U.S.S.ディスカバリーは見知らぬ氷の惑星に不時着する。乗員たちは船の修理を急ぐ。バーナムが見つかることを期待して、サルーとティリーは危険な初探索に乗り出す。

バーナムとU.S.S.ディスカバリーの面々はついに再会を果たす。自分たちがいない間に何があったのか探るため、一行は地球へと進路を向ける。

アディラの記憶に隠された秘密を解き明かすため、バーナムは彼女を連れてトリル星を訪れる。一方、U.S.S.ディスカバリーでは、サルーが乗員たちの絆を深めようとしていた。ところが思わぬ事実が発覚し…

U.S.S.ディスカバリーの面々はこの時代の宇宙艦隊および惑星連邦と接触を果たすが、相手は一向に話を信用しない。930年前の宇宙艦とその乗員たちは、この新たな未来に必要なのはまさに自分たちの存在であることを証明しなければならない。

クリーブランド・ブッカーのメッセージが届いたことから、命令に背いてジョージャウと捜索に向かうバーナム。彼は「大火」で失われた宇宙船のブラックボックスを探しに行ったという。これが見つかれば、「大火」の原因解明が進むと思われるのだが…

ディスカバリーの乗員としての立場だけでなく、艦隊内での立場さえますます怪しくなってきたバーナムだが、自分が連邦とバルカン人を結ぶ架け橋の役割を担っていることに気づく。バルカン人は100年以上前に連邦から脱退したが、大火の原因究明に役立つと思われる重要な情報を今も保有しており…

ディスカバリーの乗員としての立場だけでなく、艦隊内での立場さえますます怪しくなってきたバーナムだが、自分が連邦とバルカン人を結ぶ架け橋の役割を担っていることに気づく。バルカン人は100年以上前に連邦から脱退したが、大火の原因究明に役立つと思われる重要な情報を今も保有しており…

ジョージャウの不調がいよいよ深刻化する。ディスカバリーは治療法を探して銀河の果てに向かう。辺境の星での発見はジョージャウをさらに遠くへと導く。そこは彼女のよく知る場所でありながら、彼女にとって異質なものになりつつあった。

フィリッパ・ジョージャウは、自分に対する反乱の機運がいかに根深いかを思い知り、自分の個人的な旅が終わりにはほど遠いことを悟る。

ディスカバリーはヴェルビン星雲に向かう。調査のために下船したバーナム、サルー、カルバーの3人は、大火の原因について衝撃的な事実を知る。一方、星雲の外で待機していた乗員たちに思わぬ危険が迫る。

U.S.S.ディスカバリー号を捕獲した後、オサイラーはヴァンス提督との会談を求める。一方、バーナムと乗員たちは、船の支配を取り戻すため圧倒的に不利な困難に挑む。

シーズン最終話となるエピソード。エメラルド・チェーンが一段と支配を強め、大火の謎がついに明かされる。バーナムと乗員たちは、自分たちの命を守るt同時に、連邦を救う最後のチャンスに賭ける。