Ένας πρώην πράκτορας των Βρετανικών Μυστικών Υπηρεσιών στρατολογεί μέλη του ιδρύματος Φίνιξ για να εντοπίσουν ένα βιολογικό όπλο, σε μια προσπάθεια αποτροπής της τρομοκρατικής επίθεσης που σχεδιάζει μια μυστηριώδης οργάνωση.

Ο στρατηγός του Υπουργείου Αμύνης Τζον Ακόστα αναθέτει στον Μαγκάιβερ να διαρρήξει ένα εργαστήριο όπλων, προκειμένου να εντοπίσει τυχόν ελλείψεις στο σύστημα ασφαλείας. Ο απώτερος σκοπός του, όμως, είναι πολύ διαφορετικός...

Ο πιλότος του επιβατικού αεροσκάφους που μεταφέρει τον Μαγκάιβερ και τα υπόλοιπα μέλη της ομάδας παθαίνει καρδιακή προσβολή εν μέσω πτήσης. Σύντομα, αποκαλύπτεται ότι το συγκεκριμένο ιατρικό περιστατικό δεν είναι το μοναδικό.

Ενώ πασχίζει να σώσει όσους επέζησαν από την κατάρρευση ενός κτιρίου στη Γερμανία, ο Μαγκάιβερ ανακαλύπτει μια νέα απειλή... μια ενεργή βόμβα πεντακοσίων κιλών από τον Β’ Παγκόσμιο, που είναι κρυμμένη κάτω από τα συντρίμμια.

Με απώτερο σκοπό να ανακαλύψει τα βασικά 'πιόνια' της 'Κόντεξ' και να δώσει τέλος στα στημένα παιχνίδια, η Ντέσι διεισδύει σε μια ποδοσφαιρική ομάδα ώστε να ξεσκεπάσει τον διεφθαρμένο παίκτη που εργάζεται για τη σκιώδη οργάνωση.

Ένα διπλό ραντεβού καταλήγει σε εφιάλτη όταν ο Μακ και η Ντέσι γίνονται μάρτυρες μιας δολοφονίας. Κι ενώ προσπαθούν να ανακαλύψουν τον δράστη, η Ράιλι πασχίζει να κρατήσει μυστική την 'πρωινή δουλειά' της από τον νέο της σύντροφο.

Μετά τη βομβιστική επίθεση που παραλίγο να του στοιχίσει τη ζωή, ο Όβερσαϊτ ζητά τη βοήθεια του Μαγκάιβερ για να εντοπίσει τον δράστη. Σύντομα, όμως, οι υποψίες όλων θα στραφούν στην Κόντεξ, τη σκιώδη οργάνωση που τους παγίδευσε.

Σε μια ώρα βαθιάς θλίψης για τον Μαγκάιβερ, το ηλεκτρικό δίκτυο του Λος Άντζελες πέφτει θύμα 'ομηρίας' και η πόλη βυθίζεται στο σκοτάδι. Όπως θα αποδειχτεί, ο κώδικας που χρησιμοποιήθηκε είχε γραφτεί παλαιότερα από τη Ράιλι.

Όταν ο Μαγκάιβερ υποβάλλεται σε υπνωτισμό για να θυμηθεί κρίσιμα δεδομένα από το εργαστήριο του Τέσλα και να αποτρέψει τη συνωμοσία της Κόντεξ, έχει μια απρόσμενη συνάντηση με τον Τέσλα, τον Μπελ, τον Έντισον... και τη μητέρα του.

Ο Μαγκάιβερ δέχεται να μπει σε ένα ψεύτικο κελί φυλακής μαζί με έναν κορυφαίο πράκτορα της Κόντεξ, προκειμένου να κερδίσει την εμπιστοσύνη του και να αποσπάσει πληροφορίες για την επόμενη κίνηση της επικίνδυνης οργάνωσης.

Τα πάντα αλλάζουν για την ομάδα του ιδρύματος Φίνιξ όταν η θεία του Μαγκάιβερ πείθει τον ίδιο και τη Ράιλι να γίνουν μέλη της Κόντεξ. Στο μεταξύ, η Μάτι και ο Ρας αποκαλύπτουν τις ανησυχίες τους για την Κόντεξ στον Λευκό Οίκο.

Ο Μαγκάιβερ και η Ράιλι προσπαθούν να σταματήσουν τη δράση της Κόντεξ εκ των έσω, μα η μυστική αποστολή τους διακόπτεται όταν τα μέλη του Φίνιξ επιχειρούν να αποτρέψουν την πυροδότηση ενός όπλου μαζικής καταστροφής από την Κόντεξ.