Försteofficer Michael Burnham motsätter sig sin kaptens fredliga inställning när besättningen på skeppet U.S.S. Shenzhou stöter på potentiella fiender.

När skeppet attackeras lyckas Burnham fly och ansluter sig till kaptenen i en djärv plan för att stoppa en strid som snabbt håller på att utvecklas till krig.

Michaels skepp stoppas av kapten Gabriel Lorca på det mystiska U.S.S. Discovery, som beordrar henne att ansluta sig till ett farligt uppdrag.

Voq ställs inför en svår utmaning i jakten på T’Kuvmas planer, samtidigt som Michael upptäcker en möjlig lösning på skeppets problem med framdrivningen.

När Lorca kidnappas av klingonerna och spärras in tillsammans med en excentrisk cellkamrat får Discovery i uppdrag att rädda honom, trots Michaels tvivel.

Michael använder sin förbindelse till Sarek för att hitta honom när han skadas vid ett mordförsök, medan Lorca tar emot en oväntad besökare.

Ett bekant ansikte från det klingonska fängelseskeppet attackerar Discovery, med avsikten att överlämna skeppet till Lorcas och löjtnant Tylers kidnappare.

Michael, Ash och Saru utforskar en planet med unika kommunikationsegenskaper, medan Lorca ger sig ut i strid och amiral Cornwell försöker fly.

Lorca ignorerar en direkt order och skickar Burnham och Tyler att ta sig ombord på fiendens flaggskepp och åsidosätta klingonernas osynlighetssystem.

Tyler kämpar mot posttraumatisk stress medan ett tekniskt missöde gör att Discovery strandar i ett alternativt universum där många roller är ombytta.

Tilly föreslår en radikal lösning för att rädda Stamets, medan Michael trotsar kejsaren och kontaktar den gåtfulle ledaren för ett gömt rebelläger.

Stamets är fast i mycelnätet, där han stöter på ett par bekanta ansikten, medan Michael brottas med motstridiga känslor vid sitt möte med kejsaren.

När Lorcas verkliga avsikter avslöjas manar han till uppror på kejsarens skepp, och Michael slits mellan sina gamla befälhavare.

Discoverys besättning lyckas ta sig hem, där de får veta att federationen håller på att förlora kriget mot klingonerna, och att de måste smida nya, desperata planer.

Stjärnflottan inleder en riskabel operation i klingonernas hemvärld som kan ge dem segern i kriget, men Michael drabbas av moraliska betänkligheter.