Après une escapade mouvementée à Cuba pour tenter de retrouver Murdoc, Jack et Angus sont rappelés par Matty sur une affaire délicate. Il s'agit de prêter main-forte à Samantha Cage, agente de la CIA, afin d’exfiltrer un Navy Seal qu'elle a envoyé deux ans plus tôt en mission au Moyen-Orient. Passé pour mort, il a pourtant survécu à une embuscade. Ses ravisseurs réclament une importante rançon pour le libérer. Les quatre agents acceptent d'accompagner Samantha sur place pour tout mettre en oeuvre afin de le libérer.

Jack, Angus et Riley se trouvent en danger dans un avion avec un malfaiteur qui parvient à prendre la fuite en sautant avec un parachute parce que Ravis a hésité à lui tirer dessus. Alors que le trio s'en sort miraculeusement indemne, Jack décide d'endosser la responsabilité de cette erreur. Mais la situation se complique quand Matty envoie Riley seule en mission pour infiltrer un groupe de hackers appelé Bedlam 74, ayant essayé de la contacter sous son ancien nom pour la recruter.

Le Poing Rouge, un groupe terroriste originaire d'Europe de l'Est, est responsable de plusieurs dizaines d'attaques mortelles. L'organisation a récemment volé des diamants d'une valeur de 75 millions de dollars. Le Poing Rouge prévoit de financer un attentat avec ces bijoux qui sont stockés dans un hôtel-casino de luxe, situé en Azerbaïdjan. Mac et son équipe se rendent sur place sous de fausses identités afin de les récupérer.

MacGyver fait un voyage à Paris pour tenter de retrouver une connaissance de son père. Jack, qui l'a suivi à son insu, l'informe qu'un homme est à ses trousses. De retour aux Etats-Unis, MacGyver est attaqué à son domicile par trois hommes masqués qui le kidnappent. Jack, Riley, Wilt, Samantha et Matty investissent rapidement son appartement et le passent au peigne fin pour glaner des indices. Ils pensent que c'est Murdoc, leur ennemi juré, qui a enlevé leur ami et partent à sa recherche.

Alors qu'ils préparent Halloween, Angus et son équipe sont appelés pour une nouvelle affaire de la plus haute importance. Ils sont chargés de retrouver l'avion du fils du vice-président des Etats-Unis et l'équipage. L'appareil avait traversé une tempête électromagnétique. D'après MacGyver, l'engin se trouverait dans le triangle des Bermudes. Jack est très inquiet à l'idée de se rendre dans cet endroit qu'il considère comme maudit. Riley ne tarde pas à localiser l'aéronef sur une île.

Matty informe son équipe qu'un puits de pétrole a explosé au Nigeria, provoquant un geyser de feu. Une armée locale, intitulée « Le Léopard », serait à l'origine de cette catastrophe. Ces rebelles tentent de prendre la tête du gouvernement nigérian. MacGyver et ses coéquipiers doivent se rendre sur place de toute urgence pour neutraliser les flammes. Alors qu'ils se trouvent dans une forêt, à proximité du feu, ils se font capturer. Ils sont menés dans une ville fantôme par des villageois menaçants.

Alors que l'équipe revient de mission, Jack a la désagréable surprise de constater qu'il a été cambriolé. Bien que très affecté, il décide de participer à une nouvelle opération avec ses partenaires : sauver la vie d'Hector León, candidat à l'élection présidentielle en Equateur, leader de l'opposition, qui pourrait ramener la démocratie dans son pays. Or, il doit subir prochainement une transplantation cardiaque. MacGyver et ses acolytes doivent sécuriser l'opération en toute confidentialité.

Des cartouches contenant un gaz neurotoxique mortel ont été saisies en Bulgarie et rapatriées aux Etats-Unis mais l'une d'entre elles a été vendue au marché noir. Mac, Jack et Samantha doivent la récupérer et identifier les acheteurs. Par ailleurs, Bozer est soumis aux techniques d'interrogatoire et s'exerce avec Leanna. De son côté, Jack met en garde Elwood quant à ses intentions envers sa fille Riley...

Un bateau de recherches situé dans l'océan Arctique est en péril après une explosion dans la salle des machines ayant entraîné la mort d'une partie de l'équipage. Livrés à eux-mêmes, les étudiants et Zoe Kimura, leur enseignante, vont être guidés par Mac. Celui-ci organise le sauvetage à distance par vidéo interposée. Pendant ce temps, Jack kidnappe Elwood pour mieux le protéger de ses ennemis...

Le soir de Noël, les membres de l'équipe sont réunis chez Angus quand la police interrompt les festivités en arrêtant Mac pour terrorisme. En effet, le corps d'un homme a été retrouvé à Los Angeles dans les décombres d'un bâtiment détruit par une bombe qu'il a fabriquée. Le jeune homme est aussitôt emmené et subit un interrogatoire musclé par l'inspecteur Greer. La situation est particulièrement complexe car MacGyver ne peut en aucun cas révéler qu'il est un agent sous couverture.

Au grand soulagement de ses coéquipiers, Cage survit à ses blessures, suite à son agression. De retour chez lui en compagnie de Jack, Mac comprend que sa maison a été piégée à l'explosif. Il soupçonne le Fantôme d'avoir orchestré ce terrible piège. Alertée, Matty rassemble la police locale ainsi que le FBI pour procéder à l'évacuation et au bouclage du quartier. De leur côté, Angus et Jack tentent d'entrer en contact avec l'équipe pour désamorcer la bombe. Parallèlement, les deux hommes se souviennent de leur rencontre.

Mac participe à une compétition entre différents agents du gouvernement pour développer des robots de combat. Il vient en aide à Allie, une rivale, dont la voiture a été piratée. Jack retrouve d'anciens camarades de promo...

L'équipe se rend à La Nouvelle-Orléans, où une escroc se fait passer pour la femme de Duke Jacoby, un faux nom qu'utilisait Jack lorsqu'il travaillait pour la CIA...

MacGyver et son équipe se retrouvent amenés à protéger Murdoc de son ancien mentor, Nicholas Helman, qui cherche à se débarrasser de lui. Jack pense qu'il éprouve encore des sentiments pour Diane, la mère de Riley...

Pour en apprendre davantage sur un criminel de guerre serbe, MacGyver, Leanna, Riley et Bozer se font passer pour des couples en lune de miel afin d'approcher le fils de leur cible...

Un gangster devenu un informateur de la CIA est enlevé et emmené à Tchernobyl par un parrain craignant qu'il ne révèle des informations compromettantes. De son côté, Bozer a bien du mal à cacher quelque chose à Matty...

A la recherche d'un ancien employé du gouvernement qui a dérobé des informations confidentielles, Matty et son équipe croisent la route de la famille Colton. Les chasseurs de primes tentent de trouver le même homme mais pour d'autres raisons...

Ancienne usurpatrice embauchée à la CIA pour créer de fausses identités, Dawn contacte la fondation Phoenix après la mort suspecte de son responsable. Ce dernier avait découvert un trafic de faux passeports en dehors des radars de la CIA et géré par un agent que Mac et son équipe doivent maintenant identifier

Mac et Jack sont chargés de sauver le fils d'un milliardaire, qui a été enlevé par un ancien Marine dans le gratte-ciel de Shanghai où il habite...

Mac invite Jack, Riley et Bozer à l'accompagner à Porto Rico pour venir en aide à Carlos, un de ses anciens copains d'armée, dont la maison a été détruite par un ouragan. Pendant leur séjour, Carlos disparaît mystérieusement.

Matty envoie Mac et Riley dans le désert du Nevada, où s'est écrasé un mystérieux objet volant non identifié. Ils doivent se rendre dans la zone 51 pour enquêter, en collaboration avec le docteur Isaac Herman.

Mac tente d'annoncer à Matty son envie de quitter la fondation Phoenix. Sa déclaration donne lieu à une révélation. Il trouve enfin son père, lancé à la poursuite d'un cartel qui met au point un nouveau médicament. Lance propose un nouveau travail à Riley...