Russ Taylor, który był dawniej pracownikiem MI6, werbuje do współpracy członków fundacji "Feniks". Z pomocą Maca, Rileya, Bozera, Matty i Desi musi odnaleźć broń biologiczną, która ma zostać użyta przez tajemniczą organizację do przeprowadzenia ataku na jedno z większych miast w Stanach Zjednoczonych.

Generał powierza fundacji Feniks ważne zdanie. Jej członkowie mają przetestować zabezpieczenia laboratorium wojskowego i spróbować ukraść z niego nowoczesny chip.

Pilot samolotu dostaje zawału. Ekipa Angusa musi w trakcie lotu dostać się do środka maszyny. Wkrótce okazuje się, że sytuacja mogła zostać sfingowana.

Angus wykonuje misję w Niemczech. Ratuje tam ocalałych ze zniszczonego budynku. Okazuje się, że pod zgliszczami znajduje się odkryta niezdetonowana bomba z czasów II wojny światowej.

Desi inwigiluje organizację piłkarską, która dopuszcza się ustawiania meczów. Zamierza poznać tożsamość skorumpowanego zawodnika, który pracuje dla oszustów.

Mac i Desi wybierają się na podwójną randkę. W jej trakcie widzą, jak dochodzi do morderstwa. Rozpoczyna się obława na sprawcę. Tymczasem Riley stara się ukryć przed ukochanym prawdę o swojej pracy.

Oversight niemal zostaje zabity w trakcie wybuchu bomby. MacGyver rozpoczyna poszukiwania zamachowca.

Hakerzy przejmują kontrolę nad zasilaniem w całym Los Angeles. Angus oraz jego współpracownicy ustalają, że w ataku posłużono się kodem programistycznym, który przed laty napisała Riley.

W ramach kolejnej misji Mac zostaje wprowadzony w stan świadomego snu. Umożliwia mu to przypomnienie sobie ważnych dowodów z tajnego laboratorium Nikoli Tesli, które mogłyby powstrzymać Codex.

Mac zostaje umieszczony w jednym pomieszczeniu z ważnym członkiem Codexu, znanym jako Kupiec. Musi zdobyć jego zaufanie, aby dowiedzieć się, jakie są dalsze plany działań organizacji.

Ciotka MacGyvera opowiada mu o rodzinie oraz więzach krwi. Udaje jej się przekonać Angusa i Riley, aby wstąpili do organizacji Codex. Matty i Russ pozostają nieufni względem Codexu i powiadamiają o tym służby Białego Domu.

Russ, Desi i reszta ekipy próbują powstrzymać członków Codeksu przed detonacją bomby. Misja Maca i Riley zostaje przerwana. Wychodzi na jaw prawdziwy powód, dla którego Russ kupił Fundację Feniks.