עונה חמישית לדרמת המתח וההרפתקאות. אנגוס "מק" מק'גייוור, מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד לפתור בעיות בדרכים לא קונבנציוניליות.

דיפלומט גרמני שעומד למכור נשק ביולוגי לארגון טרור רוצח סוכנת של שירות הביון הבריטי שהייתה בת טיפוחיו של ראס. הצוות נעזר בגנבת אמנות כדי למנוע את המכירה, להציל מיליונים ולנקום על מות הסוכנת.

טיילור נחטף, ובתמורה לשחרורו דורשים החוטפים פושע מלחמה ממלחמת וייטנאם שיושב בכלא מ-1985. דזי ומק יוצאים להבריח אותו מהכלא, ואז מתברר שהחוטף הוא למעשה לילנד, שמנסה לשקם את קודקס.

מאטי וראס מנסים לשכנע גאון צעיר להצטרף לפניקס. לפתע הוא כמעט נחטף מול עיניהם, והם מנסים לברר מי רודף אחריו. דזי מפגישה את מק עם משפחתה, ושניהם חושדים שאחיה הסתבך בצרות ומנסים לברר במה מדובר.

ג'ק נהרג במהלך המרדף אחר הטרוריסט הרצחני ביותר בעולם, טיבריוס קובאק. לאחר מותו מק מקבל ממנו גלויה, והיא מובילה את הצוות לקרואטיה על פי רמזים שג'ק הותיר להם שם, כדי לנקום את מותו.

מק ופרנקי עובדים בסתר על מחקר למציאת תרופה לסרטן בעזרת ארס של נחש נדיר, אבל אז מישהו פורץ למעבדה וחוטף את פרנקי. חברי הצוות מנסים להציל אותה ונקלעים לתסבוכת גדולה בהרבה משחשבו בתחילה.

המנטור של מאטי בסי-איי-איי שולח לה אס-או-אס שמוביל את הצוות לסלובניה. בסלובניה הם מגלים שכל צוות הסי-איי-איי לקה במחלה מסתורית. ג'רי מ"הוואי חמש-אפס" מופיע לפתע בפניקס ומוסר מידע על קודקס.

הצוות נשלח לאוזבקיסטן, לחלץ בלדר של משרד ההגנה שמוביל כונן שיש בו מידע מסווג ואבד הקשר איתו. כל מה שיכול להשתבש באמת משתבש, ומק נאלץ להתמודד עם הפחד הגדול ביותר שלו כדי להציל את המצב.

טיילור חושף הודעה שנשלחה מגורם עלום במקסיקו סיטי לכל מפקדי התאים של קודקס בעולם, ושולח את הצוות לגלות מי שלח אותה. אבל כשהם מגיעים לשם מק מגלה שהשולח הוא יריב ותיק שמנסה לנקום בו.

מק וריילי נשלחים לסייע למפגינים נגד דיקטטורה שמנהיגיהם נעלמים לפתע, ומגלים שהושתלו בהם שבבים שפיתח מדען שראס עצר לפני 20 שנה. בזמן שהם נסים על חייהם ראס מנסה להשיג מידע מהמדען.

הצוות נשלח להודו לאבטח בחשאי את חתונת בתו של מלך ביקאנר ובנו של ראש ממשלת בריטניה, לאחר שמתקבלים איומים על חיי הנסיכה. החתונה גורמת לדזי לחשוף בפני מק סוד חשוב מאוד.

מק ודזי טסים לאיטליה כדי למצוא בוס מאפיה שנעלם לפני 15 שנה, ומגלים שהם לא היחידים שמחפשים אותו. במקביל שאר הצוות חוקר את תופעות הלוואי של השבבים, בלי לדעת שמק כבר סובל מהן.

מק ובוזר חוזרים לעיר הולדתם לאחר מותה של קרובת משפחה בתאונת דרכים, אבל הם מתחילים לחשוד שהיא נרצחה ומחליטים לחקור. ריילי ממשיכה לחקור לגבי השבבים בחברת תרופות מפוקפקת.

מק וריילי נעלמים, וכשהם נמצאים זכרונם נמחק כחלק מתוכנית מחרידה שמאחוריה עומד גורם בלתי צפוי.