עונה רביעית לדרמת המתח וההרפתקאות. אנגוס "מק" מק'גייוור, מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד לפתור בעיות בדרכים לא קונבנציוניליות.

הגנרל ג'ון אקוסטה, ידיד ותיק של טיילור, מבקש ממנו לגנוב פרויקט סודי ממעבדה צבאית כדי לבחון את אבטחתו בתמורה לשחזור הסיווג של הצוות. אבל לאחר שחברי הצוות עומדים במשימה, הם מגלים שזה לא סוף הסיפור.

בטיסה חזרה ממבצע, נתקל הצוות במטוס קל שהטייס שלו איבד את ההכרה ובנו נמצא עמו במטוס שטס על טייס אוטומטי. הם צריכים למצוא דרך לעבור מהמטוס של פניקס למטוס הקל, לנסות להציל את האבא ולהנחית את המטוס בשלום.

הצוות טס לגרמניה לסייע בחילוץ לכודים בפיצוץ מסתורי בבניין, ומתברר שהסיבה לפיצוץ היא פצצה אמריקאית שהוטלה במלחמת העולם השניה ולא התפוצצה. האירועים מזכירים לדזי חילוץ שבו היא סייעה בעיראק ב-2017.

טיילור עולה על תרמית הימורי כדורגל של קודקס באיטליה, שבעזרתה הם מממנים פיגועים. דזי מתחזה לשחקנית כדורגל כדי לגלות איך מתבצעת התרמית, לתפוס את מי שעומד מאחוריה ולמנוע את הפיגוע הבא.

מק ודזי יוצאים לדייט כפול עם ריילי ואוברי. מובן שאסור להם לחשוף בפני אוברי את זהותם האמיתית, ולכן הם צריכים להיות כמה שיותר נורמליים, אך במסעדה קורים דברים חשודים שהם לא יכולים להתעלם מהם.

עקבות פיגוע בבניין פדרלי מובילים למייסון. מק ואביו יוצאים בעקבותיו, אבל לפתע ניתק הקשר בינם לבין פניקס. בכיר בסי-איי-איי מופיע בפניקס ודורש ממאטי להפסיק את המבצע ולמסור לו פרטים על תיקייה 47.

האקר מסתורי משתלט על רשת החשמל של לוס אנג'לס וגורם להפסקת חשמל בכל המחוז. כשריילי חוקרת את התוכנה היא מגלה שהיא כתבה אותה לפני 7 שנים. עכשיו עליה לנסות למנוע מיציר כפיה להמיט אסון.

המספרים שהמבקר הותיר למק מובילים לבית שהיה שייך לטסלה, ושם מק מוצא מפה שמובילה לנשק-על שטסלה בנה. משהו במפה מוזר, ולפני שמק מספיק להבין מה, הוא נתקל בבעיה.

הסוחר עצור בפניקס, אבל הם לא יודעים איך לגרום לו למסור להם מידע על קודקס. טיילור בונה עבורו כלא מזויף, ומק מעמיד פנים שערק מפניקס וששניהם כלואים בסין, כדי להתיידד עם הסוחר ולרכוש את אמונו.

טיילור ומאטי מבינים שהם לא מסוגלים להתמודד לבד עם קודקס. הם מבקשים את עזרת הממשל ומקבלים אותה. מק מבין שטיילור לא יבחל בשום אמצעי כדי לחסל את קודקס, ומקבל החלטה המשפיעה על כל חבריו בפניקס.

פרק סיום העונה. מק וריילי מעמידים פנים שהם מאמינים במטרה של קודקס יוצאים עם אנשי קודקס לממש את תוכניתם ההרסנית בלי לדעת מה התוכנית ואיך אפשר למנוע אותה. טיילור ודזי,הרואים בהם בוגדים, מנסים לעצור אותם.