Mac e il team si infiltrano in un hotel affascinante utilizzato come nascondiglio internazionale per i criminali per trovare una donna con informazioni vitali sulla Codex. Tuttavia, il loro obiettivo ha una nuova identità segreta, incluso un volto completamente nuovo.

Quando l'ex protetto di Taylor viene ucciso mentre impedisce a un'arma biologica di cadere nelle mani sbagliate, Mac e il team devono trovare l'arma in modo che Desi possa portarne a termine il furto prima che venga venduta all'asta a una cellula terroristica.

Quando Russ viene rapito, Mac e la squadra devono far evadere di prigione uno psicopatico precedentemente omicida, ora pacifista, per farsi aiutare a trovarlo. Inoltre, mentre sono in fuga, Mac e Desi sono costretti ad affrontare i loro problemi di relazione.

L'incontro di Mac con i genitori di Desi va di traverso quando il fratello di quest'ultima si trova nei guai e ha un disperato bisogno del loro aiuto. Inoltre, Russ e Matty devono chiedere aiuto a una vecchia nemesi quando il loro nuovo candidato al reclutamento è vittima di un tentativo di rapimento.

Il corpo di Jack Dalton viene riportato negli Stati Uniti dopo che è stato ucciso a Zagabria mentre inseguiva il terrorista internazionale Tiberius Kovac.

Il trattamento sperimentale segreto del cancro che Mac sta sviluppando con un'amica viene scoperto quando i colpevoli saccheggiano il loro laboratorio, rapiscono Frankie e pianificano di utilizzare la ricerca per creare un nuovo potente agente nervino.

Mac e il team si precipitano ad aiutare quando l'ex mentore di Matty, Ian Cain e il suo staff dell'ambasciata si ammalano di una malattia mortale e misteriosa. Inoltre, Taylor e Bozer lavorano con Jerry Ortega per infiltrarsi in una cella del Codex.

Quando Mac e il team non sono in grado di impedire che le informazioni del Dipartimento della Difesa cadano nelle mani della Codex, Mac deve scalare un dirupo verticale usando soltanto l'equipaggiamento che può mettere insieme da solo per impedire la trasmissione delle informazioni.

Durante una missione per dare la caccia a un leader della Codex, Mac e il team scoprono che Murdoc ha violato le loro comunicazioni e le ha registrate per mesi. Ora, Mac e il team devono fermare Murdoc, che sta lavorando con Andrews, mentre complottano per uccidere migliaia di persone e rivelare i segreti di ogni membro della Fenice.

Quando il leader di un gruppo di combattenti per la libertà nella Repubblica Serba di Bosnia ed Erzegovina scompare, Mac e Riley si dirigono lì per trovarlo, ma vengono a conoscenza di un grande sindacato clandestino che usa la nanotecnologia per tracciare i manifestanti. Nel mentre, Russ lavora per disabilitare il software di tracciamento sviluppato da un ex professore dell'MI6 incontrato in passato.

Mac, Desi e Russ partecipano sotto copertura a un matrimonio reale indiano per proteggere una principessa le cui campagne sono osteggiate da più gruppi. Mentre sono lì, Russ si imbatte in Sofia e la incalza sul perché se ne sia andata improvvisamente quando sono stati messi in quarantena.

Mentre Mac e il team si addentrano nel mondo della cultura automobilistica italiana per rintracciare un boss del crimine nascosto, Mac deve contare su Desi quando scopre che lui perde la capacità di controllare le sue mani. Inoltre, Mac e Desi vanno a convivere e Riley rivela la verità sulla sua squadra segreta di hacker a Russ.

Mac e Desi si mettono in viaggio con Bozer per raggiungere la sua casa d'infanzia quando sua zia muore in un tragico incidente. Tuttavia, scoprono presto che potrebbe essere stata uccisa per aver tentato di portare alla luce la contaminazione dell'acqua della città. Inoltre, Riley, Matty e Russ continuano a seguire gli indizi sulla loro indagine sui nano-tracker.

Quando Mac e Riley scompaiono e si svegliano 24 ore dopo in un campo di grano senza alcun ricordo di come siano arrivati lì, devono svelare il mistero per scoprire chi li ha rapiti e come sbarazzarsi dei nanobot nei loro corpi.