Voilà déjà trois mois que Mac a retrouvé son père et qu'il a démissionné de la Fondation Phoenix. Depuis, il s'est construit une vie au Nigéria. Mais lorsqu'il apprend que la vie de Jack est en danger, il revient à la Fondation pour le sauver.

Jack reçoit un signal de détresse de l'un de ses anciens coéquipiers du Delta. Son ami est accusé de terrorisme dans un pays étranger. Avec l'aide de Mac, il rassemble son ancienne équipe et, ils partent pour un sauvetage non autorisé.

Mac et Riley cherchent un moyen de conduire un camion rempli d'oxygène liquide dans une région occupée par des rebelles et de le livrer à un hôpital pour enfants. Leur périple sera l’occasion pour Riley d’aider Mac à décider s'il doit ou non permettre à son père de revenir dans sa vie.

Lorsque la tentative d’Oversight de capturer un baron de la drogue se passe mal, Mac et Jack se précipitent au Mexique pour extraire leur chef. Pendant ce temps, Bozer et Riley se servent d’Halloween comme d’un moyen de distraction pour rassembler des informations sur un homme accusé de trahison.

Murdoc enlève Nasha, la petite amie de MacGyver, pour le forcer à l'aider à sauver son fils. En parallèle, une personne dangereuse du passé de Mac fait irruption dans sa vie.

Matty envoie MacGyver et son équipe au Ghana pour récupérer un disque dur dans une décharge pour déchets électroniques gérée par un homme aussi puissant que violent. Alors que Matty refuse de révéler ce qu'il y a sur le lecteur, si ce n’est un mystérieux fichier nommé "Dragonfly", l'équipe se demande ce qui pourrait bien être si important pour elle.

Un officier des renseignements irlandais affirme savoir où se trouve The Ghost, le fabricant de bombes que Mac chasse depuis des années.

MacGyver est retourné dans son université pour faire partie du jury d'un concours de physique organisé par le professeur Julian Ryman. L'un des quatre finalistes, David, le fils de Ryman, est particulièrement angoissé parce qu'il tient à gagner le concours pour mériter l'approbation de son père froid et distant. Le succès inattendu d'un autre étudiant éveille les soupçons de MacGyver qui cherche la réponse à certaines questions. Pendant ce temps-là, David, désespéré, s'est enfermé dans un laboratoire avec une bombe de sa fabrication prête à exploser.

Matty révèle un secret choquant à l’équipe : elle a un mari qui a été infiltré dans une organisation criminelle appelée D-Company pendant huit ans. Cette dernière va avoir besoin de l’aide de MacGyver pour retrouver son mari avant que son statut d’agent de la CIA ne soit dévoilé.

Sur la route de Las Vegas pour célébrer leurs 7 ans d'amitié, Mac et Jack sont kidnappés et se réveillent enchaînés dans un bunker. Pendant qu'ils cherchent à s'échapper, le reste de l'équipe est en infiltration pour récupérer des données gravées dans le diamant d'une princesse d'Orient…

L'équipe se fait passer pour une bande de braqueurs afin d'identifier un receleur à qui ils doivent remettre une bombe sale dérobée à un industriel russe. Charlotte Cole, cambrioleuse la nuit et mère de famille le jour, collabore en échange d'une immunité.

Au cours d'un stage de survie avec Riley et Bozer, Mac se fait kidnapper par un groupe armé ayant besoin d'un guide pour retrouver son butin en forêt. De leur côté, Jack et Matty doivent transporter Ethan Raines et sa famille dans un lieu sécurisé.

Un chef mafieux négocie avec Matty pour assister au mariage de sa fille en échange de quoi il témoignera contre son clan. Phoenix s'incruste donc à la cérémonie pour s'assurer que l'homme ne prendra pas la fuite, mais un groupe armé est également à ses trousses…

Après le départ de Jack, sa remplaçante, Désirée "Desi" Nguyen, fait une entrée fracassante en pénétrant par effraction chez Mac en plein milieu de sa douche. Les autres membres de l'équipe et Lana ont droit au même traitement. Après cette prise de contact, L'équipe est envoyée aider Maria Ramirez, une ancienne sœur d'armes de Mac qui travaille comme maître-chien à l'ATF après avoir quitté l'armée, à démanteler un gang de trafiquants spécialisé dans les armes dites "fantômes" (des armes fabriquées artisanalement et sans numéro de série, donc totalement intraçable), qui bénéficie de l'aide d'un traître au sein de l'ATF, et qui est déterminé à exécuter Cody, le meilleur chien renifleur de toute l'agence.

Un vieil ami de Mac, le Colonel Reese, s'est tué dans un vol secret en Azerbaïdjan en testant le LIDAR, un appareil que Mac avait mis au point pour les avions de combat volant à Mach 3 et qui pourrait être la cause de la défaillance. Mac part à la recherche du corps, mais un fois sur place, il découvre que Reese est en vie. Pendant ce temps, Riley est victime de swatting, et elle cherche qui a bien pu envoyer les forces d'intervention de la police sur une adresse classée secret-défense par le gouvernement américain.

Matty envoie son équipe au Groenland, dans la réserve mondiale de semences, où un technicien a été abattu et des graines de Corée du Nord volées. Mac et ses acolytes n'ont que 12 heures pour récupérer les semences et identifier le tueur avant que la Corée du Nord ne soit informée…

Lorsqu'un enquêteur du FBI est tué dans un bar, Mac et l'équipe découvrent avec stupeur que l'auteur du meurtre est l'ancien mentor de Murdoc, qu'ils croyaient pourtant mort : Nicholas Helman...

Mac et Desi cherchent une solution pour sauver des migrants coincés dans un gouffre. Bozer est enfermé dans une voiture piégée par une bombe prête à exploser…

Deux jeunes Américains sont portés disparus alors qu'ils relevaient un challenge à haut risque : réaliser les épreuves les plus dangereuses d'Amérique du Sud. Toute l'équipe se lance à leur recherche et découvre les défis successifs…

Toute l'équipe est mobilisée suite à l'enlèvement de la femme et la fille d'Ethan, l'ex-mari de Matty. August Roth, auteur de ce kidnapping mais également ancien patron d'Ethan, demande en échange de leur libération la liste de tous les agents infiltrés...

Opposé à un nouvel adversaire, Mac doit faire face à un choix impossible : sauver la vie d'un ami ou bien celle de centaines de personnes innocentes…