미지의 물체와 마주친 행성연방 우주선 USS 선저우. 일등 항해사 마이클 버넘이 홀로 그 물체를 조사하러 나간다. 그리고 목격한 충격적인 진실. 선택의 순간이 다가온다.

클링온의 포화에 둘러싸인 USS 선저우 호. 구금실에서 탈출한 버넘은 선장과 합류해 무모하리만치 과감한 전술을 택한다. 눈앞에 닥쳐온 전쟁, 그 시작을 막기 위해.

마이클이 탑승한 셔틀에 문제가 생긴다. 표류 직전에 나타난 USS 디스커버리. 마이클은 그 함선의 비밀을 감지하고, 선장 로르카의 명으로 위험한 임무에 합류한다.

티쿠브마의 뜻을 이으려는 보크. 하지만 탈출할 가망 없는 난관이 계속되면서 강력한 도전자가 나타난다. 마이클은 함선의 문제를 해결할 만한 방법을 찾아낸다.

클링온이 로르카 선장을 납치한다. 이상한 녀석과 감방에 갇힌 선장. 임시로 디스커버리 지휘를 맡은 사루는 구조 작전을 펼치려 하지만, 마이클은 마음에 걸리는 게 있다.

암살 기도로 중상을 입은 사렉. 사렉과 영혼이 연결된 마이클은 그가 어디 있는지 알아내려 하지만 먼저 넘어야 할 장애물이 있다. 로르카는 뜻밖의 손님을 상대한다.

클링온의 신기술 때문에 전세가 불리해진다. 역전의 책임을 맡은 로르카. 마이클과 타일러, 사루는 독특한 소통 방식이 존재하는 행성을 탐사하며 그 비밀에 다가간다.

디스커버리에 내려진 퇴각 명령. 하지만 로르카는 그에 저항한다. 클링온의 비밀을 밝혀내기 위해, 수많은 생명을 구하기 위해. 그리고 버넘과 타일러가 적선에 잠입한다.

포자 드라이브의 오작동으로 평행 우주에 고립된 디스커버리. 어떻게 하면 살아남아 집으로 돌아갈 수 있을까. 그 위기의 순간에, 타일러는 고문의 후유증에 시달린다.

스타메츠를 깨워야 한다! 그의 치료를 맡아 다소 위험한 방법을 시도하는 틸리. 신분을 위장하고 잠입한 마이클은 반란군의 정보를 얻기 위해 황제의 명령을 거역한다.

마침내 황제와 대면한 마이클. 경악과 슬픔, 복잡한 감정의 소용돌이 속에서도 그녀는 자신을 추슬러야 한다. 균사망에 갇힌 스타메츠는 낯익은 얼굴들을 만난다.

드디어 속내를 드러내는 로르카. 그리고 황제를 겨냥한 반란이 시작된다. 마이클은 누구를 선택해야 할까. 고뇌와 갈등 속에서도 그녀는 디스커버리를 구하고자 한다.

마침내 고향으로 돌아온 디스커버리호와 승무원들. 그사이 연방 우주는 클링온에 패전을 거듭하며 열세에 몰려 있다. 모든 것을 잃을 위기. 새로운 전술을 찾아야 한다.

이제 전쟁을 끝낸다. 위험한 임무를 띠고 클링온의 고향에 잠입하려는 디스커버리의 대원들. 하지만 마이클은 의문을 떨치지 못한다. 스타플릿의 대의는 어찌한단 말인가.