Il "Sigillo di Atena" ha tenuto prigioniero Ade per 243 anni, cioè dalla fine dell'ultima Guerra Sacra, ma ora il signore degli Inferi è riuscito a liberarsi e, forte dell'appoggio di 108 Specter a lui fedeli, ha iniziato una nuova guerra contro la sua più acerrima nemica, Atena. Al Grande Tempio irrompono tre uomini mascherati, due dei quali sono Cancer e Fish: un tempo questi erano Cavalieri di Atena, ma ora combattono per Ade, che li ha riportati in vita. Inoltre, adesso Cancer e Fish indossano speciali armature dette "surplici", le vestigia utilizzate dagli Specter seguaci di Ade. Il loro obiettivo è giungere da Lady Isabel e ucciderla, ma prima i due devono superare le dodici case dello zodiaco: Mur dell'Ariete cerca di fermarli alla prima casa, ma il combattimento tra il Cavaliere d'oro e i due Specter è interrotto dall'arrivo di Pegasus. Purtroppo però Atena ha vietato il coinvolgimento dei Cavalieri di bronzo in questa guerra e, di fronte al rifiuto a farsi da parte del Cavaliere di Pegasus, Mur lo colpisce con la sua Onda di Luce Stellare.

Ai Cinque Picchi Fiore di Luna viene attaccata da un gruppo di Cavalieri d'argento: Argor, Agape e Vesta. I tre guerrieri sono stati riportati in vita da Ade e hanno anche loro giurato fedeltà al signore degli Inferi; per fortuna, al momento opportuno sopraggiunge Sirio, che sconfigge i tre nemici già vinti in passato. Saputo della partenza del Maestro dei Cinque Picchi per il Grande Tempio, il Cavaliere del Dragone decide di seguire l'istruttore ad Atene. Intanto, Mur sconfigge Cancer e Fish con l'Onda di Luce Stellare, ma ecco che altri tre Specter attaccano il Cavaliere dell'Ariete: anche Gemini, Aquarius e Capricorn sono stati resuscitati da Ade e si sono schierati dalla parte del signore degli Inferi, ma durante la battaglia Mur nota che i tre ex Cavalieri d'oro nascondono qualcosa e i loro cuori piangono lacrime di sangue. Paralizzato dall'uomo ancora incappucciato, Mur non può impedire l'attraversamento della prima casa a Gemini, Aquarius e Capricorn, che si sostituiscono a Cancer e Fish nella missione di uccidere Atena. In soccorso del Cavaliere d'oro giunge Libra, che riconosce l'uomo incappucciato come il Grande Sacerdote di Atene prima di Arles e l'istruttore di Mur, Shin dell'Ariete. Il Maestro dei Cinque Picchi, il cui vero nome è Dokho, libera Mur e gli spiega che la nuova vita dei Cavalieri resuscitati da Ade durerà soltanto dodici ore: i Cavalieri di Atena dovranno proteggere Lady Isabel dagli Specter di Ade per le prossime dodici ore e per questo Libra ha acceso la meridiana dello zodiaco. Mentre Mur si lancia all'inseguimento di Gemini e compagni, Dokho ingaggia una battaglia contro Shin.

Cancer e Fish sono tornati al castello di Ade, desiderosi di parlare con il signore degli Inferi. I due ex Cavalieri d'oro vengono però fermati da Rhadamante, un "Gigante degli Inferi", che li uccide come punizione per aver fallito la loro missione al Grande Tempio. Nel frattempo, Mur raggiunge la seconda casa dello zodiaco, ma al suo interno trova il corpo morto di Toro, sconfitto in circostanze misteriose. Il Cavaliere del Toro è stato in realtà attaccato da Niobe, un altro Specter al servizio di Ade, ma prima di venire sopraffatto dal Profumo Letale il Cavaliere d'oro ha annientato il nemico con il Sacro Toro. Gemini, Capricorn e Aquarius hanno dunque superato la seconda casa senza incontrare ostacoli, ma all'interno della casa dei Gemelli una forza misteriosa blocca i tre Specter. Intanto, anche Andromeda decide di raggiungere il Grande Tempio, nonostante Lady Isabel gli abbia vietato di recarvisi. Il Cavaliere di Andromeda viene però attaccato al porto di Nuova Luxor da Argetti, Dedalus e Orione, altri tre Cavalieri resuscitati da Ade e ora suoi seguaci. I Cavalieri d'argento vengono però sconfitti al termine di una breve lotta.

La corsa di Gemini, Aquarius e Capricorn viene fermata da Kanon, che ora ha giurato fedeltà ad Atena e ha rinnegato il suo passato malvagio. I tre Specter sono vittima di un'illusione creata dal fratello di Gemini: per liberare la strada il Cavaliere dei Gemelli attacca Kanon, facendo cadere le illusioni nella terza casa. Nel frattempo Cristal, che si trova in Siberia, viene attaccato da altri tre Cavalieri d'argento riportati in vita da Ade: Babel, Moses e Eris. Sconfitti facilmente i nemici, Cristal decide di recarsi al Grande Tempio, percependo il pericolo che sta correndo Lady Isabel. Intanto, presso le stanze di Atena Scorpio incontra Kanon, ma nonostante il suo pentimento e la sua redenzione il Cavaliere dello Scorpione non si fida del fratello di Gemini e lo attacca con la Cuspide Scarlatta. Tuttavia, accortosi che Kanon non tenta nemmeno di difendersi, come se stesse cercando di espiare le colpe di cui si è macchiato in passato subendo le dolorose punture della Cuspide Scarlatta, Scorpio risparmia il guerriero e si ricrede su di lui.

Gemini, Capricorn e Aquarius corrono alla quarta casa, ma al suo interno rimangono vittime di nuove illusioni molto potenti. Nel frattempo, Sirio giunge al Grande Tempio, dove incontra Phoenix: il Cavaliere della Fenice ha deciso di non combattere questa Guerra Sacra, in quanto secondo lui non ve n'è ragione, e si definisce un semplice "spettatore". Successivamente, Dragone incontra Pegasus: il colpo di Mur lo ha teletrasportato nell'arena dove il giovane eroe ha conquistato la sua armatura ai tempi dell'addestramento. Mentre i due Cavalieri decidono di raggiungere le stanze di Atena, Gemini identifica Virgo come l'autore delle illusioni alla casa del Cancro e lo colpisce con la sua Esplosione Galattica; il Cavaliere della Vergine, che si trova alla sesta casa, sopravvive all'attacco e risponde radendo al suolo la casa del Cancro con l'Abbandono dell'Oriente.

Alla prima casa Dokho e Shin si scontrano in una dura battaglia, ma il Maestro dei Cinque Picchi accusa l'avanzata età e non può combattere alla pari con l'avversario. Mentre anche Cristal e Andromeda raggiungono il Grande Tempio, Sirio giunge alla casa dell'Ariete per assistere il suo maestro. Sotto lo sguardo attonito dei presenti, Dokho compie un'incredibile trasformazione: dall'anziano guerriero di 261 anni, Libra torna ad essere il ragazzo che era al termine dell'ultima Guerra Sacra, 243 anni fa. Il maestro di Sirio ha infatti ricevuto da Atena il dono del Misopethamenos, grazie al quale il suo cuore ha iniziato a battere molto lentamente ed il suo organismo è in realtà invecchiato solamente di poche centinaia di giorni. Libra indossa la sua armatura d'oro e si confronta con Shin in un ultimo scambio di colpi: il duello non ha un vincitore e i cosmi dei due antichi guerrieri si annullano a vicenda.

Mur raggiunge la casa del Cancro, dove però non incontra Gemini, Aquarius e Capricorn. Il Cavaliere d'oro si imbatte invece in un gruppo di Specter guidati da Giganto, che si erano messi sulle tracce di Gemini e compagni. Quando sopraggiunge Pegasus, Giganto prosegue verso la quinta casa e lascia il posto a Papillon, un altro Specter con poteri molto particolari: egli sta completando una trasformazione e assume diverse forme, giungendo a rinchiudere Mur e Pegasus in due bozzoli. Mentre i due Cavalieri di Atena sono imprigionati, Cristal, Andromeda e Dragone superano la quarta casa senza incontrare ostacoli. Quando Mur e Pegasus riescono a liberarsi, Papillon ha assunto la sua forma definitiva, simile ad una farfalla gigante. La battaglia è affidata a Mur, che alla fine riesce a sconfiggere il nemico con l'Onda di Luce Stellare.

Gli Specter guidati da Giganto raggiungono la quinta casa, dove però vengono fermati da Ioria: il Cavaliere del Leone sconfigge cinque avversari, ma durante il combattimento nota che alcuni Specter possiedono un cosmo familiare. Ioria deve poi combattere contro Raimi, che riesce a immobilizzare il Cavaliere d'oro permettendo ai compagni di attraversare la quinta casa, ma che viene poi facilmente sconfitto. Mentre i Cavalieri di bronzo, ai quali si è aggregato anche Pegasus, giungono alla casa del Leone, Giganto e gli altri Specter entrano nella casa della Vergine, dove incontrano Virgo: l'"uomo più vicino ad Atena" si scontra con i seguaci di Ade e li attacca con le Ombre delle Tenebre, ma tre Cavalieri riescono a tenergli testa: Gemini, Aquarius e Capricorn si erano nascosti tra i guerrieri di Giganto e avevano indossato le surplici di altri tre Specter uccisi in precedenza. I tre ex Cavalieri d'oro ingaggiano una battaglia contro Virgo, che decide di aprire i suoi occhi.

Virgo muore, ma il suo spirito rimane al giardino degli alberi gemelli per scrivere le sue ultime parole su dei petali. Prima di abbandonare il mondo, lo spirito di Virgo indirizza i petali verso le stanze di Lady Isabel, che legge la parola Arayashiki scritta con il sangue e comprende la verità sul sacrificio di Virgo. Intanto, Gemini, Aquarius e Capricorn rientrano nella sesta casa, dove sono giunti Mur, Ioria, Scorpio, Pegasus, Cristal, Sirio e Andromeda. Pur di raggiungere il loro obiettivo, i tre Specter si preparano ad eseguire una seconda volta l'Urlo di Atena, per liberare la strada dalla presenza dei Cavalieri avversari. Tuttavia, per contrastare Gemini e compagni, Mur, Ioria e Scorpio decidono di lanciare a loro volta il colpo proibito: se due colpi di tale forza distruttiva collidono, la potenza sprigionata sarebbe sufficiente per radere al suolo tutte le dodici case. Ma i tre Specter e i tre Cavalieri d'oro non esitano e si attaccano a vicenda con l'Urlo di Atena.

Nel tentativo di evitare una catastrofe, Pegasus e compagni utilizzano le loro tecniche per deviare verso il cielo la grande massa di energia generata dai due Urli di Atena: i Cavalieri di bronzo, le cui armature assumono durante l'atto un riflesso dorato, scongiurano la distruzione delle dodici case e l'annientamento reciproco tra Cavalieri d'oro, riuscendo inoltre a salvarsi. A questo punto, Lady Isabel pone fine alle ostilità chiedendo a Mur, Ioria e Scorpio di condurre Gemini, Capricorn e Aquarius al suo cospetto. Presso la statua di Atena posta oltre le dodici case, Lady Isabel consegna a Gemini il pugnale con il quale, molti anni fa, il Cavaliere dei Gemelli tentò di assassinare la ragazza allora neonata: con l'ausilio del pugnale Gemini uccide Lady Isabel, su richiesta della stessa ragazza. Quando Pegasus e compagni giungono alla statua di Atena tutti i Cavalieri se ne sono andati, ma ecco che sopraggiunge Shin dell'Ariete: il maestro di Mur decide di rivelare la verità sul sacrificio di Atena.

Shin spiega a Pegasus e compagni che i Cavalieri d'oro riportati in vita da Ade non si sono realmente schierati dalla parte del signore degli Inferi: in realtà il compito di Gemini e degli altri Specter resuscitati è sempre stato quello di portare negli Inferi Atena, in modo che la dea della giustizia combattesse faccia a faccia contro Ade. Tuttavia, per non destare sospetti, gli ex Cavalieri d'oro hanno dovuto agire senza rivelare le loro vere intenzioni. Shin raccoglie il sangue di Lady Isabel caduto a terra e lo getta sulla statua di Atena: la grande scultura si riduce di dimensioni fino a poter essere afferrata con una mano. Il Cavaliere dell'Ariete rivela che la statua è l'armatura di Atena, che deve essere consegnata alla dea affinché la utilizzi nella lotta contro Ade. Prima che Pegasus e compagni si rechino al castello di Ade, da dove potranno raggiungere gli Inferi e aiutare Lady Isabel a sconfiggerne il signore, Shin bagna con il sangue di Atena le armature usurate dei Cavalieri di bronzo, riparandole e rendendole più potenti che mai. Nel frattempo, Gemini, Aquarius e Capricorn giungono al palazzo di Ade e minacciano Pandora, la sacerdotessa del signore degli Inferi, affinché li faccia entrare nel regno del dio; purtroppo però la vita provvisoria concessa ai Cavalieri resuscitati sta terminando e presto Gemini e compagni moriranno di nuovo. Intanto, anche Mur, Ioria e Scorpio sono giunti al castello di Ade e fronteggiano Rhadamante, che però riesce a tenere testa ai Cavalieri di Atena con sorprendente facilità, nonostante l'inferiorità numerica. Tuttavia, a salvare i Cavalieri d'oro giungono Pegasus, Sirio, Cristal e Andromeda.

Mur, Ioria e Scorpio si sacrificano per permettere ai Cavalieri di bronzo di raggiungere l'ingresso del regno di Ade. Sulla soglia degli Inferi, Pegasus e compagni incontrano Gemini, Capricorn e Aquarius morenti: le dodici ore di vita degli ex Cavalieri d'oro scadono e i corpi dei tre guerrieri si dissolvono davanti agli occhi dei Cavalieri di bronzo. In questo momento giunge Rhadamante, che dopo aver ucciso i Cavalieri d'oro vuole sconfiggere anche Pegasus e compagni: il Gigante degli Inferi mette a dura prova i Cavalieri di Atena, che però non si vogliono arrendere, in nome dei Cavalieri d'oro caduti in questa guerra. Pegasus, il cui cosmo diviene più forte che mai, si getta negli Inferi insieme a Rhadamante mentre il palazzo di Ade crolla, tanto forte è stata la furia distruttiva dello scontro. Intanto, al Grande Tempio Dokho saluta per l'ultima volta il suo antico compagno di battaglia Shin, il cui corpo si dissolve e la cui anima fa ritorno nell'oltretomba. Il Cavaliere della Bilancia si prepara a raggiungere gli Inferi insieme a Kanon.