Ricollegandosi con il termine della seconda serie di Daredevil, Frank Castle (ormai noto come il Punitore) giustizia l'ultimo esponente del cartello messicano e l'ultimo irlandese coinvolti nella sparatoria con la polizia che causò la morte della sua famiglia. Ma questo capitolo della sua vita non lo ha abbandonato. Dopo aver inscenato la sua morte per non essere ricercato dalla polizia Frank vive con una nuova identità: ora è Pete Castiglione, un uomo logorato che vive ai margini della società tormentato dai ricordi della sua famiglia scomparsa. Scarica la sua rabbia per la perdita della sua famiglia lavorando come muratore in un cantiere di New York dove subisce soprusi schernenti dai colleghi muratori e ai quali con fatica riesce a trattenersi. Frequenta di rado un circolo di ex militari/marine veterani che cercano ribalta, tra i quali vi è anche Curtis Hoyle, un ex membro della marina che conosce la sua identità e che gli rammenta che ora ha una nuova vita e deve lasciarsi il passato alle spalle.

Mentre si trova in un diner di Hell's Kitchen Frank viene contattato dall'uomo misterioso che si fa chiamare Micro. L'uomo sostiene di conoscere la storia di Frank, la sua vera identità e che anche lui è un "fantasma". Dopo chiede aiuto a Frank, ma lui non si fida e prova a intercettarlo: l'uomo si dimostra astuto e sfugge, facendogli però ritrovare un telefono cellulare per ricontattarlo in seguito. Frank riceve da Micro inoltre un dischetto con un filmato in cui dei soldati americani col volto coperto torturano e infine uccidono un uomo in Afghanistan: questa cosa sconvolge e preoccupa Frank che si rivolge all'amica Karen Page (che lo aveva aiutato nella sua fuga durante la faccenda con Daredevil) e alle sue abilità di giornalista del Bulletin in cerca di aiuto per tentare di scoprire chi è che lo perseguita.

Frank non si fida di Micro e in via precauzionale lo lega nudo a una sedia e inizia a interrogarlo. Durante l'interrogatorio scatta periodicamente un countdown di 3 minuti che Micro deve prontamente disattivare con password e scansione oculare altrimenti, a detta sua, il rifugio esploderebbe. Dopo il secondo countdown, Frank si insospettisce di più in quanto non ha trovato alcun ordigno nel nascondiglio: Micro confessa che è vero ma poi Frank è costretto ad ascoltarlo in quanto gli rivela di averlo filmato di nascosto e se non gli consente di disattivare periodicamente i countdown, il filmato farà il giro del mondo rivelando che non solo sono ancora vivi, ma che se non si fida di lui e lo uccide peggiorerà la situazione perché andrà in mondovisione.

Intenzionato a ottenere armi per avere speranze di poter trovare l'agente "Orange", su intercettazione di Micro, Frank cerca di dirottare un rifornimento d'armi diretto a Turk Barrett (un trafficante d'armi di poco conto di Hell's Kitchen che spesso è stato informatore sia di Daredevil che di Luke Cage) solo per scoprire dall'uomo che una gang di greci è giù riuscito ad appropriarsi del carico. Successivamente, mentre Frank cerca ancora questo carico, estende la sua relazione sempre di più con la famiglia di Micro.

Dinah resiste agli interrogatori psicologici della Homeland Security e non rivela che Frank Castle è ancora vivo, come anche il fatto che è stato lui a sabotare la loro operazione di intercettazione di armi al molo. Rivela tutto soltanto al partner Sam Stein, al quale chiede di mantenere il segreto fin quando non scoprirà nulla di nuovo. Allo stesso tempo chiede anche di aiutarlo a rintracciare tutti gli ex commilitoni di Castle ai tempi di Kandahar, tra i quali vi è anche un certo Gunner Henderson.

Micro si rivolge a Curtis Hoyle per salvare la vita a Frank, così Curtis cura la ferita di Frank, anche se poi quest'ultimo accusa Micro per quella situazione e per aver coinvolto Frank in quella brutta storia. Durante il periodo di recupero, Micro e Frank stringono la loro relazione e si fidano sempre più l'uno dell'altro, anche soprattutto grazie a quest'ultimo che visita spesso la moglie di Micro dando a quest'ultimo la possibilità di osservare la moglie con le telecamere nascoste in casa e sapere il suo stato d'animo.

Billy fa il doppio gioco con Dinah: le dice di non avere trovato Frank e che crede sia ancora morto secondo delle sue fonti. Successivamente Dinah capisce che nel suo ufficio alla Homeland Security deve esserci una cimice nascosta, poiché Gunner Henderson era stato ucciso proprio il giorno dopo che lei e il partner Sam Stein lo avevano nominato in ufficio riguardo l'indagine.

Billy fa visita a una donna tenuta in costante stato di paralisi farmacologica in una casa di cura: quella donna è sua madre, nessuno sa che è viva e vuole fargliela pagare per averlo abbandonato da piccolo presso una casa famiglia, dimostrando ulteriormente l'animo perverso che Billy ha.

Dinah è in grave lutto per la perdita di Sam, ritenendosi colpevole per quanti gli è accaduto. Non vuole andare al funerale, né tornare al lavoro. Mentre Frank e Micro la osservano a distanza nella sua abitazione per scoprire il momento migliore per parlarle in privato, tre bombe esplodono a New York uccidendo 14 persone e ferendone 37.

L'episodio ruota attorno agli interrogatori svolti dal detective Brett Mahoney (lo stesso detective che già aveva collaborato con Daredevil nell'indagine su The Punisher) nei confronti di Karen Page, Dinah Madani, Billy Russo e il senatore Ori per determinare la corretta sequenza degli eventi che hanno portato al tentato omicidio del senatore. Ogni interrogato racconta l'accaduto da punti di vista radicalmente differenti, cosicché tramite i flashback di ciascuno la storia viene completata e spiegata.

Dinah, assieme al suo mentore della Homeland Ravi Hernandez, incontra il vice direttore della CIA Marion James (a cui fa capo Rawlins) e rivela alla donna che sanno di come Rawlins sia implicato in Kandahar e che c'entri anche con l'omicidio di Sam Stein a New York, come pure che hanno il video come prova schiacciante.

Dinah registra in via ufficiale Frank e Micro mentre raccontano tutto per utilizzare le loro testimonianze contro Rawlins, progettando di darle al vice direttore della CIA Marion James. Poi, d'accordo con la Homeland Security, si recano regolarmente al punto di scambio dove trovano Sara e Zach con delle taniche di benzina legate alla schiena.

Mentre la Homeland Security fallisce un tentativo di catturare Russo (che uccide tutti e fa esplodere casa sua), Dinah porta da suo padre un Frank in gravissime condizioni e lì viene curato, dopodiché lo lascia libero di andare senza arrestarlo. David (ovvero Micro) dona a Frank una cospicua somma di denaro sottratta dai conti correnti di alcuni criminali tramite hacking per ringraziarlo di tutto. Il giorno dopo Dinah presenta il video di Kandahar al vice direttore della CIA Marion James e mente dicendo che in realtà Frank è riuscito a liberarsi di lei e a fuggire.