Tre mesi dopo aver lasciato la Fenice ed essersi trasferito in Nigeria, Mac mette da parte le divergenze con suo padre e torna quando scopre che Jack è l'obiettivo di un sanguinario dittatore con cui ha fatto il doppio gioco.

Quando Jack riceve un segnale di emergenza da uno dei suoi vecchi amici della Delta, ingiustamente accusato di terrorismo in un Paese straniero, MacGyver e Jack reclutano rapidamente il resto del vecchio team Delta di Jack e organizzano un'operazione di salvataggio non autorizzata.

MacGyver, Riley, Bozer e Leanna si infiltrano in un campus universitario per stanare un agente sotto copertura che sta reclutando studenti per compiere attentati mortali in tutto il mondo. Inoltre, Jack accompagna il cacciatore di taglie Billy Colton (Lance Gross) sulle tracce di un fuggitivo, ma si preoccupa quando scopre che Billy ha offerto a Riley un lavoro.

MacGyver e Riley, con l'aiuto di Vasil (C. Thomas Howell), un padre sconvolto, devono trovare un modo per guidare un'autocisterna piena di ossigeno liquido attraverso una regione occupata dai ribelli e consegnarla a un ospedale pediatrico prima che finisca le sue scorte. Inoltre, Riley aiuta MacGyver a decidere se consentire o meno a suo padre di tornare nella sua vita.

Murdoc rapisce la ragazza di MacGyver, Nasha (Sibongile Mlambo), per costringere Mac ad aiutarlo a salvare suo figlio, Cassian (Brady Bond), da un rapitore. Inoltre, compare un pericoloso individuo della vita privata di Murdoc, che consentirà a Mac di intravedere qualche stralcio del passato dell'uomo.

Matty invia MacGyver e la squadra in Ghana per recuperare un disco rigido in una discarica di rifiuti elettronici gestita da un uomo potente e violento. Ma quando Matty si rifiuta di rivelare cos'è contenuto nel disco, a parte un file misterioso chiamato "Dragonfly", il team fa ipotesi su cosa possa essere tanto importante per lei.

MacGyver e la squadra si lanciano in una pericolosa operazione di cattura, dopo che un ufficiale dell'intelligence militare irlandese ha detto loro di sapere dove si trova "Il Fantasma", un letale fabbricante di bombe a cui Mac dà la caccia da anni.

Quando una fiala contenente un virus letale viene rubata dal Center for Disease Control di Atlanta, MacGyver e la squadra corrono a recuperarla prima che il ladro scateni una pandemia globale.

Matty rivela un segreto scioccante alla squadra: ha un marito che è stato sotto copertura in un'organizzazione criminale chiamata S-Company per otto anni. Quando viene scoperto il suo status di agente della CIA, Matty ha bisogno che MacGyver trovi ed estragga suo marito prima che sia troppo tardi.

Mac e Jack si mettono in viaggio per un weekend di relax a Las Vegas, ma la loro mini vacanza viene interrotta quando qualcuno del loro passato li rapisce e li rinchiude in una stanza di cemento. Inoltre, Matty incarica Riley, Bozer e Leanna di rubare un diamante che nasconde informazioni terroristiche in codice a una principessa a Milano.

La Fenice collabora con una donna che di giorno è una madre di famiglia, ma che di notte si trasforma in una maga del furto, per catturare uno dei suoi contatti, un criminale della malavita che l'ha assunta per rubare una bomba sporca.

MacGyver porta Riley e Bozer in una foresta per un fine settimana di addestramento alla sopravvivenza, ma le cose prendono una brutta piega quando si imbattono in un gruppo violento di criminali alla ricerca di una cassa piena di soldi andata perduta in una zona isolata e accidentata. Jack e Matty fanno un viaggio per mettere l'ex marito di Matty e la sua famiglia nella protezione testimoni.

Un boss del crimine internazionale offre a Matty un accordo che non può rifiutare: lui si costituirà se lei gli consentirà di tornare negli Stati Uniti per portare la sua unica figlia all'altare. MacGyver e la squadra si imbucano al matrimonio per assicurarsi che il signore del crimine non scappi, ma scoprono di non essere gli unici in agguato all'evento.

After a surprising introduction to Phoenix’s newest recruit, Desi, MacGyver and team are assigned to escort and protect an ATF (alcohol, tobacco, firearms) gun-sniffing dog who has a bounty on his head, only to discover they’re not the only ones crashing the weapon drop.

La Fenice deve recuperare il corpo di un pilota il cui aereo si è schiantato durante il test di un sistema di mappatura laser sperimentale progettato da MacGyver. Inoltre, Riley cerca di identificare l'hacker che ha indotto una squadra SWAT ad arrestare lei ed Elwood.

A MacGyver e al team viene chiesto di risolvere un enigma della camera chiusa quando un uomo, che lavora all'interno di una remota e ultrasicura banca internazionale di semi, scompare.

Quando Nicholas Helman (Michael Des Barres) ricompare per compiere una carneficina, la Fenice è costretta a farsi aiutare dall'unica persona che lo conosce meglio di tutti... il suo protetto, Murdoc.

MacGyver e Desi aiutano un gruppo di rifugiati siriani perseguitati da trafficanti di esseri umani. Inoltre, a Los Angeles, Bozer è intrappolato nell'auto di Oversight che è pronta a esplodere.

When two American tourists go missing while doing a “No-Go Scavenger Hunt” through some of the world’s most dangerous countries, the Phoenix team goes undercover as backpackers to find them and bring them home alive.

L'ex marito di Matty, Ethan (Brendan Hines), le chiede aiuto quando un'organizzazione criminale, la S-Company, rapisce sua moglie e sua figlia, costringendo Matty a decidere se è disposta a commettere tradimento per aiutarlo a salvare la sua famiglia. Inoltre, Riley si unisce a Billy Colton (Lance Gross) e Mama Colton (Sheryl Lee Ralph) in una missione a Parigi e fa una scoperta straziante.

MacGyver affronta un nuovo astuto avversario i cui piani accuratamente ideati mettono Mac davanti a una scelta impossibile: salvare la vita di un amico o salvare la vita di centinaia di innocenti. Inoltre, Mac riceve nuove informazioni che incrineranno il rapporto tra lui e suo padre.