vertrauen kann. Um das zu ergründen, stellt sich Shay einem Duell gegen Crow. Schnell entsteht ein turbulentes Duell zwischen den Rivalen. Inzwischen offenbart Roget Yuya seine Pläne. Er möchte der Herrscher von New Domino City werden und die vollständige Kontrolle übernehmen.

Immer noch stehen sich Shay und Crow in einem Turbo-Duell gegenüber. Die Rivalen besinnen sich auf ihre eigentlichen Ziele zurück und führen das Duell freundschaftlich fort. Währenddessen schickt der Direktor des Sicherheitsdienstes Beamte aus, um Zuzu zu fangen. Zuvor gab er schon die Anweisung Yuya ins Gefängnis zu werfen, da dieser einer Zusammenarbeit mit dem Direktor widersprach.

Zuzu, Frank, Tarren und Amanda finden sich umzingelt von Sicherheitsbeamten wieder. Weder Zuzu noch Crows Kinder haben eine Duelldisk. Somit können sie den Beamten keinen Widerstand leisten. In den Moment, als sie flüchten wollen, stellt sich ein weiterer Sicherheitsbeamter vor die Kinder. Unerwartet taucht Sora zu deren Unterstützung auf.

Im folgenden Duell sind Celina und Yugo die Gegenspieler. Yugo ist aufgrund der Ähnlichkeit zwischen Celina und seiner Kindheitsfreundin Rin zunächst sehr verwirrt. Celina zieht als Erste ihre Karte Lunalicht Katzentänzerin. Der Direktor des Sicherheitsdienstes verfolgt seine eigenen Pläne und möchte deswegen Celina als Siegerin sehen. Er manipuliert die Duellstrecke zugunsten Celinas.

Im Finale gegen Celina versucht Yugo Glasflügel-Synchrodrache zu beschwören. Dabei stehen Yugo und Yuya erneut mental in Verbindung. Obwohl Celina eine Aktionskarte greifen könnte, möchte sie das Duell auf ihre eigene Weise und ohne Hilfe von außen gewinnen. Infolge der speziellen Fähigkeiten von Celinas Lunalicht Löwentänzerin fallen die Lebenspunkt von Yugo auf ein Minimum.

Nach der Niederlage im Duell gegen Yugo, befindet sich Celina auf den Weg zur unterirdischen Mülldeponie, um dort ihre Zwangsarbeit anzutreten. Bevor sie den Untergrund erreicht, wird sie von Beamten des Sicherheitsdienstes gefangen genommen. Damit die Öffentlichkeit nichts von den Machenschaften Rogets erfährt, beginnt nebenbei das Halbfinale des Freundschaftscups.

Die Kontrahenten im ersten Halbfinale des Freundschaftscups sind Yuya und Crow. Noch bevor das Duell beginnt, entschuldigt sich Crow bei Yuya für die falschen Anschuldigungen. Yuya verzeiht ihm und bittet ihn schließlich um seine Unterstützung bei der Befreiung seiner Freunde. Sie versprechen sich ein faires Duell zu spielen. Doch als das Duell beginnt, passiert etwas Seltsames mit Yuya.

Das Halbfinale zwischen Yuya und Crow dauert an. Yuya steht immer noch unter dem Einfluss von Direktor Roget. Yuya zieht seinen Buntäugigen Pendeldrachen, welcher eine riesige Schockwelle verursacht. Diese trifft unter anderem auch den von Roget platzierten Chip in Yuyas Gehirn. Gleichzeitig dringt die Angreiftruppe Obelisk der Duell Akademie in die Synchro-Dimension ein.

Die in die Synchro-Dimension eingedrungene Angreiftruppe Obelisk der Duell Akademie suchen ganz New Domino City nach Celina und Zuzu ab. Kurze Zeit darauf findet ein Teil des Angreiftrupps Celina. Diese wird von Riley beschützt, während Moon Shadow auf dem Weg zur unterirdischen Deponie ist, um die anderen zu warnen. Moon Shadow begegnet unterwegs einigen Soldaten der Duell Akademie.

Als Celina und Riley sich vom Angreiftrupp Obelisk der Duell Akademie umzingelt sehen, kommt ihnen Yuya zur Hilfe. Im unterirdischen Zwangsarbeitslager kann Moon Shadow die restlichen Gefangenen befreien. Während Shay, Moon Shadow und Sylvio zielstrebend zum Ausgang rennen, versucht Zuzu ihren eigenen Weg zur Oberfläche zu finden.

Der Angriff der Duell Akademie Soldaten auf die Synchro-Dimension verursacht in ganz New Domino City Chaos. Derweil kann Barrett im Duell gegen Yuya, durch eine doppelte Fallen Kombination die Oberhand gewinnen. Endlich kommt auch Sora zurück und kann Yuya und Riley beiseite stehen. Gleichzeitig erscheinen Yuri und Yugo. Jetzt können die vier Drachen von Yuya, Yuto, Yuri und Yugo vereint werden.

Der Zweikampf zwischen Yuya und Barrett geht weiter. Als Yuya, Yuto, Yuri und Yugo auf einem Feld stehen und ihre Drachen synchronisieren, geschieht etwas Seltsames mit Yuya. Energisch versucht er zunächst Celina vor Barrett zu schützen und infolgedessen Zuzu zu verteidigen. Aber auch Zuzu ist Ziel einer Entführung, denn plötzlich taucht der von Roget gesandte Sergey auf.

Yuya informiert seine Freunde über die wahren Absichten von Roget. Gemeinsam machen sie sich auf den Weg Celina und Zuzu zu retten. Der Aufstand der Bürgerlichen, unter der Führung von Shinji ist in vollem Gange. Um davon abzulenken, veranstaltet Roget das zweite Halbfinale im Freundschaftscup. Die Kontrahenten sind Jack Atlas und Sergey.

New Domino City versinkt aufgrund der Revolution der Bürgerlichen immer mehr im Chaos. Doch das zweite Halbfinale wird trotzdem weitergeführt. In der Arena stehen sich weiterhin Jack Atlas und der dominierende Sergey gegenüber. Beide versuchen auf Biegen und Brechen das Duell zu gewinnen. Bis es Sergey schafft, sich der Kontrolle von Roget zu entziehen.

Das zweite Halbfinale zwischen Jack Atlas und Sergey erreicht seinen Höhepunkt. Obwohl Crow versucht Shinji von seinen revolutionären Gedanken abzubringen, entbrennt der Aufstand der Bürgerlichen erneut. Daraufhin erklärt Roget das Kriegsrecht und setzt sämtliche Beamten des Sicherheitsdienstes unter seine Kontrolle, um die Unruhen zu beenden.

Yuya gelangt zum Duell Palast, wo bereits Jack auf ihn wartet. In der Hoffnung dieses Duell zu stoppen, entsendet Roget zeitgleich sämtliche Beamten des Sicherheitsdienstes. Das Finale des Freundschaftscups wird von Yuyas Lächelnde Welt eröffnet. Jack kontert mit seinem Narblicht-Rotdrachen-Erzunterweltler.

Nach der Attacke von Jack, kann Yuya noch einige Lebenspunkte auf seinem Konto aufzeigen. Zu seiner Verteidigung ruft er Erleuchtungspaladin herbei. Als kurz darauf das Duell einen noch nie dagewesenen Höhepunkt erreicht, wird ein neues, starkes Monster geweckt.

Yuya hat im Finale des Freundschaftscups etwas geschafft, was vor ihm noch nie jemand erreicht hat. Durch die starke Fusion seiner Karten kann er auch Jack Atlas besiegen und wird dadurch der König der Duell-Tainer. In der Zwischenzeit starten Zuzu und Roget einen Fluchtversuch. Das Unternehmen scheitert, denn sie werden von Declan gestoppt, der Roget zu einem Duell herausfordert.

Roget gelingt es, trotz des ausgezeichneten Decks von Declan, seine Strategien zu erkennen und entsprechend entgegenzuwirken. Yuya, Jack und die Lancers erreichen parallel das Hauptquartier des Sicherheitsdienstes, in welchem sich Declan und Roget befinden. Roget gelingt es die restlichen Lancers gegen Declan aufzuhetzen. Er versucht mit Zuzu zu entkommen, wird aber von Jack und Crow gestoppt.

Yuya, Sylvio und Gong sind in der XYZ-Dimension gelandet. Dort begegnen sie den Schergen der Duell-Akademie. Nach dem Sieg der drei Lancer begegnen sie einem alten Bekannten aus ZeXal-Tagen: Kite Tenjo.

Yuya, Gong und Sylvio treffen in der XYZ-Dimension auf Kite Tenjo. Der hat sich seit ZeXal-Tagen sehr verändert und ist voller Zorn. Es kommt zum Duell zwischen ihm und Sylvio und Gong.

Nachdem Kite Sylvio und Gong mühelos besiegt hat, stellt Yuya sich ihm entgegen. Er will Kite von seiner unbändigen Wut abbringen und ihm klar machen, dass sie beiden eigentlich auf derselben Seite stehen.

Nachdem Kite spurlos verschwunden ist, werden Yuya, Sylvio und Gong mit den Resten der Widerstandsbewegung der XYZ-Dimension bekannt gemacht. Das Bild ist traurig ... Es sind kaum noch Kämpfer übrig.

Yuya stiefelt durch die Ruinenlandschaft von Heartland und begegnet einem mysteriösen, verhüllten Duellanten, der eine offene Rechnnung mit Yuyas Vater zu haben scheint und Yuya darum sofort zum Duell herausfordert.

Kite und Shay begegnen sich zufällig und Shay will versuchen, Kite von seiner einzelgängerischen Jagd auf Duell-Akademie-Kämpfer abzubringen und nach Hause zu holen. Das kann nur eins heißen: Duell! Doch Shay zieht den Kürzeren ...

Nachdem Zuzu Yusho in der Fusionsdimension gefunden hat, erzählt er ihr, wie es ihn dorthin verschlug. Er enthüllt, dass er früher ein Freund von Leo Akaba, dem Professor der Duell-Akademie war und mit ihm gemeinsam am ARC-Projekt gearbeitet hat.

Saya, eine Freundin von Shays entführter Schwester Lulu, will endlich auch im Kampf gegen die Invasoren mitmischen. Gemeinsam mit ihrem Freund Alan tritt sie gegen zwei schöne und gefährliche Vollstreckerinnen der Duell-Akademie an.

Nachdem die Zwillingsschwestern Grace und Gloria Tyler sowohl Saya und Alan als auch Sylvio und Gong besiegt haben, stellen sich ihnen jetzt Yuya und Shay entgegen. Zunächst sieht es nach einer vernichtenden Niederlage aus ...

Nachdem Yuya und Shay die Tyler-Schwestern besiegt haben, müssen sie nun gegen ein plötzlich auftauchendes Dreier-Team der Eingreiftruppe Obelisk antreten. Das Duell läuft gut, doch plötzlich wird Shay verletzt. Kite taucht überraschend auf, springt für ihn ein und gewinnt mühelos das Duell.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

Yuya, Sylvio und Gong landen in der XYZ-Dimension. Dort treffen sie u.a. auf Kite, einen alten Bekannten aus Zexal-Tagen. Zorn und Rachegedanken haben ihn völlig verändert. Doch nicht nur er verhält sich anders als zuvor.

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Die Kämpfe in der XYZ-Dimension gehen in die nächste Runde! Yuya, von Wut und Rache getrieben, gibt alles, was er hat und Declan muss sich seinem Bruder entgegenstellen. Doch dann erwacht Zark wieder zum Leben und scheint unbesiegbar ...

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