은하계에서 일어난 긴급사태. 위험한 폭발이 곳곳에서 감지된다. 이를 조사하라는 스타플릿의 명령을 받은 크리스토퍼 파이크 선장. 디스커버리에 승선해 지휘를 맡는다.

먼 행성으로부터 메시지를 받는 디스커버리호. 그곳에는 수 세기 전 지구를 휩쓴 전쟁에서 살아남은 인간들의 후손이 살고있다. 그들은 어떻게 이곳에 정착했을까.

대혼란을 겪는 클링온 고향별에 나타난 미스터리의 스타플릿 요원. 과연 그의 정체와 목적은 무엇일까. 한편, 마이클 버넘은 의문을 가득 품은 가족의 방문을 받는다.

자신에게 적의를 품은 존재에게 붙들린 틸리, 몸에 이상한 징후를 느끼는 사루. 대원들이 시련을 겪는 와중에, 낯선 구체에 휩쓸리는 디스커버리호의 혼란은 가중된다.

스타메츠의 노력에도 불구하고, 여전히 균사망에 시달리는 틸리. 그녀를 구하기 위해 디스커버리호는 위험한 도전을 시도한다. 섹션 31의 옛 동료들도 힘을 더한다.

사루의 고향, 카미나 근처에서 붉은 신호가 나타난다. 탐사를 위해 오랜만에 고향을 찾은 사루. 하지만 반가운 만남도 잠시, 그곳을 지배하는 바울의 위협에 동요한다.

버넘은 스팍에 대해 알아내기 위해 벌컨으로 간다. 이때, 시간이 왜곡되는 현상을 겪는 디스커버리호. 이를 조사하는 파이크 선장은 타일러와 협력하는 게 영 마뜩잖다.

그곳에 가면 동생의 정신 건강에 도움이 될까? 버넘은 제한 구역인 탈로스 4로 스팍을 데려간다. 도망친 두 사람을 지키려는 파이크 선장은 섹션 31의 명령을 거역한다.

비밀리에 디스커버리호에 온 콘웰 제독. 섹션 31의 리더를 체포하기 위해, 파이크 선장에게 도움을 요청한다. 스팍은 왜 붉은 천사가 자신을 선택했는지 알고 싶어 한다.

붉은 천사의 근원에 대한 충격적인 사실이 밝혀진다. 결정적 단서를 바탕으로, 천사를 붙잡을 전략을 세우는 디스커버리호. 하지만 자칫하면 마이클의 목숨이 위험해진다.

붉은 천사에 얽힌 비밀을 알게 된 마이클. 하지만 믿을 수 없는 사실에 가까이 다가갈수록, 더 큰 의문이 생긴다. 혼란에 빠진 그녀는 해답을 찾기 위해 선을 넘는다.

새로운 신호를 따라, 직접 클링온 행성인 보레스로 떠난 파이크 선장. 그는 시간을 관리하는 성스러운 곳에서 희귀 광물을 얻지만, 충격적인 진실 또한 마주한다.

섹션 31의 함선이 접근해오자, 디스커버리호를 떠나는 승무원들. 이제 데이터를 지킬 수 있을까? 예상 밖의 사태를 파악한 마이클은 마지막일지도 모르는 임무를 제안한다.

시간 여행을 위한 슈트 제작에 박차를 가하는 디스커버리호. 하지만 이를 방해하는 세력의 기세가 매섭다. 중대한 임무를 완수하기 위해, 마이클과 스팍은 손을 맞잡는다.