MI6-agenten Russ Taylor kallar in de forna medlemmar från Phoenix Foundation-rörelsen på ett uppdrag. Tillsammans måste de lokalisera ett kärnvapen som de misstänker ska användas i en attack mot USA men tiden är knapp.

Försvarsministeriets general John Acosta vänder sig till MacGyver för hjälp. Acosta hävdar att han behöver hjälp med att stjäla hemlighetsstämplat material för att visa på säkerhetsbrister men det visar sig snabbt finnas en dold agenda.

Läget är kritiskt när MacGyver och hans kollegor hoppar på ett plan för att komma till ett uppdrag. Mitt under flygningen får kaptenen en hjärttack och det visar sig senare att det inte var en olyckshändelse.

En byggnad har kollapsat i Tyskland och dödssiffran beräknas bli hög. MacGyver gör sitt yttersta för att rädda överlevande men mitt under arbetet upptäcker han ett nytt säkerhetshot bland spillrorna - en odetonerad bomb.

Desi har tröttnat på den växande matfixnings-kulturen. För att få stopp på de olagliga aktiviteterna försöker han under täckmantel infiltrera ett fotbollslag för att få kännedom om vem av spelarna som inte kör ett rent spel.

MacGyver och Desi har en spännande kväll framför sig, de ska på dubbeldejt. Kvällen slutar dock inte som förväntat när ett mord sker på restaurangen. Jakten på mördaren är igång men frågan är om de är för sent ute.

Läget är kritiskt när en bomb är nära på att slå ut hela övervakningsteamet. MacGyver rekryteras för att lokalisera den misstänkte men det visar sig att de blivit lurade. Frågan är om ett nytt samarbete kan få rättvisan att skipas.

Samtidigt som MacGyvers vänner försöker stötta honom i sorgen tar en grupp kriminella kontroll över Los Angeles elnät. Hela staden släcks ner och det gäller att teamet knäcker koden innan fler brott begås.

Efter flera slitsamma veckor landar MacGyvers drömuppdrag på hans bord. Teamet letar efter bevis för att få stopp på Codex och det innebär att MacGyver får besöka Teslas laboratorium. Men besöket blir långt ifrån lika spännande som han hoppats.

Jakten för att få stopp på Codex fortsätter. MacGyver placeras under täckmantel i en fängelsecell tillsammans med en av Codex ledare. Planen är att vinna hans förtroende men det visar sig kräva vissa personliga uppoffringar.

Phoenix-teamet går en mörk framtid till mötes. Gwen har satt galler i huvudet på MacGayver, vilket får honom att fatta ett ogenomtänkt beslut. Matty och Russ är utom sig av oro och bestämmer sig för att besöka Vita Huset.

MI6-agenten Russ Taylor kallar in de forna medlemmarna från Phoenix Foundation-rörelsen på ett uppdrag. Tillsammans måste de lokalisera ett kärnvapen som misstänks ska användas i en attack mot USA men tiden är knapp.