Kapitein Burnham en de U.S.S. Discovery wordt gestuurd om een ​​mysterieus 800 jaar oud Romulan schip op te halen; totdat het artefact dat erin verborgen zit wordt gestolen, wat leidt tot een epische achtervolging. Ondertussen krijgt Saru de baan van haar leven aangeboden, en Tilly's pogingen om haar in een ingewikkeld web van geheimhouding te trekken.

Tijdens Saru's laatste missie als Captain Burnham's nummer één, waagt het team zich naar een schijnbaar verlaten planeet om op jacht te gaan naar wat misschien wel de grootste schat in de Melkweg is.

Op Trill moeten kapitein Burnham, Book en Culber een gevaarlijke test doorstaan om te bewijzen dat ze de volgende aanwijzing waardig zijn. Adira maakt opnieuw contact met Gray en Saru's eerste dag als ambassadeur wordt bemoeilijkt door zijn verloving met T'Rina.

Op weg naar de volgende aanwijzing, de U.S.S. De ontdekking wordt gesaboteerd door een mysterieus wapen, waardoor kapitein Burnham, Rayner en Stamets de enige bemanningsleden zijn die het schip mogelijk op tijd kunnen redden.

Kapitein Burnham en Book reizen door de extra dimensionale ruimte op zoek naar de volgende aanwijzing voor de locatie van de kracht van de Voorouders. Ondertussen voert Rayner zijn eerste missie uit als bevelhebber van de U.S.S. Discovery, en Culber stelt zich open voor Tilly.

Terwijl hij undercover is in een pre-warp-samenleving, wordt kapitein Burnham gedwongen te overwegen de Eerste Richtlijn te overtreden wanneer een lokale traditie Tilly's leven bedreigt. Ondertussen probeert Culber verbinding te maken met Stamets, en Adira komt naar voren als Rayner hen een positie op de brug toewijst.

Nu Moll en L'ak eindelijk in hechtenis zijn genomen, komt de Federatie in een diplomatieke en ethische vuurstorm terecht wanneer de Breen arriveren en eisen dat ze worden overgedragen. Ondertussen zoekt een gefrustreerd Boek naar manieren om te helpen terwijl Tilly, Adira en Reno de nieuwste aanwijzing proberen te ontcijferen.

Nadat Moll en de Breen een mysterieus bouwwerk hebben veroverd dat de kracht van de Progenitors bevat, moet kapitein Burnham een geheime missie leiden om het terug te halen voordat de Breen erachter komen hoe ze het kunnen gebruiken.

Trapped inside a mysterious alien portal that defies familiar rules of time, space, and gravity, Captain Burnham must fight Moll – and the environment itself – in order to locate the Progenitors' technology and secure it for the Federation. Meanwhile, Book puts himself in harm's way to help Burnham survive and Rayner leads the U.S.S. Discovery in an epic winner-takes-all battle against Breen forces.